O xenotipado de alto rendemento, especialmente na poboación a gran escala, é un paso fundamental nos estudos de asociación xenética, que proporciona unha base xenética para o descubrimento de xenes funcionais, a análise evolutiva, etc. ) introdúcese para minimizar o custo de secuenciación por mostra, mantendo unha eficiencia razoable no descubrimento de marcadores xenéticos.Isto conséguese normalmente extraendo fragmentos de restrición dentro dun intervalo de tamaño determinado, que se denomina biblioteca de representación reducida (RRL).A secuenciación de fragmentos amplificados por locus específicos (SLAF-Seq) é unha estratexia desenvolvida por si mesmo para o descubrimento de novo de SNP e a xenotipificación de SNP de grandes poboacións.
Fluxo de traballo técnico
SLAF vs métodos RRL existentes
Vantaxes do SLAF
Maior eficiencia de descubrimento de marcadores xenéticos– Combinado coa tecnoloxía de secuenciación de alto rendemento, SLAF-Seq podería conseguir centos de miles de etiquetas descubertas dentro do xenoma completo para satisfacer a solicitude de diversos proxectos de investigación, con ou sen un xenoma de referencia.
Deseño experimental personalizado e flexible– Para diferentes obxectivos ou especies de investigación, hai dispoñibles diferentes estratexias de dixestión enzimática, incluíndo a dixestión dun enzima, unha enzima dual e unha dixestión multi-enzima.A estratexia de dixestión será pre-avaliada in silico para garantir un deseño enzimático óptimo.
Alta eficiencia na dixestión enzimática– A dixestión enzimática predeseñada proporciona SLAFs distribuídos máis uniformemente no cromosoma.A recollida de fragmentos eficiente pode alcanzar máis do 95%.
Evite secuencias repetitivas– A porcentaxe de secuencia repetitiva nos datos SLAF-Seq redúcese a menos do 5%, especialmente en especies con alto nivel de elementos repetitivos, como trigo, millo, etc.
Fluxo de traballo bioinformático de desenvolvemento propio– BMK desenvolveu un fluxo de traballo bioinformático integrado aplicable á tecnoloxía SLAF-Seq para garantir a fiabilidade e precisión da saída final.
Aplicación do SLAF
Mapa de vinculación xenética
Construción de mapas xenéticos de alta densidade e identificación de loci que controlan os trazos do tipo de flor en Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Revista: Horticulture Research Publicación: 2020.7
GWAS
Identificación dun xene candidato asociado co contido de isofavona en sementes de soia mediante asociacións e mapas de enlaces de todo o xenoma
Revista: The Plant Journal Publicado: 08.08.2020
Xenética evolutiva
A análise xenómica poboacional e a montaxe de novo revelan a orixe do arroz de maleza como un xogo evolutivo
Revista: Molecular Plant Publicado: 2019.5
Análise de segregación masiva (BSA)
GmST1, que codifica unha sulfotransferase, confire resistencia ás cepas G2 e G3 do virus do mosaico da soia.
Revista: Plant, Cell & Environment Publicado: 2021.04
Referencia
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: un método eficiente de descubrimento e xenotipado de SNP de novo a gran escala mediante secuenciación de alto rendemento [J].Plos un, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Construción de mapas xenéticos de alta densidade e identificación de loci que controlan os trazos de tipo flor en Crisantemo (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identificación dun xene candidato asociado ao contido de isoflavonas nas sementes de soia mediante a asociación de todo o xenoma e o mapeo de enlaces.Planta J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.A análise xenómica de poboación e a asemblea De Novo revelan a orixe do arroz de malas herbas como xogo evolutivo.Planta Mol.2019;12(5):632-647.Planta Mol.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, que codifica unha sulfotransferase, confire resistencia ás cepas G2 e G3 do virus do mosaico da soia.Entorno das células vexetais.2021;10.1111/pce.14066
Hora de publicación: 04-xan-2022