MOLADH GENOME
Genome De ùr
Seanadh | Co-dhùnadh gnè Chaidh an obair sreathachaidh gu lèir agus seirbheisean pàirt-fiosrachaidh a thoirt seachad le Biomarker Techonologies.
Abradh
“Tha an phenotype suaicheanta de dhragan-mara a’ toirt a-steach eàrr-ràdhan coltach ri duilleach, beul tubular gun fhiaclan, agus torrachas fireannaich a’ toirt a-steach goir uighean torrach air “pàirc àlach.”Tha sinn a’ nochdadh genomes fireann is boireann den seadragon cumanta (Phyllopteryx taeniolatus) agus a ghnè a tha dlùth-cheangailte ris, an t-iasg ailigator (Syngnathoides biaculeatus).Tha pròifilean tar-sgrìobhaidh bho nobhail mean-fhàsach, na h-eàrr-ràdhan coltach ri duilleach, a’ sealltainn gun deach seata de ghinean a tha gu h-àbhaisteach an sàs ann an leasachadh fin a cho-thaghadh a bharrachd air beairteas ath-sgrìobhaidhean airson gineadan càraidh clò agus dìon dìon.Chaidh na mutants zebrafish airson scpp5, a tha air chall anns a h-uile syngnathids, a lorg gun robh dìth no gun robh fiaclan pharyngeal deformed orra, a’ toirt taic don bheachd-bharail gu bheil call scpp5 air cur ri call fhiaclan ann an syngnathids.Chaidh locus gnè-cinnteach gnè a chomharrachadh a’ còdachadh gine amhr2y a bha sònraichte dha fireannaich a tha air a cho-roinn le seadragon cumanta agus iasg-pìoba ailigator. ”
Stuthan agus dòighean-obrach:
Stuthan
Far seadragon cumanta (P. taeniolatus) agus dà iasg-pìoba ailigator (S. biaculeatus) sampaill.Chaidh dà seadragon cumanta (aon fhireannach agus aon bhoireannach) agus dà iasg pìoba ailigator (aon fhireannach agus aon bhoireannach) a chleachdadh airson sreath làn-genome, agus chaidh dà neach seadragon cumanta fireann eile a chleachdadh airson ath-leanmhainn genome.
Ro-innleachd sreath genome
2Leabharlann 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) no Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).
Seicheamh tar-sgrìobhaidh
Fno seadragon cumanta, eanchainn, sùil, gill, grùthan, cridhe, dubhagan, mesentery, caolan, fèithean, fin, craiceann, eàrr-ràdhan coltach ri duilleach, testis, agus uamhraidh.
Ro-innleachd co-chruinneachadh ùr genome
Canu (Correction) + WTDBG2 (Co-chruinneachadh) + Pilon (Pòlainn) + Lachesis (Hi-C).
Prìomh Thoraidhean
Fig. 1. Prìomh fheartan an t-sròin-mara cumanta (P. taeniolatus) agus an t-iasg-pìoba ailigator (S. biaculeatus) agus an suidheachadh phylogenetic.
Fig. 2. Morf-eòlas agus dèanamh ginteil de na h-eàrr-ràdhan coltach ri duilleach anns a' mhuir-mara cumanta (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gine co-dhùnadh gnè putative anns an t-sìol-mara cumanta (P. taeniolatus) agus an t-iasg ailigator (S. biaculeatus).
Fig. 4. phenotypes fiacail pharyngeal ann an zebrafish scpp5 homozygous mutants.
Ùine puist: Faoilleach-08-2022