Produtos

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

A subunidade do ARNr 16S e 18S que contén rexións altamente conservadas e hipervariables é unha pegada molecular perfecta para a identificación de organismos procariotas e eucariotas.Aproveitando a secuenciación, estes amplicóns pódense orientar en función das partes conservadas e as rexións hipervariables poden caracterizarse totalmente para a identificación microbiana, contribuíndo a estudos que abranguen a análise da diversidade microbiana, a taxonomía, a filoxenia, etc. Molécula única en tempo real (SMRT). ) a secuenciación da plataforma PacBio permite obter lecturas longas de alta precisión, que poderían cubrir amplicóns de lonxitude total (aprox. 1,5 Kb).A visión máis ampla do campo xenético mellorou moito a resolución na anotación de especies na comunidade de bacterias ou fungos.

Plataforma:PacBio Sequel II

Contacta connosco

Detalles do servizo

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

● Lecturas longas que revelan a secuencia completa de 16S/18S/ITS

● Chamadas base altamente precisas coa secuenciación do modo PacBio CCS

● Resolución a nivel de especie en anotación OTU/ASV

● Último fluxo de análise de QIIME2 con análises diversas en termos de base de datos, anotación, OTU/ASV.

● Aplicable a diversos estudos de comunidades microbianas

● BMK posúe unha ampla experiencia con máis de 100.000 mostras ao ano, que abarcan chan, auga, gas, lodos, feces, intestinos, pel, caldo de fermentación, insectos, plantas, etc.

● BMKCloud facilitou a interpretación de datos que contén 45 ferramentas de análise personalizadas

Especificacións do servizo

SecuenciaciónPlataforma	Biblioteca	Datos recomendados	Tempo de resposta
PacBio Sequel II	SMRT-campá	Etiquetas 5K/10K/20K	44 días laborables

Análise bioinformática

● Control de calidade dos datos brutos

● Agrupación en clúster/eliminación de ruído de OTU (ASV)

● Anotación OTU

● Diversidade alfa

● Diversidade beta

● Análise intergrupal

● Análise de asociación fronte a factores experimentais

● Función predición de xenes

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:

ParaExtractos de ADN:

Tipo de mostra	Cantidade	Concentración	Pureza
Extractos de ADN	> 1 μg	> 20 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Para mostras ambientais:

Tipo de mostra	Procedemento de mostraxe recomendado
Solo	Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva.
Feces	Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP estéril ou criotubo para reserva.
Contidos intestinais	As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP.
Lodos	Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva
Corpo de auga	Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril.
Pel	Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril.

Entrega de mostra recomendada

Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

Entrega da mostra

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda

Anterior: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Seguinte: Ensaio de cromatina accesible á transposase con secuenciación de alto rendemento (ATAC-seq)

1.Taxa de anotación do perfil da comunidade microbiana baseado en V3+V4(Illumina) fronte ao perfil completo (PacBio).
(Aplicáronse os datos de 30 proxectos escollidos aleatoriamente para as estatísticas)

2. Taxa de anotación da secuenciación de amplicóns de lonxitude completa a nivel de especie en diferentes tipos de mostra

3.Distribución das especies

4.Árbore filoxenética

Caso BMK

A exposición ao arsénico induce danos na barreira intestinal e a consecuente activación do eixe intestino-fígado que provoca inflamación e piroptose do fígado nos patos.

Publicado:Ciencia do Medio Ambiente Total,2021

Estratexia de secuenciación:

Mostras: control fronte ao grupo exposto a ATO de 8 mg/kg
Rendemento de datos de secuenciación: 102.583 secuencias CCS en bruto en total
Control: 54.518 ± 747 CCS efectivos
ATO exposto: 45.050 ± 1.675 CCS efectivos

Resultados clave

Diversidade alfa:A exposición ao ATO alterou significativamente a riqueza e diversidade microbiana intestinal dos patos.

Análise de metástasis:
A nivel de filo: só se detectaron 2 filos bacterianos nos grupos control
A nivel de xénero: atopáronse 6 xéneros significativamente diferentes en abundancia relativa
A nivel de especies: identificáronse 36 especies en total, con 6 delas significativamente diferentes en abundancia de revivir

Referencia

Thingholm, LB, et al."Os individuos obesos con e sen diabetes tipo 2 mostran diferentes capacidades e composicións microbianas do intestino".Hóspede celular e microbio26.2 (2019).