Seicheamh metagenomic - Nanopore
Buannachdan seirbheis
● Àrd-càileachd seanadh-A 'leasachadh cruinneas comharrachadh gnèithean agus funcational gine ro-innse
● Iomallachd genome bactaraidh dùinte
● Iarrtas nas cumhachdaiche agus nas earbsaiche ann an raon eadar-mheasgte, me lorg meanbh-fhàs-bheairtean pathogenic no ginean co-cheangailte ri strì an aghaidh antibiotic
● Mion-sgrùdadh coimeasach metagenome
Sònrachaidhean seirbheis
| Àrd-ùrlar | Seicheamh | Dàta air a mholadh | Uair tionndaidh |
| Nanopore | ONT | 6G/10G | 65 Làithean obrach |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Raw dàta smachd càileachd
● Co-chruinneachadh Metagenome
● Seata gine neo-fheumail agus nota
● Mion-sgrùdadh iomadachd gnè
● Mion-sgrùdadh iomadachd gnìomh ginteil
● Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
● Mion-sgrùdadh comann mu choinneamh factaran deuchainneach
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
AirsonDNA earrannan:
| Seòrsa Sampall | Suim | dùmhlachd | Purity |
| DNA earrannan | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Airson sampallan àrainneachd:
| Seòrsa sampall | Modh samplachaidh air a mholadh |
| Ùir | Meud samplachaidh: approx.5 g;Feumar an stuth seargach a tha air fhàgail a thoirt air falbh bhon uachdar;bleith pìosan mòra agus a dhol tro shìoltachain 2 mm;Samhlaidhean Aliquot ann an EP-tube sterile no cyrotube airson a ghlèidheadh. |
| Feces | Meud sampall: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shamhlaichean ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh. |
| Susbaint intestinal | Feumaidh sampaill a bhith air an giullachd fo staid aseptic.Nigh stuth cruinnichte le PBS;Centrifuge am PBS agus cruinnich am precipitant ann an tiùban EP. |
| Sloda | Meud samplachaidh: approx.5 g;Cruinnich agus cuir às do shampall sloda ann an EP-tube no cryotube sterile airson a ghlèidheadh |
| Corp uisge | Airson sampall le glè bheag de mhicrobial, leithid uisge tap, uisge tobar, msaa, cruinnich co-dhiù 1 L uisge agus gabh tro shìoltachan 0.22 μm gus beairteachadh microbial air an membran.Glèidh an membran ann an tiùb sterile. |
| Craiceann | Dèan sgrìobadh gu faiceallach air uachdar a ’chraicinn le swab cotan sterile no lann lannsa agus cuir ann an tiùb sterile e. |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Reothaich na sampallan ann an nitrigin leaghaidh airson 3-4 uairean agus stòr ann an nitrigin leaghaidh no -80 ceum gu glèidheadh fad-ùine.Tha feum air lìbhrigeadh sampall le deigh tioram.
Sruth Obrach Seirbheis
Lìbhrigeadh sampall
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
1.Heatmap: Cruinneachadh beairteas gnè
Gineadan 2.Functional air an comharrachadh gu slighean meatabileach KEGG
3.Species lìonra co-dhàimh
4.Circos de ghinean an aghaidh antibiotic CARD
Cùis BMK
Tha metagenomics Nanopore a’ comasachadh breithneachadh clionaigeach luath de ghalaran analach ìosal bacteriach
Foillsichte:Bith-theicneòlas Nàdair, 2019
Feartan teicnigeach
Seicheamh: MinION Nanopore
Bioinformatics metagenomics clionaigeach: crìonadh DNA aoigheachd, mion-sgrùdadh WIMP agus ARMA
Lorgaidh luath: 6 uairean
Cugallachd àrd: 96.6%
Prìomh thoraidhean
Ann an 2006, dh’ adhbhraich galar analach nas ìsle (LR) 3 millean bàs daonna air feadh na cruinne.Is e an dòigh àbhaisteach airson lorg pathogen LR1 àiteachadh, aig a bheil droch chugallachd, ùine tionndaidh fada agus dìth stiùiridh ann an leigheas antibiotic tràth.Tha feum èiginneach air a bhith ann o chionn fhada airson breithneachadh microbial luath agus ceart.Shoirbhich leis an Dr Justin bho Oilthigh East Anglia agus a chom-pàirtichean dòigh metagenomic stèidhichte air Nanopore airson lorg pathogen.A rèir an t-sruth-obrach aca, faodaidh 99.99% de DNA aoigheachd a bhith air a lughdachadh.Faodar lorg ann am pathogens agus ginean a tha an aghaidh antibiotic a chrìochnachadh ann an 6 uairean.
Iomradh
Charalampous, T. , Kay, GL, Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Tha metagenomics Nanopore a’ comasachadh breithneachadh clionaigeach luath de ghalaran analach ìosal bacteriach.Bith-theicneòlas Nàdair, 37(7), 1.
