BMKCloud Log in
条形banner-03

Novas

EVOLUCIÓN DO XENOMA

PNAS

A orixe evolutiva e a historia de domesticación do peixe dourado (Carassius auratus)

PacBio |Ilumina |Mapa do xenoma de Bionano |Asemblea do xenoma Hi-C |Mapa xenético |GWAS |ARN-Seq

Destacados

1.Actualizouse o xenoma de Goldfish cunha versión de montaxe de alta calidade, ancorando o 95,75% dos contigs en 50 pseudocromosomas (Scaffold N50=31,84 Mb).Dous subxenomas foron desenredados.

2.Identificáronse rexións xenómicas de varridos selectivos durante a domesticación a partir de datos de resecuenciación de 201 individuos, revelando máis de 390 xenes candidatos que probablemente están asociados con trazos de domesticación.

3.GWAS na aleta dorsal de peixes dourados domesticados revelou 378 xenes candidatos que se asociaron potencialmente.Identificouse un indicador de tirosina-proteína quinasa como xene causal candidato asociado coa transparencia

Fondo

O peixe dourado (Carassius auratus) é un dos peixes de cultivo máis importantes, que foron domesticados a partir da carpa cruciana na antiga China.Foron comentados por Charles Darwin como "Pasando por encima dunha diversidade case infinita de cores, atopámonos coas modificacións máis extraordinarias da estrutura".As características extremadamente diversas e a longa historia de domesticación e cría fan do peixe dourado un excelente sistema modelo xenético para a fisioloxía e a evolución dos peixes.

Logros

Xenoma do peixe dourado

JA análise conxunta dos datos de secuenciación de extremos de pares de PacBio e Illumina obtén un proxecto inicial de 1,657 G (Contig N50=474 Kb).Xerouse o mapa óptico Bionano e corrixiuse a montaxe nun tamaño de 1,73 Gb (tamaño do xenoma estimado: 1,8 Gb).A montaxe baseada en Hi-C mellorou aínda máis o andamio N50 de 606 Kb a 31,84 Mb e logrou unha taxa de ancoraxe ordenada e orientada ao 95,75% (1,65 Gb).O xenoma comprende 56.251 xenes codificantes e 10.098 transcritos longos non codificantes.Ademais, predixíronse 38 rexións centroméricas potenciais entre 50 cromosomas.

noticias destacadas-pnas-goldfish-fig1

Fig.1 Xenoma do peixe dourado

TIdentificáronse dous conxuntos claros de subxenomas nos 50 cromosomas de peixe dourado que resultaron dun antigo evento de hibridación.O conxunto de cromosomas con maior proporción de lecturas aliñadas entre o peixe dourado e Barbinae definíronse como subxenoma A (ChrA01~A25), é dicir, subxenoma común a Barbinae, e os restantes como subxenoma B (ChrB01~B25).

Domesticación e varridos selectivos

Aresecuenciaron un total de 16 carpas de tipo salvaxe e 185 variantes representativas de peixe dourado cunha profundidade de secuenciación media de aproximadamente 12,5X, xerando 4,3 terabases de datos.A reconstrución filoxenética e a análise de PCA confirmaron unha relación máis estreita entre o peixe dourado común e a carpa crucian que outros peixes dourados, que se dividiron en dúas liñaxes.

newshighlights-pnas-goldfish-fig2-1-1024x287

LA análise da descomposición D en catro subpoboacións superiores apoiou a existencia dun pescozo de botella xenético durante a domesticación e unha forte selección artificial nos peixes dourados.O aumento da diversidade xenética (π) desde a carpa cruciana ata o peixe dourado común, ademais do peixe dourado de Wen e do peixe dourado Egg, indicou unha acumulación significativa de variacións xenéticas durante a súa domesticación.Identificáronse 50 rexións xenómicas de varrido selectivo que abarcan 25,2 Mb e 946 xenes a partir de datos representativos (33 peixes dourados e 16 crucian crap).Ampliando a análise a 201 individuos, 393 xenes indicaron rexións de varrido selectivo completado.Atopáronse estes xenes de baixa diversidade, que probablemente contribuíron aos fenotipos asociados aos principais trazos de domesticación dos peixes dourados.

newshighlights-pnas-goldfish-fig3-1024x451

Fig.3 Análise asociada á domesticación de todo o xenoma

GWAS en peixes dourados domesticados

DA aleta orsal é unha característica clave que distingue o peixe dourado Wen do peixe dourado Egg.O GWAS da aleta dorsal de 96 peixes de ouro Wen e 87 peixes de ouro Egg revelou 378 xenes candidatos repartidos por 13 cromosomas e observouse unha distribución desigual destes xenes entre os subxenomas.A análise funcional destes xenes candidatos destacou procesos biolóxicos, incluíndo "Sinalización do receptor da superficie celular", "Transporte transmembrana", "Desenvolvemento do sistema esquelético", etc.

newshighlights-pnas-goldfish-fig4-1024x353

Fig.4 GWAS da aleta dorsal en peixes dourados domesticados

In GWAS de trazos transparentes relacionados coa escala, detectouse un único pico de asociación forte.Identificouse un xene que codifica un receptor de tirosina-proteína quinase nunha das rexións candidatas.

newshighlights-pnas-goldfish-fig5-1024x271

Fig.5 GWAS de trazos transparentes relacionados coa escala

Referencia

Cgaliña D et al.A orixe evolutiva e a historia de domesticación do peixe dourado (Carassius auratus).PNAS (2020)

Novas  ten como obxectivo compartir os últimos casos exitosos con Biomarker Technologies, capturando novos logros científicos, así como técnicas destacadas aplicadas durante o estudo.


Hora de publicación: 04-xan-2022

Envíanos a túa mensaxe: