BMKCloud Log in
条形 bratach-03

Naidheachdan

GNIOMHARA AN DUINE

gintinneachd nàdair

Tha sreath fada-leughaidh a’ comharrachadh leudachaidhean ath-aithris GGC ann an NOTCH2NLC co-cheangailte ri galar in-ghabhail intranuclear neuronal

ONT a’ leantainn |Illumina |Seicheamh iomlan exome |Sreath cuimsichte CRISPR-Cas9 ONT |RNA-seq |Gairm methylation ONT 5mC

Prìomh thachartasan

1. Le mion-sgrùdadh ceangail air teaghlach mòr NIID, chaidh dà roinn ceangailte a chomharrachadh.

Lorg sreath fhada-leughaidh stèidhichte air 2.ONT agus saidhbhreas meadhanach Cas-9 sreath ONT adhbhar ginteil a dh’ fhaodadh a bhith aig NIID, leudachadh GGC a-rithist ann an 5 ′ UTR de NOTCH2NLC.Thug an sgrùdadh seo cunntas air leudachadh a-rithist ann an ginean sònraichte daonna airson a’ chiad uair a thàinig air adhart tro dhùblachadh roinnean.

Nochd sreath 3.RNA tar-sgrìobhaidhean antisense neo-àbhaisteach aig toiseach no taobh a-staigh roinnean leudachaidh ath-aithris GGC ann an NOTCH2NLC.

Cùl-fhiosrachadh

NTha galar in-ghabhail intranuclear euronal (NIID) na ghalar neurodegenerative adhartach agus marbhtach, a tha air a chomharrachadh le làthaireachd in-ghabhail intranuclear hyaline eosinophilic ann an siostaman nearbhach meadhanach agus iomallach.Bidh na taisbeanaidhean clionaigeach a tha gu math caochlaideach a’ togail dhuilgheadasan mòra ann a bhith a’ breithneachadh gus an tèid biopsy craiceann a thoirt a-steach.Ach, tha dòighean-obrach stèidhichte air histopathology fhathast a ‘fulang le misdiagnosis, a tha ag iarraidh tuigse ginteil air NIID.

Euchdan

Mion-sgrùdadh ceangail

SChaidh sreath leughaidh goirid stèidhichte air sreath genome slàn (WGS) agus sreath exome slàn (WES) a dhèanamh air teaghlach mòr NIID (buaidh 13 agus buill 7 gun bhuaidh).Cha do nochd mion-sgrùdadh ceangail air SNPn a chaidh a thoirt a-mach às an dàta seo ach dà roinn ceangailte: roinn 3.5 Mb aig 1p36.31-p36.22 (LOD as àirde = 2.32) agus roinn 58.1 Mb aig 1p22.1-q21.3 (LOD as àirde: 4.21 ).Ach, cha deach SNPn no CNVn pathogenic a chomharrachadh anns na roinnean ceangailte sin.

Bidh GGC a’ leudachadh a-rithist ann an NOTCH2NLC

Nchaidh sreathadh stèidhichte air anopore a phròiseasadh air 13 air an tug e buaidh agus 4 buill gun bhuaidh bho theaghlaichean 8 (chaidh ball eile air an robh buaidh a chuir an òrdugh le àrd-ùrlar sreath leughaidh fada Pacbio.).Sheall dàta a chaidh a leughadh o chionn fhada gu robh GGC co-cheangailte ri galair a’ leudachadh a-rithist anns an 5 ′ UTR de mhapadh gine NOTCH2NLC gu sgìre ceangailte 58.1 Mb (Figear 1).Chaidh na h-ath-leudachadh sin a chomharrachadh cuideachd anns a h-uile cùis NIID 40 bho àm gu àm a chaidh a dhearbhadh le RP-PCR.

Cchaidh òrdugh targaid meadhanach mar-9 air àrd-ùrlar nanopore fhastadh gus craoladh leughaidh nas àirde a choileanadh air ath-aithris NOTCH2NLC (100 X-1,795 X).Dh’ aontaich na h-sreathan co-aontachd sin gu math le co-dhùnaidhean roimhe mu leudachadh ath-aithris GGC.A bharrachd air an sin, chaidh ath-aithris {(GGA)n (GGC)n}n a chomharrachadh mar chomharra ginteil a dh’ fhaodadh a bhith ann airson phenotype le ceannas laigse (Figear 2).

naidheachdan13-2

Figear 1. Leudachadh ath-aithris co-cheangailte ri galair air a chomharrachadh air exon 1 de NOTCH2NLC isoforms.

naidheachdan 13-1

Figear 2. Sreathan co-aontachd de NPTCH2NLC a-rithist ann an euslaintich NIID le (*) no às aonais feallsanachd le laigse

NTha ginean OTCH2NL nan ginean a tha sònraichte do dhaoine, agus thathas a’ creidsinn gu bheil pàirt deatamach aca ann an mean-fhàs eanchainn daonna agus galairean eanchainn.Ach, cha deach trì ginean co-cheangailte ri NOTCH2 (NOTCH2NLA, NOTCH2NLB agus NOTCH2NLC) le dearbh-aithne sreath> 99.1% fhuasgladh gus an deach an co-chruinneachadh genoma daonna as ùire.Tha sreath gun shinthesis agus leughadh fada air àrd-ùrlar nanopore air buannachdan sònraichte a nochdadh ann a bhith a’ fuasgladh roinnean de choltas àrd agus (GGC)n ath-aithris le 100% làn GC.

Bidh GGC a’ leudachadh a-rithist ann an NOTCH2NLC

Tchaidh sreath ranscriptome a phròiseasadh air 2 bhall air an robh buaidh agus 2 air nach robh buaidh.Chaidh doimhneachd leughaidh àbhaisteach a thomhas a rèir sreathan mothachaidh agus antisense suas an abhainn bhon chiad exons de paralogs NOTCH2NL.Cha deach tar-sgrìobhaidhean mì-mhothachail neo-àbhaisteach a lorg ach ann an cùisean air a bheil buaidh, a tha a ‘suidhe aig toiseach no taobh a-staigh na roinne leudachaidh ath-aithris (Binneanan purpaidh ann am F1-14 agus F1-16 ann am Figear 3.).A bharrachd air an sin, chaidh 54 DEG a chomharrachadh agus chaidh iad uile a bheairteachadh ann an teirmean GO agus MPO co-cheangailte ri gnìomhan neuronal.

naidheachdan13-3

Figear 3. Doimhneachd leughaidh àbhaisteach suas an abhainn bhon chiad exon de NOTCH2NLC ann an cùisean gun bhuaidh (gu h-àrd) agus air a bheil buaidh (gu h-ìosal).

Teicneòlas

Teghnologies Oxford Nanopore (ONT)

Ntha sreath anopore ga eadar-dhealachadh fhèin bho àrd-ùrlaran sreathachaidh eile, leis gu bheil na nucleotides air an leughadh gu dìreach às aonais pròiseas synthesis DNA.Mar aon iallan bidh DNA a’ dol tro phòla pròtain nano-mheud (nanopore), bidh diofar nucleotides a’ gineadh diofar shruthan ianach, a ghabhas an glacadh agus a ghluasad gu sreath de bhunaitean.Chan eil àrd-ùrlar sreathachaidh ONT fhèin a’ nochdadh crìoch theicnigeach a rèir fad leughadh DNA.Mar sin, tha leughaidhean Ultra-fada (ULRn) rim faighinn airson co-chruinneachadh genome de chàileachd àrd.A bharrachd air an sin, tha na leughaidhean fìor fhada seo, a tha fada gu leòr airson a dhol thairis air feartan sreath iom-fhillte no atharrachadh structarail, a’ cuideachadh le bhith a’ faighinn thairis air na crìochan ann an sreath ghoirid le leughadh an seo.

naidheachdan 13-5

Sreath nanopore

naidheachdan13-4

Aithneachadh atharrachadh structar (SV).

Sghlèidh seicheamhan gun thesis gu ìre mhòr fiosrachadh methylation DNA air teamplaid.Bidh Methylated A, T, C agus G a’ gineadh sruthan ianach sònraichte bho fheadhainn neo-methylated, a ghabhas leughadh gu dìreach leis an àrd-ùrlar.Tha sreath nanopore a’ toirt cumhachd do phròifil làn-genome an dà chuid 5mC agus 6mA aig rùn aon-nucleotide.

Iomradh

Jun Sone, et.al.Tha sreath fada-leughaidh a’ comharrachadh leudachaidhean ath-aithris GGC ann an NOTCH2NLC co-cheangailte ri galar in-ghabhail intranuclear neuronal.Gintinneachd Nàdair (2019)

Teicneòlas agus àrd-amasan ag amas air a bhith a’ roinneadh an cleachdadh soirbheachail as ùire de dhiofar theicneòlasan sreathachaidh àrd-threabhadh ann an diofar raointean rannsachaidh a bharrachd air beachdan sgoinneil ann an dealbhadh deuchainneach agus mèinneadh dàta.


Ùine puist: Faoilleach-06-2022

Cuir do theachdaireachd thugainn: