Produtos

Secuenciación de ADN/ARN -PacBio Sequencer

Secuenciación de ADN/ARN - Imaxe destacada do secuenciador PacBio

A plataforma de secuenciación PacBio é unha plataforma de secuenciación de lectura longa, que tamén se coñece como unha das tecnoloxías de secuenciación de terceira xeración (TGS).A tecnoloxía principal, en tempo real dunha soa molécula (SMRT), permite a xeración de lecturas con decenas de quilo-base de lonxitude.En base á "Secuenciación por síntese", a resolución dun único nucleótido conséguese mediante unha guía de ondas de modo cero (ZMW), onde só se ilumina un volume limitado na parte inferior (sitio de síntese de moléculas).Ademais, a secuenciación SMRT evita en gran medida o sesgo específico da secuencia no sistema NGS, xa que a maioría dos pasos de amplificación da PCR non son necesarios no proceso de construción da biblioteca.

Plataforma: Sequel II, Revio

Contacta connosco

Detalles do servizo

Resultados da demostración

características

Dous modos de secuenciación no secuenciador PacBio: lectura longa continua (CLR) e lectura de consenso circular (CCS)

Modo de secuenciación

Tamaño da biblioteca

Datos teóricosRendemento (por cela)

Base únicaPrecisión

Aplicacións

CLR

20 Kb, 30 Kb, etc.

80 Gb a 130 Gb

Aprox.85 %

De novo, chamadas SV, etc.

CCS

15-20 Kb

De 14 a 40 Gb/célula (Sequel II)

70 a 110 Gb/celular (Revio)

Depende das mostras

Aprox.99 %

De novo, chamada SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Comparación do rendemento e características de Revio e Sequel II

Termos	Sistema Sequel II	Sistema Revio	Aumentar
Maior densidade	8 millóns de ZMW	25 millóns de ZMW	3x
Etapas independentes	1	4	4x
Tempos de execución máis curtos	30 horas	24 horas	1,25x
30X xenomas humanos HiFi/ano	88	1.300	15 veces en xeral

Vantaxes do servizo

● Máis de 8 anos de experiencia na plataforma de secuenciación PacBio con miles de proxectos pechados con varias especies.

● Totalmente equipado coas últimas plataformas de secuenciación PacBio, Revio para garantir un rendemento de secuenciación suficiente.

● Tempo de entrega máis rápido, maior rendemento de datos e datos máis precisos.

● Contribuíu en centos de publicacións de alto impacto baseadas en PacBio.

Requisitos de mostra

Tipo de mostra

Cantidade

Concentración （Qubit®）

Volume

Pureza

Outros

ADN xenómico

Depende da esixencia de datos

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230 = 1,8-2,5;
Pico claro a 260 nm,sen contaminacións

A concentración debe medirse por Qubit e Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

ARN total

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230 = 0,5-2,5;sen contaminacións

Valor RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Fluxo de traballo do servizo

Preparación da mostra

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Entrega do proxecto

Anterior: Servizo de secuenciación Mrna do fabricante OEM - Secuenciación longa sen codificación - Illumina - Biomarcador

Seguinte: Illumina e BGI

1.Rendemento de datos interno

Datos xerados a partir de 63 células CCS (de 26 especies)

DATOS-PacBio-CCS-15 Kb	Media	Máx	Min	Mediana
Rendemento: sublecturas (Gb)	421.12	544,27	221,38	426,58
Producido - CCS (Gb)	25.93	38,59	10.86	25.43
Polimerase N50	145.651	175.430	118.118	144.689
Sublecturas N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19.034	9.876	14.747
Lonxitude media-Polimerase	67.995	89.379	49.664	66.433
Lonxitude media-Subpans	15.866	21.036	11.657	16.012
Lonxitude media-CCS	14.489	19.074	8.575	14.655

Datos xerados a partir de 16 células CLR (de 76 especies)

DATOS-PacBio-CLR-30Kb	Media	Máx	Min	Mediana
Rendemento: sublecturas (Gb)	142,20	291,40	50,55	142,49
Polimerase N50	39.456	121.191	15.389	35.231
Sublecturas N50	28.490	41.012	14.430	29.063
Lonxitude media-Polimerase	22.063	48.886	8.747	21.555
Lonxitude media-Subpans	17.720	27.225	8.293	17.779

2.Data QC - DemoEstatística sobre o rendemento de datos

Mostra	ccs Lecturas Núm	Bases totais de ccs (pb)	Lecturas ccs N50 (bp)	ccs Lonxitude media (bp)	ccs lectura máis longa (bp)	suble as bases (bp)	taxa de ccs (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36.110	863.326.330.465	6.27