-
Sequence Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
Tha ChIP-Seq a’ toirt seachad cunntas genome air feadh targaidean DNA airson atharrachadh histone, factaran tar-sgrìobhaidh, agus pròtanan eile co-cheangailte ri DNA.Bidh e a’ cothlamadh roghnachas immuno-precipitation chromatin (ChIP) gus iom-fhilltean pròtain-DNA sònraichte fhaighinn air ais, le cumhachd seicheamh ginealach an ath ghinealach (NGS) airson sreath àrd-toraidh den DNA a chaidh fhaighinn air ais.A bharrachd air an sin, leis gu bheil na h-ionadan pròtain-DNA air an faighinn air ais bho cheallan beò, faodar làraich ceangail a choimeas ann an diofar sheòrsaichean cealla agus clò, no fo chumhachan eadar-dhealaichte.Tha tagraidhean a’ dol bho riaghladh tar-sgrìobhaidh gu slighean leasachaidh gu dòighean galair agus nas fhaide air falbh.
Àrd-ùrlar: Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq
-
Seicheamh metagenomic -NGS
Tha Metagenome a 'toirt iomradh air cruinneachadh de stuth ginteil iomlan de choimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean, leithid metagenome àrainneachd, metagenome daonna, msaa.Is e inneal moileciuil a th’ ann an sreath metagenomic a thathar a’ cleachdadh gus mion-sgrùdadh a dhèanamh air na stuthan genomic measgaichte a chaidh a thoirt a-mach à sampallan àrainneachd, a bheir seachad fiosrachadh mionaideach mu iomadachd agus pailteas ghnèithean, structar sluaigh, dàimh phylogenetic, ginean gnìomh agus lìonra co-dhàimh le factaran àrainneachd.
Àrd-ùrlar:Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq
-
Seicheamh metagenomic - Nanopore
Is e inneal moileciuil a th’ ann am Metagenomics a thathar a’ cleachdadh gus mion-sgrùdadh a dhèanamh air na stuthan genomic measgaichte a chaidh a thoirt a-mach à sampallan àrainneachd, a bheir seachad fiosrachadh mionaideach mu iomadachd gnè agus pailteas, structar sluaigh, dàimh phylogenetic, ginean gnìomh agus lìonra co-dhàimh le factaran àrainneachd, msaa. gu sgrùdaidhean metagenomic.Chuir a choileanadh air leth ann am faid leughaidh gu mòr ri mion-sgrùdadh metagenomic sìos sruth, gu sònraichte co-chruinneachadh metagenome.A’ gabhail buannachdan bho fhad leughaidh, tha sgrùdadh metagenomic stèidhichte air Nanopore comasach air co-chruinneachadh nas leantainneach a choileanadh an coimeas ri metagenomics gunna-gunna.Chaidh fhoillseachadh gun do chruthaich metagenomics stèidhichte ann an Nanopore genomes bactaraidh iomlan agus dùinte bho mhic-bhiomain (Còinneach, EL, et. al,Biotech nàdair, 2020)
Àrd-ùrlar:Nanopore PromethION P48
-
Sreath genome bisulfite slàn
Tha buaidh bhunaiteach aig methylation DNA aig a’ chòigeamh suidheachadh ann an cytosine (5-mC) air faireachdainn gine agus gnìomhachd cealla.Tha pàtrain methylation neo-àbhaisteach air a bhith co-cheangailte ri grunn shuidheachaidhean agus ghalaran, leithid aillse.Tha WGBS air a thighinn gu bhith na inbhe òir airson a bhith a’ sgrùdadh methylation air feadh genome aig rùn aon bhunait.
Àrd-ùrlar: Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq
-
Assay airson Chromatin Transposase-ruigsinneach le Seicheamh Àrd Trochur (ATAC-seq)
Tha ATAC-seq na dhòigh sreathachaidh àrd-toradh airson mion-sgrùdadh air ruigsinneachd chromatin air feadh genome, a tha cudromach airson smachd epigenetic cruinneil air faireachdainn gine.Bidh innealan-atharrachaidh seicheamhach air an cuir a-steach do roinnean chromatin fosgailte le transposase hyperactive Tn5.Às deidh leudachadh PCR, thèid leabharlann sreathachaidh a thogail.Gheibhear a h-uile roinn chromatin fosgailte fo chumhachan ùine-fànais sònraichte, chan ann a-mhàin air a chuingealachadh ri làraich ceangail factar tar-sgrìobhaidh, no sgìre atharraichte histone sònraichte.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Tha an fho-aonad air rRNA 16S agus 18S anns a bheil an dà chuid roinnean làn-ghlèidhte agus hyper-caochlaideach na lorgan-meòir moileciuil foirfe airson comharrachadh fàs-bheairtean prokaryotic agus eukaryotic.A’ gabhail brath air an t-sreath, faodar na h-amplicons sin a chuimseachadh stèidhichte air na pàirtean glèidhte agus faodar na roinnean hyper-caochlaideach a chomharrachadh gu h-iomlan airson comharrachadh microbial a’ cur ri sgrùdaidhean a’ còmhdach mion-sgrùdadh iomadachd microbial, tacsonamaidh, phylogeny, msaa. ) le bhith a’ leantainn àrd-ùrlar PacBio a’ comasachadh leughaidhean fada fìor cheart fhaighinn, a dh’ fhaodadh a bhith a’ còmhdach leudachan làn-fhaid (timcheall air 1.5 Kb).Chuir an sealladh farsaing air raon ginteil gu mòr ris an rùn ann an comharrachadh gnè ann an coimhearsnachd bacteria no fungasan.
Àrd-ùrlar:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Tha seicheamh amplicon 16S / 18S / ITS ag amas air a bhith a’ nochdadh phylogeny, tacsonamaidh, agus pailteas ghnèithean ann an coimhearsnachd mhicrobial le bhith a’ sgrùdadh thoraidhean PCR de chomharran ginteil cumail taighe anns a bheil an dà chuid pàirtean làn-chòmhnard agus ioma-chaochlaideach.Tha toirt a-steach na lorgan-meòir moileciuil foirfe sin le Woeses et al, (1977) a’ toirt cumhachd do phròifil microbiome gun aonaranachd.Le bhith a’ leantainn 16S (bacteria), 18S (fungas) agus spacer tar-sgrìobhte a-staigh (ITS, fungasan) leigidh sin aithneachadh an dà chuid gnèithean pailt a bharrachd air gnèithean tearc is neo-aithnichte.Tha an teicneòlas seo air a thighinn gu bhith na inneal farsaing agus mòr ann a bhith a’ comharrachadh co-dhèanamh microbial eadar-dhealaichte ann an grunn àrainneachdan, leithid beul daonna, caolan, feces, msaa.
Àrd-ùrlar:Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq
-
Ath-sheicheamh genoma slàn bacteriach is fungas
Tha ath-sheicheamh genoma slàn bacteriach agus fungach na inneal deatamach gus genomes bacteria agus fungasan aithnichte a chrìochnachadh, a bharrachd air coimeas a dhèanamh eadar grunn genomes no genomes de fhàs-bheairtean ùra a mhapadh.Tha e air leth cudromach genomes iomlan de bacteria agus fungasan a chuir an òrdugh gus genomes iomraidh ceart a ghineadh, comharrachadh microbial agus sgrùdaidhean genome coimeasach eile a dhèanamh.
Àrd-ùrlar: Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq
-
PacBio-Làn-fhaid 16S/18S/ITS Amplicon sreath
Tha àrd-ùrlar Amplicon (16S / 18S / ITS) air a leasachadh le bliadhnaichean de eòlas ann am mion-sgrùdadh pròiseact iomadachd microbial, anns a bheil mion-sgrùdadh bunaiteach àbhaisteach agus mion-sgrùdadh pearsanaichte: tha mion-sgrùdadh bunaiteach a’ còmhdach susbaint mion-sgrùdadh prìomh-shruthach de sgrùdadh microbial gnàthach, tha susbaint an anailis beairteach agus farsaing, agus tha toraidhean anailis air an taisbeanadh ann an cruth aithisgean pròiseict;Tha susbaint mion-sgrùdadh pearsanaichte eadar-dhealaichte.Faodar sampaill a thaghadh agus faodar paramadairean a shuidheachadh gu sùbailte a rèir an aithisg sgrùdaidh bunaiteach agus adhbhar an rannsachaidh, gus riatanasan pearsanaichte a thoirt gu buil.Siostam-obrachaidh Windows, sìmplidh agus luath.
-
Tar-sgrìobhadh Làn-fhaid PacBio (Gun iomradh)
A’ gabhail dàta seicheachaidh Isoform Pacific Biosciences (PacBio) mar chur-a-steach, bidh an App seo comasach air sreathan tar-sgrìobhaidh làn-fhaid a chomharrachadh (às aonais co-chruinneachadh).Le bhith a’ mapadh sreathan làn-fhaid an aghaidh genoma iomraidh, faodar tar-sgrìobhaidhean a bharrachadh le ginean aithnichte, tar-sgrìobhaidhean, roinnean còdaidh, msaa. Anns a’ chùis seo, faodar comharrachadh nas cinntiche de structaran mRNA, leithid splicing eile, msaa.Tha co-sgrùdadh le dàta sreathaidh tar-sgrìobhaidh NGS a’ comasachadh comharrachadh nas coileanta agus tomhas nas cruinne ann an abairt aig ìre tar-sgrìobhaidh, a tha gu ìre mhòr na bhuannachd do mhìneachadh eadar-dhealaichte sìos an abhainn agus mion-sgrùdadh gnìomh.
-
Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS)
Tha rannsachadh DNA methylation air a bhith na chuspair teth a-riamh ann an rannsachadh galair, agus tha e dlùth cheangailte ri faireachdainn gine agus feartan pheno-typic.Tha RRBS na dhòigh neo-mhearachdach, èifeachdach agus eaconamach airson rannsachadh methylation DNA.Le bhith a’ saidhbhreachadh roinnean eileanan luchd-adhartachaidh agus CpG le sgoltadh enzymatic (Msp I), còmhla ri sreath Bisulfite, a’ toirt seachad lorg àrd-rèiteachaidh DNA methylation.
Àrd-ùrlar: Àrd-ùrlar Illumina NovaSeq
-
Seicheamh mRNA prokaryotic
Tha òrdugh mRNA a’ toirt cumhachd do phròifil coileanta a dhèanamh air a h-uile tar-sgrìobhadh mRNA taobh a-staigh cheallan fo chumhachan sònraichte.Tha an teicneòlas ùr-nodha seo a’ frithealadh mar inneal làidir, a’ nochdadh pròifilean faireachdainn gine toinnte, structaran gine, agus uidheamachdan moileciuil co-cheangailte ri pròiseasan bith-eòlasach eadar-mheasgte.Air a chleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh bunaiteach, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, tha sreath mRNA a’ toirt sealladh dhuinn air iom-fhillteachd daineamaigs cealla agus riaghladh ginteil.Tha an giullachd sampall mRNA prokaryotic againn air a dhealbhadh airson tar-sgrìobhaidhean prokaryotic, a’ toirt a-steach ìsleachadh rRNA agus ullachadh leabharlainn stiùiridh.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq X
