Secuenciación metagenómica-Nanoporo
Vantaxes do servizo
● Montaxe de alta calidade: mellora da precisión da identificación de especies e da predición de xenes funcionais
● Illamento pechado do xenoma bacteriano
● Aplicación máis potente e fiable en áreas diversas, por exemplo, detección de microorganismos patóxenos ou xenes relacionados coa resistencia a antibióticos
● Análise comparativa do metaxenoma
Especificacións do servizo
| Plataforma | Secuenciación | Datos recomendados | Tempo de resposta |
| Nanoporo | ONT | 6 G/10 G | 65 días laborables |
Análise bioinformática
● Control de calidade dos datos brutos
● Montaxe do metaxenoma
● Conxunto de xenes non redundantes e anotación
● Análise da diversidade de especies
● Análise da diversidade de funcións xenéticas
● Análise intergrupal
● Análise de asociación fronte a factores experimentais
Requisitos de mostra e entrega
Requisitos de mostra e entrega
Requisitos de mostra:
ParaExtractos de ADN:
| Tipo de mostra | Cantidade | Concentración | Pureza |
| Extractos de ADN | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Para mostras ambientais:
| Tipo de mostra | Procedemento de mostraxe recomendado |
| Solo | Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva. |
| Feces | Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP estéril ou criotubo para reserva. |
| Contidos intestinais | As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP. |
| Lodos | Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva |
| Corpo de auga | Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril. |
| Pel | Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril. |
Entrega de mostras recomendada
Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.
Fluxo de traballo do servizo
Entrega da mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
1.Mapa de calor: agrupación de riqueza de especies
2.Xenes funcionais anotados nas vías metabólicas KEGG
3.Rede de correlación de especies
4.Circos de xenes de resistencia a antibióticos CARD
Caso BMK
A metaxenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido da infección bacteriana das vías respiratorias inferiores
Publicado:Nature Biotechnology, 2019
Aspectos técnicos
Secuenciación: Nanopore MinION
Bioinformática metaxenómica clínica: esgotamento do ADN do hóspede, análise WIMP e ARMA
Detección rápida: 6 horas
Alta sensibilidade: 96,6%
Resultados clave
En 2006, a infección das vías respiratorias inferiores (LR) causou 3 millóns de mortes humanas no mundo.O método típico para a detección do patóxeno LR1 é o cultivo, que ten unha sensibilidade escasa, un tempo de resposta longo e unha falta de orientación na terapia antibiótica precoz.Un diagnóstico microbiano rápido e preciso é desde hai tempo unha necesidade urxente.O doutor Justin da Universidade de East Anglia e os seus socios desenvolveron con éxito un método metaxenómico baseado en Nanopore para a detección de patóxenos.Segundo o seu fluxo de traballo, o 99,99% do ADN do hóspede pódese esgotar.A detección de patóxenos e xenes resistentes a antibióticos pódese rematar en 6 horas.
Referencia
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. e O'Grady, J. .(2019).A metaxenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido da infección bacteriana das vías respiratorias inferiores.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
