Seicheamh genoma slàn planntrais / ainmhidhean
1.Service Buannachdan
Eòlas farsaing ann an sreath genome airson còrr air 1000 gnè.
Còrr is 800 cùis foillsichte le feart buaidh tionalach de chòrr air 4000.
Mion-sgrùdadh bioinformatics coileanta air gairm atharrachaidh agus mion-sgrùdadh gnìomh.
2. Sònrachaidhean Seirbheis
| Àrd-ùrlar | Leabharlann | Doimhneachd seq air a mholadh | |
| Illumina | PE 150 | Airson SNP, InDel a’ gairm ≥ 10x Airson SV, CNY a’ gairm ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Airson SV, CNY a’ gairm ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Airson SNP, InDel, SV, CNY a’ gairm ≥ 10x |
3. Sample Riatanasan
| Àrd-ùrlar | Conc.(ng/μL)
| Meud (ng)
| Purity
| Gel agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Prìomh chòmhlan soilleir le gin no cuingealaichtecrìonadh air fhaicinn air gel. 2. Gun no cuingealaichte RNA no truailleadh pròtain
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Tha e an urra ri toradh dàta 10 μg / cealla | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Mion-sgrùdadh Bioinformation
5. Sruth Obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing DNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Lìbhrigeadh dàta
1) Staitistig de Mhapadh Genome
Clàr 1 Staitistig de thoradh mapaidh
Figear 1 Sgaoileadh meud cuir a-steach agus leugh còmhdach.
2) Variate Dearbhaidh
Figear 2 Staitistigean agus comharrachadh SNP/INDEL/SV am measg Shamhlaichean
Figear 3 Sgaoileadh de sholarachadh genome air feadh an t-saoghail
3) Nota gnìomh de chaochlaidhean
| 2019 | Conaltradh nàdair | Tha ath-sheòrsachadh làn-genome a’ nochdadh tùs Brassica napus agus loci ginteil a tha an sàs ann a leasachadh |
| 2020 | PNAS | Tùs mean-fhàsach agus eachdraidh dachaigheil iasg òir (Carassius auratus) |
| 2021 | Iris Bith-theicneòlas Lusan | Iomradh genomes den dà ghnè jute àiteach |
| 2021 | Iris Bith-theicneòlas Lusan | Ainmean genomic de allopolyploid glasraich agus sìol-ola Brassicajuncea agus loci ginteil a’ cumail smachd air cruinneachadh glucosinolates |
| 2019 | Lusan moileciuil | Tha ath-sheòrsachadh làn-genome de chruinneachadh air feadh an t-saoghail de shìol-ròin a’ nochdadh bunait ginteil an eadar-dhealachadh eag-seòrsa aca |
| 2022 | Rannsachadh Gàrradaireachd | Tha mion-sgrùdadh comann air feadh genome a’ toirt seachad seallaidhean moileciuil air an atharrachadh nàdarra air meud sìol watermelon |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Tha sgrùdadh comann air feadh genome a’ comharrachadh caochlaidhean de GhSAD1 a’ toirt seachad fulangas fuar ann an cotan |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Tha sgrùdadh comainn air feadh genome agus coimeas tar-sgrìobhaidh a’ nochdadh QTL ùr-nodha agus ginean tagraiche a bhios a’ cumail smachd air meud petal ann an sìol ròin |
