Sequencing-Illumina mRNA neo-iomradh
Feartan
● Neo-eisimeileach bho genoma iomraidh sam bith,
● Dh’fhaodadh an dàta a bhith air a chleachdadh gus structar agus faireachdainn nan tar-sgrìobhaidhean a mhion-sgrùdadh
● Comharraich làraichean clipping caochlaideach
Buannachdan seirbheis
● Lìbhrigeadh toraidh stèidhichte air BMKCloud: Tha toraidhean air an lìbhrigeadh mar fhaidhle dàta agus aithisg eadar-ghnìomhach tro àrd-ùrlar BMKCloud, a leigeas le luchd-cleachdaidh toraidhean mion-sgrùdadh iom-fhillte a leughadh agus mèinneadh dàta gnàthaichte air bunait mion-sgrùdadh bioinformatics àbhaisteach.
● Seirbheisean às dèidh reic: Seirbheisean às dèidh reic dligheach airson 3 mìosan às deidh crìoch a’ phròiseict, a’ toirt a-steach leantainn phròiseactan, fuasgladh dhuilgheadasan, toraidhean Q&A, msaa.
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Suim (μg) | Purity | Ionracas |
| ≥20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel. | Airson lusan: RIN≥6.5; Airson beathaichean: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann |
Meud: Cuideam (tioram): ≥1 g
* Airson clò nas lugha na 5 mg, tha sinn a’ moladh sampall clò reòta (ann an nitrogen leaghaidh) a chuir.
Crochadh cealla: Cunntas cealla = 3 × 107
* Tha sinn a’ moladh lysate cealla reòta a chuir air falbh.Ma tha an cealla sin nas lugha na 5 × 105, thathas a’ moladh flash reòta ann an nitrogen leaghaidh.
Samhlaidhean fuil:
PA×geneBloodRNATube;
fuil 6mLTRIzol agus 2mL (TRIzol: Fuil = 3: 1)
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container:
Tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gluasad:
1.Dry-deigh: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
Tiùban 2.RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
Bith-fiosrachadh
1.mRNA(denovo) Prionnsabal an t-Seanaidh
Le Trianaid, tha leughaidhean air an roinn ann am pìosan nas lugha, ris an canar K-mer.Bidh na K-mers sin an uairsin air an cleachdadh mar shìol airson a leudachadh gu contigs agus an uairsin co-phàirtean stèidhichte air tar-tharraing contig.Mu dheireadh, chaidh De Bruijn a chuir an sàs an seo gus tar-sgrìobhaidhean aithneachadh anns na co-phàirtean.
mRNA (De novo) Sealladh farsaing air an Trianaid
2.mRNA (De novo) Sgaoileadh Ìre Aithris Gine
Tha RNA-Seq comasach air tuairmse fìor mhothachail fhaighinn air faireachdainn gine.Mar as trice, tha an raon ath-sgrìobhaidhean a ghabhas lorg FPKM eadar 10 ^ -2 gu 10^6
mRNA (De novo) Sgaoileadh dùmhlachd FPKM anns gach sampall
3.mRNA (De novo) GO Mion-sgrùdadh Saibhreas air DEGn
Tha stòr-dàta GO (Gene Ontology) na shiostam notaichean bith-eòlasach structaraichte anns a bheil briathrachas àbhaisteach de ghnìomhan gine agus toraidhean gine.Tha grunn ìrean ann, far a bheil an ìre as ìsle, is ann as sònraichte a tha na gnìomhan.
mRNA (De novo) GO de sheòrsachadh DEG aig an dàrna ìre
Cùis BMK
Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh air Metabolism Sucrose aig àm tumadh bulb agus leasachadh ann an oinniún (Allium cepa L.)
Foillsichte: crìochan ann an saidheans lusan,2016
Ro-innleachd sreathach
Illumina HiSeq2500
Cruinneachadh eisimpleirean
Chaidh àiteachas Utah Yellow Sweet Spain “Y1351” a chleachdadh san sgrùdadh seo.Bha an àireamh de shamhlaichean a chaidh a chruinneachadh
15mh latha às deidh sèid (DAS) de bholg (trast-thomhas 2-cm agus cuideam 3–4 g), 30mh DAS (trast-thomhas 5-cm agus cuideam 100–110 g), agus ∼3 air an 40mh DAS (trast-thomhas 7-cm agus 260-300 gram).
Prìomh thoraidhean
1. ann an diagram Venn, chaidh 146 DEG gu h-iomlan a lorg thar nan trì paidhrichean de ìrean leasachaidh
2. Bha “còmhdhail agus metabolism gualaisg” air a riochdachadh le dìreach 585 unigene (ie, 7% den COG le notaichean).
Chaidh 3.Unigenes le notaichean soirbheachail gu stòr-dàta GO a roinn ann an trì prìomh roinnean airson nan trì ìrean eadar-dhealaichte de leasachadh bulb.B’ e “pròiseas metabolach” a’ mhòr-chuid a bha air an riochdachadh anns a’ phrìomh roinn “pròiseas bith-eòlasach”, agus “pròiseas ceallach” air a leantainn.Anns a’ phrìomh roinn de “gnìomh moileciuil” b’ e an dà roinn a bu mhotha a bha air an riochdachadh “ceangaltach” agus “gnìomh catalaíoch”.
 Histogram de bhuidhnean de bhuidhnean orthologous (COG) seòrsachadh |  Seòrsachadh histogram de ontology gine (GO) airson unigenes a thàinig bho bholgan ann an trì ìrean leasachaidh |
 Diagram Venn a’ sealltainn ginean air an cur an cèill ann an dòigh eadar-dhealaichte ann an dà ìre sam bith de leasachadh bulb oinniún |
Iomradh
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Mion-sgrùdadh Tar-sgrìobhaidh air Metabolism Sucrose aig àm Bulb Swelling agus Leasachadh ann an Oinniún (Allium cepa L.) [J].Crìochan ann an Saidheans Lusan, 2016, 7: 1425-.DOI: 10.3389 / fpls.2016.01425
