-
PacBio-Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS de lonxitude completa
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) desenvólvese con anos de experiencia na análise de proxectos de diversidade microbiana, que contén análise básica estandarizada e análise personalizada: a análise básica abrangue o contido da análise principal da investigación microbiana actual, o contido da análise é rico e completo, e os resultados da análise preséntanse en forma de informes de proxectos;O contido da análise personalizada é diverso.As mostras pódense seleccionar e os parámetros pódense establecer de forma flexible segundo o informe de análise básico e o propósito da investigación, para realizar requisitos personalizados.Sistema operativo Windows, sinxelo e rápido.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (non referencia)
Tomando datos de secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PacBio) como entrada, esta aplicación é capaz de identificar secuencias de transcrición completa (sen montaxe).Ao mapear secuencias de lonxitude completa contra o xenoma de referencia, as transcricións pódense optimizar mediante xenes coñecidos, transcricións, rexións codificantes, etc. Neste caso, pódese conseguir unha identificación máis precisa das estruturas do ARNm, como splicing alternativo, etc.A análise conxunta cos datos de secuenciación do transcriptoma de NGS permite unha anotación máis completa e unha cuantificación máis precisa da expresión a nivel de transcrición, o que beneficia en gran medida á expresión diferencial e á análise funcional posterior.
-
Ferramentas
BMKCloud é unha plataforma bioinformática líder que ofrece unha solución única para programas xenómicos, na que os investigadores confían amplamente en varios ámbitos, incluíndo médicos, agrícolas, ambientais, etc. BMKCloud comprométese a proporcionar servizos integrados, fiables e eficientes, incluíndo plataformas e ferramentas de análise bioinformática. , recursos informáticos, bases de datos públicas, cursos en liña de bioinformática, etc. BMKCloud dispón de varias ferramentas bioinformáticas de uso frecuente que inclúen anotación de xenes, ferramentas xenéticas evolutivas, ARNnc, control de calidade dos datos, montaxe, aliñamento, extracción de datos, mutacións, estatísticas, xerador de figuras, secuencia análise, etc.
-
ARN pequeno
Os ARN pequenos son tipos de ARN curtos non codificantes cunha lonxitude media de 18-30 nt, incluíndo miARN, siRNA e piRNA.Estes pequenos ARNs están implicados masivamente en diversos procesos biolóxicos como a degradación do ARNm, a inhibición da tradución, a formación de heterocromatina, etc. A plataforma de análise de secuenciación consiste en análise estándar e minería de datos avanzada.Baseándose nos datos de ARN-seq, a análise estándar pode lograr a identificación e predición de miARN, a predición do xene obxectivo, a anotación e a análise da expresión.A análise avanzada permite a busca e extracción personalizadas de miARN, a xeración de diagramas de Venn, o miARN e a creación de redes de xenes obxectivo.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS é unha plataforma de análise de re-secuenciación do xenoma, que se desenvolve en base á rica experiencia en tecnoloxías de biomarcadores.Esta plataforma fácil de usar permite o envío rápido dun fluxo de traballo de análise integrado simplemente establecendo algúns parámetros básicos, que se adaptan aos datos de secuenciación de ADN xerados tanto desde a plataforma Illumina como na plataforma de secuenciación BGI.Esta plataforma está implantada nun servidor informático de alto rendemento, que permite unha análise de datos altamente eficiente nun tempo moi limitado.A minería de datos personalizada está dispoñible en base a análise estándar, incluíndo consulta de xenes mutados, deseño de cebadores de PCR, etc.
-
ARNm (referencia)
O transcriptoma é o vínculo entre a información xenética xenómica e o proteoma da función biolóxica.A regulación do nivel transcripcional é o modo de regulación dos organismos máis importante e máis estudado.A secuenciación do transcriptoma pode secuenciar o transcriptoma en calquera momento ou en calquera condición, cunha resolución precisa para un só nucleótido. Pode reflectir dinámicamente o nivel de transcrición xenética, identificar e cuantificar simultaneamente transcricións raras e normais e proporcionar a información estrutural de transcricións específicas de mostra.
Na actualidade, a tecnoloxía de secuenciación do transcriptoma utilizouse amplamente en agronomía, medicina e outros campos de investigación, incluíndo a regulación do desenvolvemento animal e vexetal, a adaptación ambiental, a interacción inmune, a localización de xenes, a evolución xenética de especies e a detección de enfermidades xenéticas e de tumores.
-
Metaxenómica (NGS)
Esta plataforma de análise está deseñada para a análise de datos metaxenómicos de escopeta en base a anos de experiencia.Consiste en un fluxo de traballo integrado que contén varias análises de metaxenómica que se necesitan habitualmente, incluíndo o procesamento de datos, estudos a nivel de especies, estudos a nivel de funcións xenéticas, agrupación de metaxenomas, etc. Ademais, están dispoñibles ferramentas de extracción de datos personalizadas mediante o fluxo de traballo de análise estándar, incluíndo consultas de xenes e especies. , configuración de parámetros, xeración de figuras personalizadas, etc.
-
LncRNA
Os ARN longos non codificantes (ARNlnc) son un tipo de transcricións cunha lonxitude superior a 200 nt, que son incapaces de codificar proteínas.A evidencia acumulada suxire que é moi probable que a maioría dos lncRNA sexan funcionais.As tecnoloxías de secuenciación de alto rendemento e as ferramentas de análise bioinformática permítennos revelar secuencias de lncRNA e información de posicionamento de forma máis eficiente e lévannos a descubrir lncRNAs con funcións reguladoras cruciais.BMKCloud ten o orgullo de ofrecer aos nosos clientes unha plataforma de análise de secuenciación de lncRNA para lograr unha análise de lncRNA rápida, fiable e flexible.
-
GWAS
O estudo de asociación de todo o xenoma (GWAS) ten como obxectivo identificar variantes xenéticas (xenotipo) que se asocian con trazos específicos (fenotipo).Os estudos de GWA investigan os marcadores xenéticos que cruzan o xenoma completo dun gran número de individuos e predín asociacións xenotipo-fenotipo mediante análises estatísticas a nivel poboacional.A resecuenciación do xenoma completo pode descubrir todas as variantes xenéticas.Xunto cos datos fenotípicos, o GWAS pódese procesar para identificar SNP, QTL e xenes candidatos relacionados con fenotipos, o que apoia con forza a creación moderna de animais/plantas.SLAF é unha estratexia de secuenciación do xenoma simplificada desenvolvida por si mesmo, que descobre marcadores distribuídos en todo o xenoma, SNP.Estes SNP, como marcadores xenéticos moleculares, pódense procesar para estudos de asociación con trazos dirixidos.É unha estratexia rendible para identificar trazos complexos asociados ás variacións xenéticas.
-
Nanopore Transcriptómica completa
As isoformas alternativas complexas e variables nos organismos son mecanismos xenéticos importantes para regular a expresión xénica e a diversidade de proteínas.A identificación precisa das estruturas de transcrición é a base para o estudo en profundidade dos patróns de regulación da expresión xénica.A plataforma de secuenciación Nanopore levou con éxito o estudo transcriptómico ao nivel de isoformas.Esta plataforma de análise está deseñada para analizar os datos de ARN-Seq xerados na plataforma Nanopore a partir do xenoma de referencia, que consegue análises cualitativas e cuantitativas tanto a nivel de xenes como de transcricións.
-
ARN circular
O ARN circular (ARNcirc) é un tipo de ARN non codificante, que recentemente se atopou para desempeñar un papel vital nas redes reguladoras implicadas no desenvolvemento, resistencia ambiental, etc. os extremos do ARN circular únense para formar unha estrutura circular, que os salva da dixestión da exonuclease e son máis estables que a maioría do ARN lineal.Descubriuse que o ARNrc ten diversas funcións na regulación da expresión xénica.CircRNA pode funcionar como ceRNA, que se une ao miARN de forma competitiva, coñecida como esponxa de miARN.A plataforma de análise de secuenciación de CircRNA permite a análise da estrutura e expresión do circRNA, a predición de obxectivos e a análise conxunta con outros tipos de moléculas de ARN
-
BSA
A plataforma de análise de segregación masiva consta dunha análise estándar dun paso e unha análise avanzada cunha configuración de parámetros personalizada.BSA é unha técnica empregada para identificar rapidamente marcadores xenéticos asociados ao fenotipo.O fluxo de traballo principal de BSA contén: 1. seleccionar dous grupos de individuos con fenotipos extremadamente opostos;2. xuntar o ADN, ARN ou SLAF-seq (desenvolvido por Biomarker) de todos os individuos para formar dúas masas de ADN;3. identificar secuencias diferenciais contra o xenoma de referencia ou entre elas, 4. predicir rexións candidatas ligadas mediante o algoritmo de índice ED e SNP;5. Análise funcional e enriquecemento de xenes en rexións candidatas, etc. Tamén están dispoñibles minería máis avanzada en datos, incluíndo a selección de marcadores xenéticos e o deseño de cebadores.
