Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS)
Sònrachaidhean seirbheis
Àrd-ùrlar: àrd-ùrlar NovaSeq, PE150
Seòrsa leabharlainn: 200-400bp cuir a-steach leabharlann DNA air a làimhseachadh le bisulfite
Ro-innleachd sreathachaidh: Càraid-Deireadh 150 bp
Moladh toradh dàta: 10 Gb dàta / sampall amh
Sampall Riatanasan
Meud DNA: ≥ 2ug
Dùmhlachd DNA: ≥ 20ng/μl.
Purity: OD260/280 = 1.8 gu 2.0 gun truailleadh no truailleadh RNA
Mion-sgrùdadh bioinformatics
Sruth Obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
a.Iomradh air staitistig co-thaobhadh genome
Staitistigean mapaidh a leughadh
Staisbeanairean doimhneachd sreathachaidh agus còmhdach làrach C
Acòmhdach cruinn
Dèifeachdas igestion gach sampall
b.Dearbhadh làrach methylation
Liosta de ìrean methylation aig làrach C
BS tionndadh
Mcytosine ethylated
Sgaoileadh ìre methylation
c.Mapa methylation
Gfarsaing
Geileamaid enome
d.Coimeas eadar ìrean methylation eadar sampallan
PAirwise Co-dhàimh de methylation CG
Pmethylation CA-CG
Clustering de methylation CG
d.Mion-sgrùdadh methylation gu eadar-dhealaichte
Staisbeanach an DMR
Sgaoileadh fad DMR
Hmap ithe
DSgaoileadh MR ann an sgìre cuimsichte
