Mapa teas
Bithear a’ cleachdadh faidhle dàta matrix airson dealbh mapa teas, as urrainn dàta matrix a shìoladh, a dhèanamh àbhaisteach agus a chruinneachadh.Tha e air a chleachdadh sa mhòr-chuid airson mion-sgrùdadh cnuasachadh air ìre faireachdainn gine eadar diofar shamhlaichean.
Mìneachadh gine
Bithear a’ dèanamh nota gnìomh gine le bhith a’ mapadh sreathan ann am faidhle FASTA an aghaidh diofar stòr-dàta.
Mìneachadh gine
Inneal Sgrùdaidh Co-thaobhadh Ionadail Bunasach
CDS_UTR_Sealladh
Tha an inneal seo air a dhealbhadh gus ro-innse roinnean còdaidh (CDS) agus roinnean neo-còdaidh (UTR) ann an sreathan tar-sgrìobhaidh sònraichte stèidhichte air spreadhadh an aghaidh stòr-dàta pròtain aithnichte agus ro-innse ORF.
Cuilbheart Manhattan
Tha cuilbheart Manhattan a’ comasachadh dàta a thaisbeanadh le àireamh mhòr de phuingean dàta.Tha e air a chleachdadh gu cumanta ann an sgrùdaidhean comainn genome-wide (GWAS).
Siorcain
Tha diagram CIRCOS a’ comasachadh sgaoilidhean SNP, InDeL, SV, CNV a thaisbeanadh gu dìreach air genoma.
GO_ saidhbhreas
Tha TopGO na inneal a chaidh a dhealbhadh airson beairteachadh gnìomh.Tha pasgan TopGO-Bioconductor a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte, mion-sgrùdadh beairteachaidh GO agus fradharc nan toraidhean.Cruthaichidh e pasgan le toradh air a bheil “Graph”, anns a bheil toraidhean airson topGO_BP, topGO_CC agus topGO_MF.
WGCNA
Tha WGCNA na dhòigh mèinnearachd dàta air a chleachdadh gu farsaing airson modalan co-labhairt gine a lorg.Tha e buntainneach ri diofar sheata dàta faireachdainn a’ toirt a-steach dàta microarray agus dàta faireachdainn gine a thàinig bho shreath an ath ghinealach.
InterProScan
Mion-sgrùdadh agus seòrsachadh sreath pròtain InterPro
GO_KEGG_Saibhreas
Tha an inneal seo air a dhealbhadh gus histogram beairteas GO a ghineadh, histogram beairteachaidh KEGG agus slighe beairteachaidh KEGG stèidhichte air seata gine a chaidh a thoirt seachad agus nota co-fhreagarrach.