TRANSCRIPTOMICS
nàdur
CONALTRADH
Tha caractar tar-sgrìobhaidh làn-ùine de mhùthadh SF3B1 ann an leucemia lymphocytic cronach a’ nochdadh ìsleachadh riaghladh intronan glèidhte
Tar-sgrìobhaidhean làn-fhaid |Seicheamh nanopore |Mion-sgrùdadh isoform eile
Cùl-fhiosrachadh
SThathas air aithris gu farsaing gu bheil mùthaidhean omatic ann am factar splicing SF3B1 co-cheangailte ri diofar aillsean, a’ gabhail a-steach leucemia lymphocytic cronach (CLL), melanoma uveal, aillse broilleach, msaa.Ach, tha sgrùdaidhean air na pàtrain splicing eile sin air a bhith cuibhrichte o chionn fhada gu ìre tachartais agus dìth eòlais air ìre isoform air sgàth cuingealachadh ath-sgrìobhaidhean cruinnichte le leughadh goirid.An seo, chaidh àrd-ùrlar sreath nanopore a thoirt a-steach gus tar-sgrìobhaidhean làn-fhaid a ghineadh, a thug cumhachd do thionndadh air isoforms AS.
Dealbhadh deuchainneach
Deuchainnean
A' cruinneachadh:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(mùthadh K700E);3. B-cheallan àbhaisteach
Ro-innleachd sreathachaidh:Sreath leabharlann MinION 2D, sreath leabharlainn PromethION 1D;dàta le leughadh goirid bho na h-aon shamhlaichean
Àrd-ùrlar sreathachaidh:ONT MINION;ONT PromethION;
Mion-sgrùdadh Bioinformatics
Toraidhean
Achaidh 257 millean leughadh gu h-iomlan a chruthachadh bho 6 sampallan CLL agus 3 ceallan B.Gu cuibheasach bha 30.5% de na leughaidhean sin air an comharrachadh mar ath-sgrìobhaidhean làn-ùine.
FChaidh mion-sgrùdadh isoform eile fad-ùine de RNA (FLAIR) a leasachadh gus seata de isoforms àrd-mhisneachd a ghineadh.Faodar geàrr-chunntas a dhèanamh air FLAIR mar:
Nbidh anopore a’ leughadh co-thaobhadh: comharraich structar tar-sgrìobhaidh coitcheann stèidhichte air genome iomraidh;
Sceartachadh snaim plice: mearachdan sreath ceart (dearg) le làrach splice bho intronan le notaichean, intron bho dhàta air a leughadh goirid no an dà chuid;
Collapse: geàrr-chunntas air isoforms riochdachail stèidhichte air slabhraidhean snaim splice (seata ciad pas).Tagh isofrom àrd-mhisneachd stèidhichte air an àireamh de leughaidhean taice (Treas-tomhais: 3).
Figear 1. Mion-sgrùdadh FLAIR gus isoforman làn-fhaid a chomharrachadh co-cheangailte ri mùthadh SF3B1 ann an CLL
FLAIR Chomharraich 326,699 isoforms spliced le làn mhisneachd, le 90% dhiubh nan isoforman ùra.Chaidh a’ mhòr-chuid de na isoforms neo-ainmichte sin a lorg mar mheasgachadh ùr de cheangail splice aithnichte (142,971), agus anns a’ chòrr de isoforms nobhail bha an dàrna cuid intron glèidhte (21,700) no nobhail exon (3594).
Ltha sreathan ong-leughaidh a’ toirt cumhachd do bhith a’ comharrachadh làraich splice atharraichte mutant SF3B1-K700E aig ìre isoform.Chaidh a lorg gu robh 35 eile 3'SSs agus 10 eile 5'SSs air an sgaradh gu mòr eadar SF3B1-K700E agus SF3B1-WT.Chaidh 33 de na h-atharrachaidhean 35 a lorg às ùr le sreathan air an leughadh fada.Ann an dàta Nanopore, tha an cuairteachadh astair eadar SF3B1-K700E-atharraichte 3'SSs gu stùcan làraich canonical timcheall air -20 bp, a tha gu math eadar-dhealaichte bho sgaoileadh smachd, coltach ris na chaidh aithris ann an sreathan geàrr-leughaidh CLL.Chaidh mion-sgrùdadh a dhèanamh air Isoforms de ghine ERGIC3, far an deach isoform ùr anns an robh an làrach splice faisg air làimh a lorg nas pailte ann an SF3B1-K700E.Bha an dà chuid proximal agus distal 3'SS co-cheangailte ri pàtrain AS cliùiteach a’ gineadh grunn isoforms.
Figear 2. Pàtranan splicing eile 3′ air an comharrachadh le dàta seicheamhan nanopore
Tha mion-sgrùdadh cleachdadh tachartas IR air a bhith cuibhrichte o chionn fhada ann am mion-sgrùdadh stèidhichte air leughadh goirid air sgàth misneachd ann an comharrachadh agus àireamhachadh IR.Chaidh cur an cèill isoforms IR ann an SF3B1-K700E agus SF3B1-WT a thomhas a rèir sreathan nanopore, a’ nochdadh ìsleachadh cruinneil de isoforms IR ann an SF3B1-K700E.
Figear 4. Dìth àiteachais agus ceangal lìonra thar trì siostaman tuathanachais (A agus B);Mion-sgrùdadh coille air thuaiream (C) agus an dàimh eadar dian àiteachais agus tuineachadh AMF (D)
Figear 3. Tha tachartasan màil intron air an ìsleachadh nas làidire ann an CLL SF3B1-K700E
Teicneòlas
Seicheamh leughadh fada Nanopore
NTha sreath anopore na aon theicneòlas sreathaidh comharran dealain fìor-ùine.
DBidh DNA no RNA dà-shreath a’ ceangal ri pròtain nanoporous freumhaichte sa biofilm agus a’ leigeil a-mach fo stiùir pròtain motair.
DBidh iallan NA/RNA a’ dol tro phròtain seanail nanopore aig ìre sònraichte fo ghnìomhachd eadar-dhealachaidh bholtachd.
Mbidh olecules a’ gineadh diofar chomharran dealain a rèir structar ceimigeach.
RThathas a’ faighinn lorg fìor-ùine air sreathan le bhith a’ gairm bonn.
Coileanadh seicheamh tar-sgrìobhaidh làn-fhad
√ Saturation dàta
Tha feum air 7-fhillte nas lugha de leughaidhean gus sùghaidh dàta coimeasach a ruighinn.
√ Aithneachadh Structar Tar-sgrìobhaidh
Comharrachadh caochlaidhean structarail eadar-mheasgte le leughadh làn-fhaid co-aontachd de gach tar-sgrìobhadh
√ Mion-sgrùdadh eadar-dhealaichte aig ìre tar-sgrìobhaidh - Nochdaidh atharrachaidhean falaichte le leughaidhean goirid
Iomradh
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Tha caractar tar-sgrìobhaidh làn-ùine de mhùthadh SF3B1 ann an leucemia lymphocytic cronach a’ nochdadh ìsleachadh introns glèidhte [J].Conaltradh Nàdair.
Teicneòlas agus àrd-amasan ag amas air a bhith a’ roinneadh an cleachdadh soirbheachail as ùire de dhiofar theicneòlasan sreathachaidh àrd-threabhadh ann an diofar raointean rannsachaidh a bharrachd air beachdan sgoinneil ann an dealbhadh deuchainneach agus mèinneadh dàta.
Ùine puist: Faoilleach-08-2022