Ann an 2021, chunnaic BMKGENE rannsachadh genome 31 De novo air fhoillseachadh gu soirbheachail ann an irisean làn-bhuaidh le factaran buaidh iomlan os cionn 320. Chaidh 15 de na h-artaigilean a cho-ùghdar 4 dhiubh air an co-sgrìobhadh mar a’ chiad ùghdaran le BMKGENE
Dìreach às deidh toiseach na bliadhna 2022, chaidh dà artaigil rannsachaidh fhoillseachadh mu thràth air an iris “Natural Genetics” agus “Molecular Plant” fa leth.Is iad sin, “Tha dà haplotypes eadar-dhealaichte bho genoma lychee fìor heterozygous a’ moladh tachartasan dachaigheil neo-eisimeileach airson àiteachas tràth is fadalach” (Rannsachadh genome Lychee, air a stiùireadh le Colaiste Gàrradaireachd, Oilthigh Àiteachais Shìona a Deas, agus co-oibrichean saidheansail, air fhoillseachadh air Gintinneachd Nàdarra. ), agus “sreathan genome de na còig gnèithean Sitopsis de Aegilops agus tùs cruithneachd polyploid B-subgenome” (genoma gnè còig Sitopsis, air a stiùireadh le sgioba rannsachaidh an Àrd-ollamh Bao Liu aig Oilthigh Normal an Ear-thuath.).Nì sinn ath-sgrùdadh air an dà artaigil seo cuideachd agus roinnidh sinn le ar luchd-leughaidh.
A-nis, leig dhuinn sùil a thoirt air na h-artaigilean rannsachaidh sàr-mhath a chaidh fhoillseachadh air 2021 air an co-sgrìobhadh le BMK agus na goireasan co-obrachaidh againn.
Genome Lusan - Briseadh air ioma-ghnèitheachd.
1.Tha co-chruinneachadh genome àrd-inbhe a’ soilleireachadh feartan genomic seagal agus ginean a tha cudromach agronomically
Goireas Co-obrachail: Oilthigh Àiteachais Henan
Iris: Gintinneachd Nàdarra
Factor Buaidh: 38.31
Anns a’ phròiseact seo, chaidh genome de Weining seagal, measgachadh seagal Sìneach mionlach, a chuir ann an òrdugh.Bha na contigs cruinnichte (7.74 Gb) a’ dèanamh suas 98.47% den mheud genome measta (7.86 Gb), le 93.67% de na contigs (7.25 Gb) air an sònrachadh do sheachd chromosomes.Bha eileamaidean ath-aithris a’ dèanamh suas 90.31% den genoma cruinnichte.Bidh tuilleadh mion-sgrùdaidhean air co-chruinneachadh Weining a’ tilgeil solas ùr air dùblaidhean gine air feadh genome agus a’ bhuaidh a th’ aca air ginean biosynthesis stalc, eagrachadh corporra de loci prolamin iom-fhillte, feartan abairt gine a tha mar bhunait air caractar cinn tràth agus roinnean cromosomal co-cheangailte ri dachaigheachd agus loci ann an seagal.Tha an t-sreath genome seo a’ gealltainn gun luathaich e sgrùdaidhean genomic agus briodachaidh ann an seagal agus bàrr arbhair co-cheangailte.
2.Rose without prickle: seallaidhean genomic ceangailte ri atharrachadh taiseachd
Goireas Co-obrachail: Institiud luibh-eòlais Kunming, Acadamaidh Saidheansan Shìona
Iris: Lèirmheas Nàiseanta Saidheans
Factor buaidh: 17.273
Anns a’ phròiseact seo, chaidh sampallan de ‘Basye’s Thornless’ (BT, àiteachas gun prickle de Rosa wichuraiana), ‘Old Blush’ (OB, genotype stèidheachaidh ann an dachaighean ròs), na hybrids F1 aca agus BCF1 a chruinneachadh.Agus chaidh co-chruinneachadh genome iomraidh àrd-inbhe a chruthachadh gus eileamaidean ginteil co-cheangailte ri leasachadh prickle gas a chomharrachadh.Tha meud genome timcheall air 530.6 Mb.Gus càileachd an genoma cruinnichte a dhearbhadh, chaidh mion-sgrùdadh leithid coimeas mapa ginteil, BUSCO, NGS a’ leughadh ath-chruinneachadh, coimeas le OB haplotype, smachd ìre mearachd bunaiteach sreath agus sgrùdadh luach Clàr-amais Seanadh LTR genome air feadh an genome (LAI = 20.03).Tha an rannsachadh seo a’ nochdadh a’ phàtran dìleab iom-fhillte agus an uidheamachd riaghlaidh a th’ aig priogan gas agus thug e dhuinn bunait agus goireasan ùr-nodha airson sgrùdadh a dhèanamh air bith-eòlas ròs agus comharran moileciuil mèinn co-cheangailte ri feartan cudromach.
Tha sreath 3.Whole-Genome de Allopolyploids Synthesized ann an Cucumis a’ nochdadh lèirsinn air mean-fhàs genome de allopolyploidization
Goireas Co-obrachail: Oilthigh Àiteachais Nanjing
Iris: Saidheans Adhartach
Factor buaidh: 16.801
Thug an sgrùdadh seo cunntas air genoma àrd-inbhe de allotetraploid synthetigeach a fhuaireadh a’ cleachdadh tar-chur eadar-shònraichte eadar cucumber (C. sativus, 2n = 14) agus a ghnè fiadhaich càirdeach (C. hystrix, 2n = 24) agus dùblachadh chromosome às deidh sin, a’ chiad fhear. Allopolyploid synthetigeach làn òrdugh.Chuir co-chruinneachadh an genoma an sàs ann an sreath-obrach “PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina”, mar thoradh air meud genome de 530.8Mb agus contig N50 = 6.5Mb.Chaidh leughaidhean a shònrachadh do 19 pseudochromosomes agus subgenomes.Sheall na co-dhùnaidhean gu bheil tar-chur, seach dùblachadh genome, ag adhbhrachadh a’ mhòr-chuid de dh’ atharrachaidhean genomic ann an genomes niùclasach agus cp.Mhol e gum biodh an heterozygosity stèidhichte a’ toirt barrachd atharrachadh cuideam do C.×hytivus.Tha na toraidhean a’ toirt sealladh ùr air mean-fhàs polyploidy planntrais agus a’ tabhann ro-innleachd briodachaidh airson bàrr san àm ri teachd.
4.Tha mion-sgrùdadh genoma coimeasach a’ toirt cuideam air leudachadh genoma eadar-mheadhanaichte Transposon agus Ailtireachd mean-fhàs de phasgadh genomic 3D ann an cotan
Goireas Co-obrachail: Oilthigh Àiteachais Huazhong
Iris: Bith-eòlas Molecular agus Evolution
Factor buaidh: 16.242
Chleachd am pròiseact seo Nanopore Sequencing gus genome de thrì gnèithean cotan a chruinneachadh, is iad sin: Gossypium rotundifolium (K2, meud genome = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, meud genome = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), agus G. raimondii (D5, meud genome = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Chaidh còrr air 99% de na trì genomes a chruinneachadh tro Hi-C.Is e toraidhean mion-sgrùdadh BUSCO 92.5%, 93.9% agus 95.4% fa leth.Sheall na h-àireamhan sin uile gu bheil na trì genomes cruinneachaidh nan ìre iomraidh.Bha mion-sgrùdaidhean genome coimeasach a’ clàradh mion-fhiosrachadh mu leudachadh TE a bha sònraichte do shreath a’ cur ris na h-eadar-dhealachaidhean mòra ann am meud genome.Tha an sgrùdadh seo a’ tilgeil solas air a’ phàirt a th’ aig leudachadh genoma tro mheadhan na transposon ann an mean-fhàs structar chromatin aig ìre nas àirde ann am planntrais.
5. Co-chruinneachadh agus mion-sgrùdadh air sgèile chromosome air bàrr bith-thomaid Genome Miscanthus lutarioriparius
Goireas Co-obrachail: Ionad CAS airson Sàr-mhathais ann an Saidheansan Lusan moileciuil
Iris: Conaltradh Nàdair
Factor buaidh: 14.912
Thug am pròiseact seo cunntas air co-chruinneachadh aig ìre chromosome de genoma Miscanthus lutarioriparius le bhith a’ cothlamadh sreath de theicneòlasan Oxford Nanopore agus Hi-C.Tha an co-chruinneachadh 2.07Gb a’ còmhdach 96.64% den genoma, le contig N50 de 1.71 Mb.Bha timcheall air 94.30% de shreathan iomlan air acair ann an 19 pseudochromosomes.Tro choimeas le sreath BAC, measadh LAI, measadh BUSCO, ath-chruinneachadh le dàta NGS, ath-chruinneachadh de dhàta transcriptome, chaidh an genome a mheasadh mar àrd-inbhe agus leantainneachd.Tha tùs Allotetraploid den M. lutarioriparius air a dhearbhadh le bhith a’ cleachdadh ath-chraolaidhean saideal centromeric.Tha ginean dà-fhillte Tandem de M. lutarioriparius air an saidhbhreachadh gnìomhach chan ann a-mhàin a thaobh freagairt cuideam, ach biosynthesis balla cealla.Is dòcha gu bheil pàirt aig gine dùblaidhean ann am foto-co-chur C4 agus a’ cur ri foto-co-chur Miscanthus C4 aig teòthachd ìosal.Thug an rannsachadh iomradh cudromach airson sgrùdadh lusan maireannach.
6.Tha co-chruinneachadh genome Camptotheca acuminata aig ìre chromosome a’ toirt sealladh dhuinn air tùs mean-fhàs biosynthesis camptothecin
Goireas Co-obrachail: Oilthigh Sichuan
Iris: Conaltradh Nàdair
Factor buaidh: 14.912
Thug am pròiseact seo cunntas air co-chruinneachadh genoma C. acuminata de chàileachd àrd aig ìre chromosome, le meud genome de 414.95Mb agus continN50 1.47Mb.Fhuair sinn a-mach gu bheil C. acuminata a’ faighinn eòlas air dùblachadh genome slàn neo-eisimeileach agus tha grunn ghinean a’ tighinn bhuaithe co-cheangailte ri biosynthesis camptothecin.Mar sin chuir eadar-dhealachadh gnìomh gine LAMT agus mean-fhàs adhartach de dhà ghine SLAS, mar sin, gu mòr ris a’ biosynthesis camptothecin ann an C. acuminata.Chuir na toraidhean cuideam air cho cudromach sa tha co-chruinneachadh genoma àrd-inbhe ann a bhith a’ comharrachadh atharrachaidhean ginteil ann an tùs mean-fhàs metabolite àrd-sgoile.
Tha genoma air a mhìneachadh le 7.Allele a’ nochdadh eadar-dhealachadh biallelic rè mean-fhàs cassava
Goireas Co-obrachail: Acadamaidh Shìona de Saidheansan Àiteachais Tropaigeach
Iris: Molecular Plant
Factor buaidh: 13.162
Chruinnich am pròiseact seo genoma iomraidh airson cassava le contigN50 1.1Mb a’ cleachdadh àrd-ùrlar sreathachaidh Pacific Biosciences (PacBio).Às deidh measadh le BUSCO, clàr-amais LAI, agus mapa ginteil àrd-dùmhlachd, tha an genoma cruinnichte air a dhearbhadh mar ìre refence.Chaidh na roinnean gun fheum a chomharrachadh agus chaidh contigs a cheangal air 18 pseudochromosomes a’ cleachdadh ceanglaichean Hi-C.Tha an genoma iomraidh àrd-inbhe seo agus a tha air a mhìneachadh le alleles airson cassava luachmhor ann a bhith a’ comharrachadh dà-alleles eadar-dhealaichte air cromosoman homologous, a’ ceadachadh sgrùdadh a dhèanamh air eadar-dhealachadh agus faireachdainn ceannas dà-alleles agus na feachdan dràibhidh mean-fhàs aca.Chuidich e le bhith ag ùr-ghnàthachadh ro-innleachdan briodachaidh ann an cassava agus bàrr fìor heterozygous eile.
8. Seallaidhean genomic air fàs luath paulownias agus cruthachadh broom bana-bhuidsich Paulownia
Goireas Co-obrachail: Oilthigh Àiteachais Henan
Iris: Molecular Plant
Factor buaidh: 13.162
Chruinnich am pròiseact seo genoma niùclasach àrd-inbhe de Paulownia fortunei, 511.6 Mb ann am meud, le 93.2% de na sreathan air acair gu 20 pseudochromosomes.Tha èifeachdas foto-co-chur nas àirde air a choileanadh tro bhith ag amalachadh photoynthesis C3 agus an t-slighe metabolism searbhag crassulacean, a dh’ fhaodadh a bhith air cur ri cleachdadh fàs fìor luath craobhan paulownia.Sheall sreath genome a bharrachd de phytoplasma PaWB, còmhla ri mion-sgrùdaidhean gnìomh, gu bheil an neach-buaidh PaWB-SAP54 ag eadar-obrachadh gu dìreach le Paulownia PfSPLa, a tha e fhèin ag adhbhrachadh truailleadh PfSPLa leis an t-slighe meadhan-ubiquitin agus a’ leantainn gu cruthachadh broom bana-bhuidsich.Thug an dàta seachad seallaidhean cudromach air bith-eòlas paulownias agus an uidheamachd riaghlaidh airson cruthachadh PaWB.
Genome ainmhidhean - Seallaidhean domhainn air mean-fhàs gnè
1.Tha an genome de Nautilus pompilius a 'soilleireachadh mean-fhàs sùla agus biomineralization
Goireas Co-obrachail: Institiud Oceanology South China Sea, CAS
Iris: Eag-eòlas Nàdarra & mean-fhàs
Factor buaidh: 15.462
Thug am pròiseact seo seachad genoma iomlan airson Nautilus pompilius.Tha an genoma as ìsle aige am measg cephalopods ann an òrdugh, a tha 730.58Mb le contigN50 = 1.1Mb.Is e toradh measaidh BUSCO 91.31%.Còmhla ri transcriptome, proteome, teaghlach gine agus mion-sgrùdadh phylogenetic, thug an genoma seo seachad iomradh bunaiteach air innleachdan cephalopod, leithid sùil pinhole agus biomineralization.Sheall an rannsachadh gum faodadh milleadh air iomlanachd cruinneachadh gine Hox a bhith co-cheangailte ri sligean Mollusks a dhol à bith.Gu cudromach, tha e coltach gun tug grunn innleachdan genomic a’ toirt a-steach call gine, giorrachadh neo-eisimeileach agus leudachadh air teaghlaichean gine sònraichte agus na lìonraidhean riaghlaidh co-cheangailte riutha mean-fhàs an t-sùil nautilus pinhole.Bha an genoma nautilus na ghoireas luachmhor airson ath-chruthachadh nan suidheachaidhean mean-fhàs agus na h-innleachdan genomic a tha a’ cumadh nan cephalopods a tha ann.
Tha mion-sgrùdadh genome 2.Seadragon a’ toirt sealladh dhuinn air a phenotype agus locus co-dhùnadh gnè
Goireas Co-obrachail: Institiud Oceanology South China Sea, CAS
Iris: Adhartasan Saidheans
Factor buaidh: 14.132
Tha am pròiseact seo a’ toirt a-steach genomes fireann is boireann den mhuir-mara cumanta (Phyllopteryx taeniolatus) agus a ghnè a tha dlùth cheangailte ris, an t-iasg ailigator (Syngnathoides biaculeatus).Is e meud genome airson Phyllopteryx taeniolatus ~ 659 Mb (♂) agus ~ 663 Mb (♀）), le contigN50 de 10.0Mb agus 12.1mb.is e meud genome airson Phyllopteryx taeniolatus 637 Mb (♂) agus ~ 648 Mb (♀), le contigN50 de 18.0Mb agus 21.0Mb.Tro mhion-sgrùdadh phylogenetic, tha an seadragon cumanta agus an t-iasg ailigator mar phiuthar-tacson aig Syngnathinae, agus dhealaich iad timcheall air 27.3 Ma air ais.Tha pròifilean tar-sgrìobhaidh bho ùr-sgeul mean-fhàs, na h-eàrr-ràdhan coltach ri duilleach, a’ sealltainn gun deach seata de ghinean a tha gu h-àbhaisteach an sàs ann an leasachadh fin a cho-thaghadh a bharrachd air beairteas ath-sgrìobhaidhean airson gineadan càraidh clò agus dìon-dìona.Chaidh locus gnè-cinnteach gnè a chomharrachadh a’ còdachadh gine amhr2y a bha sònraichte dha fireannaich a tha air a cho-roinn le seadragon cumanta agus iasg-pìoba ailigator.Thug am pròiseact seo seachad fianais èiginneach airson sgrùdaidhean air mean-fhàs atharrachail.
Ùine puist: Sultain 19-2022