Produtos

Secuenciación longa non codificante-Illumina

Secuenciación longa sen codificación-Imaxe destacada de Illumina

Os ARN longos non codificantes (lncRNAs) son un tipo de moléculas de ARN cunha lonxitude superior a 200 nt, que se caracterizan por un potencial de codificación extremadamente baixo.O LncRNA, como membro clave nos ARN non codificantes, atópase principalmente no núcleo e no plasma.O desenvolvemento da tecnoloxía de secuenciación e da bioinformática permite identificar numerosos lncRNAs novos e asocialos con funcións biolóxicas.As evidencias acumuladas suxiren que o lncRNA está moi implicado na regulación epixenética, na regulación da transcrición e na regulación posterior á transcrición.

Contacta connosco

Detalles do servizo

Bioinformática

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

● Vantaxes do servizo

● Específico celular e tecido

● A etapa específica expresa e presenta un cambio dinámico de expresión

● Patróns precisos de expresión no tempo e no espazo

● Análise conxunta con datos de ARNm.

● Entrega de resultados baseada en BMKCloud: minería de datos personalizada dispoñible na plataforma.

● Servizos posvenda válidos durante 3 meses tras a finalización do proxecto

Requisitos de mostra e entrega

Biblioteca	Plataforma	Datos recomendados	QC de datos
depleción do ARNr	Illumina PE150	10 Gb	Q30≥85%

Conc. (ng/μl)

Cantidade (μg)

Pureza

Integridade

≥ 100

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel.

Para plantas: RIN≥6,5;

Para animais: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

elevación de referencia limitada ou nula

Nucleótidos:

Tecido: Peso (seco): ≥1 g

*Para tecidos inferiores a 5 mg, recomendamos enviar mostras de tecido conxelada instantáneamente (en nitróxeno líquido).

Suspensión celular: reconto celular = 3×10⁷
*Recomendamos enviar lisado celular conxelado.No caso de que esa cela conte menos de 5×10⁵, recoméndase conxelar flash en nitróxeno líquido.

Mostras de sangue:
PA×xeneBloodRNATube;
6 ml de TRIzol e 2 ml de sangue (TRIzol: sangue = 3:1)

Entrega de mostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.
2.Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.

Fluxo de traballo do servizo

Deseño de experimentos

Entrega da mostra

extracción de ARN

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda

Anterior: Secuenciación de ARN pequeno-Illumina

Seguinte: Secuenciación de ARNm non baseada en referencia-Illumina

Bioinformática

1.Clasificación do LncRNA

O LncRNA previsto polos catro programas anteriores clasificáronse en 4 categorías: lincRNA, anti-sentido-LncRNA, intrónico-LncRNA;sentido-LncRNA.A clasificación do LncRNA mostrouse no seguinte histograma.

Clasificación de LncRNA

2.Xenes dirixidos a cis da análise de enriquecemento de DE-lncRNA

Empregouse ClusterProfiler na análise de enriquecemento GO en xenes cis-targeted de lncRNA expresado de forma diferencial (DE-lncRNA), en termos de procesos biolóxicos, funcións moleculares e compoñentes celulares.A análise de enriquecemento GO é un proceso para identificar termos GO significativamente enriquecidos dirixidos por DEG en comparación co xenoma completo.Os termos enriquecidos presentáronse nun histograma, gráfico de burbullas, etc., como se mostra a continuación.

Análise-de-enriquecemento-de-lncRNA-Cis-targeted-xenes-of-DE--Gráfico de burbullas Xenes dirixidos a cis da análise de enriquecemento de DE-lncRNA - Gráfico de burbullas

3. Ao comparar a lonxitude, o número de exóns, o ORF e a cantidade de expresión do ARNm e do lncRNA, podemos comprender as diferenzas de estrutura, secuencia, etc. entre eles, e tamén verificar se o novo lncRNA previsto por nós se axusta ás características xerais.

Caso BMK

Perfil de expresión de lncRNA desregulado nos adenocarcinomas de pulmón de rato con mutación KRAS-G12D e knockout P53

Publicado:Revista de Medicina Celular e Molecular,2019

Estratexia de secuenciación

Ilumina

Recollida de mostras

As células NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) e as células de control negativo (sh-Scr) obtivéronse o día 6 dunha infección viral específica.

Resultados clave

Este estudo investiga os lncRNAs expresados de forma aberrante no adenocarcinoma de pulmón de rato con knockout P53 e a mutación KrasG12D.
1,6424 lncRNA expresáronse de forma diferencial (cambio ≥ 2 veces, P <0,05).
2. Entre os 210 lncRNAs (FC≥8), a expresión de 11 lncRNAs foi regulada por P53, 33 lncRNAs por KRAS e 13 lncRNAs por hipoxia nas células KP primarias, respectivamente.
3.NONMMUT015812, que estaba notablemente regulado no adenocarcinoma de pulmón de rato e regulado negativamente pola reexpresión de P53, detectouse para analizar a súa función celular.
4. O derrubamento de NONMMUT015812 polos ARNsh diminuíu a capacidade de proliferación e migración das células KP.NONMMUT015812 era un oncoxene potencial.

Estudo de caso de secuenciación de ARN de lonxitude completa PB

Análise da vía KEGG dos xenes expresados de forma diferencial nas células KP NONMMUT015812-knockdown

Análise de ontoloxía xénica dos xenes expresados de forma diferencial nas células KP de derrubamento NONMMUT015812

Referencia

Perfil de expresión de lncRNA desregulado nos adenocarcinomas de pulmón de rato con mutación KRAS-G12D e knockout P53 [J].Revista de Medicina Celular e Molecular, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584