Plataforma | Tamaño da biblioteca | Rendemento de datos teóricos (por cela) | Precisión de base única | Aplicacións |
Nanoporo | 8Kb, 10kb, 20kb, ultralongo, cDNA-PCR | 70-90 Gb/celular | 85-92 % | Llamada SV, De novo, Secuenciación de lonxitude completa, Iso-Seq, Anotación xenética, Detección de metilación do ADN |
● Máis de 5 anos de experiencia na plataforma de secuenciación PacBio con miles de proxectos pechados con varias especies.
● BMKGENE é socio oficial de Oxford Nanopore, con certificación ARN/ADN de plataforma dual.
● Existen modelos principais de secuenciadores con equipos completos e un rendemento de secuenciación suficiente.
● Baseándose na plataforma Nanopore, publicáronse máis de 10 investigacións de Denovo en animais e plantas en revistas de renome internacional.
Tipo de mostra | Cantidade | Concentración (Qubit ®) | Volume | Pureza | Outros |
ADN xenómico | Depende da esixencia de datos | ≥20 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Pico claro a 260 nm, sen contaminación | A concentración debe medirse mediante Qubit e Qubit/Nanopore ≤ 2 |
ARN total | ≥1,2 μg | ≥100μg/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5; sen contaminación | Valor RIN ≥7,5 |
Avaliación da calidade dos datos da mostra de ADN
Táboa 1. Estatísticas sobre datos limpos.
BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | limpaN50Len | limpaN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Avaliación da calidade dos datos da mostra de ARN
Táboa 1. Estatísticas sobre datos limpos.
Nome de arquivo | ID de cliente | ReadNúm | BaseNúm | N50 | Lonxitude media | Lonxitude máxima | Puntuación media |
RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | Q12 |
Figura 1. Distribución da lonxitude de lectura
Figura 2. Distribución da puntuación de calidade dos datos limpos
Figura 3. Distribución da lonxitude e da puntuación de calidade dos datos limpos