Seanadh T2T GENOME, GENOME AN-ASGAIDH
1stDà Genome Rice1
Tiotal: Co-chruinneachadh agus dearbhadh dà genome iomraidh gun bheàrn airson Xian/indica Rice a’ nochdadh lèirsinn air ailtireachd Plant Centromere
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Uair air a phostadh: 01 Faoilleach, 2021.
Institiud: Oilthigh Àiteachais Huazhong, Sìona
Stuthan
O. sativa xian/indicaseòrsaichean rus 'Zhenshan 97 (ZS97)' agus 'Minghui 63 (MH63)
Ro-innleachd sreathach
Bidh NGS a’ leughadh + HiFi a’ leughadh + CLR a’ leughadh + BioNano + Hi-C
Dàta:
ZS97: 8.34 Gb (~ 23x) Bidh HiFi a’ leughadh + 48.39 Gb (~ 131x) CLR a’ leughadh + 25 Gb (~ 69x) NGS + 2 ceallan BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~ 103x) Tha HiFi a’ leughadh + 48.97 Gb (~ 132x) CLR a’ leughadh + 28 Gb (~ 76x) NGS + 2 ceallan BioNano Irys
Figear 1 Dà genoma de rus gun bheàrn (MH63 agus ZS97)
2ndGenome Banana2
Tiotal: Telomere-to-telomere cromosoman gun bheàrn banana a’ cleachdadh sreath nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Ùine air a phostadh: 17 Giblean, 2021.
Institiud: Université Paris-Saclay, An Fhraing
Stuthan
haploid dùbailteMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Ro-innleachd seicheamhachaidh agus dàta:
Modh HiSeq2500 PE250 + MinION / PromethION (93Gb, ~ 200X ) + mapa optigeach (DLE-1 + BspQ1)
Clàr 1 Coimeas de cho-chruinneachaidhean genome Musa acuminata (DH-Pahang).
Figear 2 Coimeas ailtireachd genomes Musa
3rdGenome Phaeodactylum tricornutum3
Tiotal: Co-chruinneachadh genome Telomere-to-telomere deP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Uair air a phostadh: 04/04/2021
Institiud: Oilthigh an Iar, Canada
Stuthan
Phaeodactylum tricornutum(Cruinneachadh Cultair de Algae agus Protozoa CCAP 1055/1)
Ro-innleachd seicheamhachaidh agus dàta:
1 cealla sruthadh minION Oxford Nanopore + toradh meadhan-paidhle 2 × 75 NextSeq 550 ruith
Figear 3 Sruth-obrach airson co-chruinneachadh genoma telomere-to-telomere
4thGenome CHM13 daonna4
Title: An t-sreath iomlan de genome daonna
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Ùine air a phostadh: 27 Cèitean, 2021
Institiud: Institiudan Nàiseanta Slàinte (NIH), USA
Stuthan: loidhne cealla CHM13
Ro-innleachd seicheamhachaidh agus dàta:
Seicheamh co-aontachd cruinn 30 × PacBio (HiFi), sreath leughaidh ultra-fada 120 × Oxford Nanopore, sreath 100 × Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapaichean optigeach BioNano, agus Strand-seq
Clàr 2 Coimeas eadar co-chruinneachaidhean genoma daonna GRCh38 agus T2T-CHM13
Iomradh
1.Sergey Nurk et al.Sreath iomlan de genome daonna.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromosoman banana Telomere-gu-telomere gun bheàrn a’ cleachdadh sreath nanopore.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Co-chruinneachadh genome Telomere-gu-telomere de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Co-chruinneachadh agus dearbhadh dà genome iomraidh gun bheàrn airson Xian/indica Rice a’ nochdadh lèirsinn air ailtireachd Plant Centromere.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Ùine puist: Faoilleach-06-2022