GWAS
Tiotal: Tha ath-sheicheamh làn-genome a’ nochdadh tùs Brassica napus agus loci ginteil a tha an sàs ann a leasachadh
Iris: Conaltradh Nàdair
GNA |WGS |A' leantainn |GWAS |Tar-sgrìobhadh |RNAseq |Brassica napus |mean-fhàs |Taigheadas
Anns an sgrùdadh seo, thug Biomarker Technologies seachad Seirbheisean air sreath NGS, a bharrachd air taic theicnigeach air mion-sgrùdadh bioinformatics air dàta sreathachaidh.
Cùl-fhiosrachadh
Napus brassica(sìol ròin) na bhàrr sìol-ola cudromach agus na mhodail sàr-mhath airson a bhith a’ sgrùdadh phròiseasan speactram polyploid, mean-fhàs agus taghadh.Ach, an e gnèithean fiadhaich no luchd-tabhartais dachaigheil a bh’ annta bho phàrantan agus chan eil fios fhathast air ginean a chuir ri dachaigheil agus leasachadh air sìol ròin.
Stuthan agus dòighean-obrach
Stuthan:588B. napusbha aontaidhean an sàs san sgrùdadh seo, a’ gabhail a-steach 466 à Àisia, 102 às an Roinn Eòrpa, 13 à Ameireaga a Tuath, agus 7 à Astràilia.Stèidhichte air clàran cleachdadh fàis, chaidh na stuthan sin a roinn ann an trì ecotypes;earrach (86 inntrigeadh), geamhradh (74 inntrigeadh), agus leth-gheamhradh (428 inntrigeadh).
Seicheamhachadh:Cuibheasach approx.5 × (bho 3.37 × 7.71 ×)
Àrd-ùrlar sreathachaidh:Illumina Hiseq 4000
Riochdachadh dàta:4.03 Tb dàta glan
SNP a' gairm:BWA + GATK.Chaidh 5,294,158 SNP agus 1,307,151 InDels fhaighinn.
Toraidhean
Tùs B. napus
B. napusThàinig subgenome gu bith bho shinnsear snèapan Eòrpach.Tachartas sruthadh gine bho snèapan Eòrpach chun anB. napus Thachair subgenome o chionn ~106–1170 bliadhna.B. napusIs dòcha gu robh C subgenome air a thighinn air adhart bho shinnsear cumanta nan sreathan sin.An sinnsear aigB. napussgaradh bhon t-sinnsear cumanta de cheithir fo-ghnè B. oleracea, le sruthadh gine o chionn ghoirid a-steachB. napus~ 108-898 bliadhna air ais.B. napusTha tùs nas iom-fhillte aig C subgenome na A Subgenome.Thàinig cnap-starra làidir air adhart anns an dà subgenomes rèB. napusmean-fhàs.An geamhradh agus leth-gheamhradhB. napuschaidh eag-sheòrsan eadar-dhealaichte bho chionn ~60 bliadhna, ach an geamhradh agus an earrachB. napuseadar-dhealaichte ~ 416 bliadhna air ais, agus sìol-ola agus neo-sìol-olaB. napuseadar-dhealaichte ~ 277 bliadhna air ais.
Fig. 2 Structar sluaigh de 588 B. aontaidhean napus agus 199 de B. rapa accessions.
Fig. 3 Structar sluaigh de 588 B. aontaidhean napus agus 119 de dh'aontaidhean B. oleracea
Comharran taghaidh agus sgrùdaidhean comainn air feadh Genome.
Rè a 'chiad ìre de leasachadh (FSI), chaidh barrachd iomadachd ginteil a chall anns an subgenome B. napus C na anns an subgenome A.Thachair nas lugha de dh’ eadar-dhealachadh ginteil rè an FSI na bha san dàrna ìre leasachaidh (SSI).Bha ginean ann an roinnean comharran taghaidh SSI air am beairteachadh ann am fulangas cuideam, leasachadh agus slighean metabolach.Chaidh 60 loci co-cheangailte gu mòr ri comharran targaid 10, a’ toirt a-steach 5 co-cheangailte ri toradh sìl, 3 gu fad silique, 4 ri susbaint ola, agus 48 ri càileachd sìol a chomharrachadh.
Fig. 4 Sganadh air feadh genome agus notaichean de roinnean taghte rè SSI B. napus
Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh
Bha dàta RNAseq de fhigheagan 11 bho àiteachas àrd-ola agus dà-ìosal agus àiteachas le susbaint ola-ìosal agus àiteachas dùbailte àrd air a riochdachadh gu mòr co-cheangailte ri pròiseas biosynthetic glucosinolate.
Fig. 5 Sealladh farsaing air riaghladh ùine fhlùraichean fo thaghadh leasachadh ecotype B. napus
Deasbaireachd
Bha an sgrùdadh seo na ghoireas luachmhor airson tuigse fhaighinn air tùs agus eachdraidh leasachaidhB. napusagus cuidichidh e le bhith a’ sgaradh bhunaitean ginteil feartan iom-fhillte agronomic cudromach.Cuiridh na SNPan cudromach co-cheangailte ri caochlaidhean fàbharach, comharran taghaidh agus ginean tagraiche gu mòr ris san àm ri teachd, gu sònraichte ann a bhith ag adhartachadh toradh, càileachd sìl, susbaint ola, agus sùbailteachd a’ bhàrr allopolyploid seo o chionn ghoirid agus a chàirdean.
Iomradh
Tha ath-sheòrsachadh làn-genome a’ nochdadh tùs Brassica napus agus loci ginteil a tha an sàs ann a leasachadh[J].Conaltradh Nàdair, 2019, 10(1).
Naidheachdan agus Prìomh thachartasan ag amas air na cùisean soirbheachail as ùire a cho-roinn le Biomarker Technologies, a’ glacadh euchdan saidheansail ùr-nodha a bharrachd air dòighean follaiseach a chaidh a chuir an sàs tron sgrùdadh.
Ùine puist: Faoilleach-05-2022