Afondar no potencial de estudar variedade salvaxe de especies de investigación, exemplificado por un caso fundamental dos clientes de BMKGENE.Publicado recentemente na edición deste ano do Plant Biotechnology Journal, o artigo titulado "Chromossome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield" é unha referencia valiosa.
A árbore do caucho brasileiro (Hevea brasiliensis) érguese como unha fonte fundamental de caucho natural.Ao longo do século pasado, as metodoloxías tradicionais de reprodución provocaron un notable aumento de seis veces na produción de caucho.Porén, a base xenética subxacente responsable da potenciación do rendemento do caucho segue sendo enigmática.
Este estudo embarcouse na construción dun xenoma a nivel de cromosomas para a árbore de caucho silvestre, empregando unha sinerxía de secuenciación de lectura longa de Nanopore, secuenciación NGS Illumina e tecnoloxía Hi-C.
Paralelamente, recompilouse un tesoro de 147 recursos de xermoplasma, que inclúen variacións de alto rendemento, cepas silvestres e especies relacionadas, para a resecuenciación completa do xenoma completo (WGS) mediante a plataforma Illumina.Os datos de secuenciación conseguintes foron sometidos a unha rigorosa análise xenética das poboacións, que permitiu a disección da estrutura da poboación, a diversidade e o desequilibrio da ligazón.Esta análise arroxou luz sobre as variacións de domesticación entre as poboacións.
Investigacións posteriores abarcaron análises que abarcaron Fst, π, D de Tajima e LD, co obxectivo de revelar sinais de selección derivados da mellora do rendemento de látex, centrándose especialmente nos clons de Wickham.
Culminando nunha Análise de Asociación de todo o xenoma (GWAS), identificáronse marcadores relacionados cos trazos de rendemento e, posteriormente, con xenes relacionados co rendemento.A validación inicial revelou actividades transcripcionais distintivas en diferentes mutantes para dous xenes ERF, proporcionando unha visión preliminar do seu significado funcional.Prográmanse máis corroboracións nas próximas investigacións.
BMKGENE enorgullece de contribuír á extensa resecuenciación do xenoma completo desta poboación considerable, xunto cun papel importante na análise bioinformática.A nosa ampla experiencia abarca a secuenciación de NGS/TGS e a análise bioinformática multiómica nunha variedade de máis de 1000 especies.Agardamos a posibilidade de colaborar contigo nos teus próximos proxectos.
Fai clic aquí paraaprende máis sobre este estudo
Hora de publicación: 29-ago-2023