10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
características
● Resolución: 100 µM
● Diámetro do punto: 55 µM
● Número de prazas: 4992
● Área de captura: 6,5 x 6,5 mm
● Cada punto con código de barras está cargado con cebadores compostos por 4 seccións:
- cola poli(dT) para cebado de ARNm e síntese de ADNc
- Identificador molecular único (UMI) para corrixir o sesgo de amplificación
- Código de barras espacial
- Secuencia de unión do cebador de secuenciación de lectura parcial 1
● Tinción H&E de seccións
Vantaxes
●Servizo único: integra todos os pasos baseados na experiencia e na habilidade, incluíndo criosección, tinción, optimización de tecidos, código de barras espaciais, preparación de bibliotecas, secuenciación e bioinformática.
● Equipo técnico altamente cualificado: con experiencia en máis de 250 tipos de tecidos e máis de 100 especies, incluíndo humanos, ratos, mamíferos, peixes e plantas.
●Actualización en tempo real de todo o proxecto: con control total do progreso experimental.
●Bioinformática estándar integral:O paquete inclúe 29 análises e máis de 100 cifras de alta calidade.
●Análise e visualización de datos personalizados: dispoñible para diferentes solicitudes de investigación.
●Análise conxunta opcional con secuenciación de ARNm unicelular
Especificacións
| Requisitos de mostra | Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Mostras criolóxicas incrustadas en OCT, mostras FFPE (Diámetro óptimo: aprox. 6x6x6 mm3) 3 bloques por mostra | Biblioteca de ADNc Visium 10X | Illumina PE150 | 50K lecturas PE por punto (60 Gb) | RIN>7 |
Para obter máis detalles sobre a orientación de preparación de mostras e o fluxo de traballo do servizo, non dubide en falar con aExperto en BMKGENE
Fluxo de traballo do servizo
Na fase de preparación da mostra, realízase un ensaio inicial de extracción de ARN a granel para garantir que se pode obter un ARN de alta calidade.Na fase de optimización do tecido téñense e visualízanse as seccións e optimízanse as condicións de permeabilización para a liberación do ARNm do tecido.O protocolo optimizado aplícase despois durante a construción da biblioteca, seguido da secuenciación e análise de datos.
O fluxo de traballo completo do servizo implica actualizacións en tempo real e confirmacións do cliente para manter un bucle de feedback receptivo, garantindo a execución do proxecto sen problemas.
Inclúe a seguinte análise:
Control de calidade de datos:
o Saída de datos e distribución da puntuación de calidade
o Detección de xenes por punto
o Cobertura tisular
Análise da mostra interna:
o Riqueza xenética
o Agrupación puntual, incluíndo análise de dimensións reducidas
o Análise de expresión diferencial entre clusters: identificación de xenes marcadores
o Anotación funcional e enriquecemento de xenes marcadores
Análise intergrupal
o Recombinación de manchas de ambas as mostras (por exemplo, enfermos e control) e recombinación
o Identificación de xenes marcadores para cada clúster
o Anotación funcional e enriquecemento de xenes marcadores
o Expresión diferencial dun mesmo clúster entre grupos
Análise da mostra interna
Agrupación puntual
Identificación de xenes marcadores e distribución espacial
Análise intergrupal
Combinación de datos dos dous grupos e recluster
Xenes marcadores de novos clusters
Explore os avances facilitados polo servizo de transcriptómica espacial de BMKGene por 10X Visium Nestas publicacións destacadas:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, un potencial homólogo de Drosophila de GPCR de adhesión de mamíferos, está implicado en reaccións antitumorales a células oncoxénicas inxectadas en moscas', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) "Un atlas espazo-temporal de organoxénese no desenvolvemento de flores de orquídeas", Nucleic Acids Research, 50 (17), pp. 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) "A integración da transcriptómica espacial e a secuenciación de ARN dun só núcleo revela as posibles estratexias terapéuticas para o leiomioma uterino", International Journal of Bioological Sciences, 19 (8), pp. 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
