-
Seicheamhachadh Metagenomic (NGS)
Tha Metagenome a 'toirt iomradh air cruinneachadh de stuth ginteil iomlan de choimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean, leithid metagenome àrainneachd, metagenome daonna, msaa.Is e inneal moileciuil a th’ ann an seicheamh metagenomic a thathar a’ cleachdadh gus mion-sgrùdadh a dhèanamh air na stuthan genomic measgaichte a chaidh a thoirt a-mach à sampallan àrainneachd, a bheir seachad fiosrachadh mionaideach mu iomadachd gnè agus pailteas, structar sluaigh, dàimh phylogenetic, ginean gnìomh agus lìonra co-dhàimh le factaran àrainneachd.
Àrd-ùrlar:Illumina NovaSeq6000
-
Seicheamh metagenomic - Nanopore
Is e inneal moileciuil a th’ ann am Metagenomics a thathar a’ cleachdadh gus mion-sgrùdadh a dhèanamh air na stuthan genomic measgaichte a chaidh a thoirt a-mach à sampallan àrainneachd, a bheir seachad fiosrachadh mionaideach mu iomadachd gnè agus pailteas, structar sluaigh, dàimh phylogenetic, ginean gnìomh agus lìonra co-dhàimh le factaran àrainneachd, msaa. gu sgrùdaidhean metagenomic.Chuir a choileanadh sònraichte ann am faid leughaidh gu mòr ri mion-sgrùdadh metagenomic sìos an t-sruth, gu sònraichte co-chruinneachadh metagenome.A’ gabhail buannachdan bho fhad leughaidh, tha sgrùdadh metagenomic stèidhichte air Nanopore comasach air co-chruinneachadh nas leantainneach a choileanadh an coimeas ri metagenomics gunna-gunna.Chaidh fhoillseachadh gun do chruthaich metagenomics stèidhichte ann an Nanopore genomes bactaraidh coileanta agus dùinte bho mhic-biomain (Còinneach, EL, et. al, gu soirbheachail).Biotech nàdair, 2020)
Àrd-ùrlar:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Tha an fho-aonad air rRNA 16S agus 18S anns a bheil an dà chuid roinnean làn-ghlèidhte agus hyper-caochlaideach na lorgan-meòir moileciuil foirfe airson comharrachadh fàs-bheairtean prokaryotic agus eukaryotic.A’ gabhail brath air an t-sreath, faodar na h-amplicons sin a chuimseachadh stèidhichte air na pàirtean glèidhte agus faodaidh na roinnean hyper-caochlaideach a bhith air an làn chomharrachadh airson comharrachadh microbial a’ cur ri sgrùdaidhean a’ còmhdach mion-sgrùdadh iomadachd microbial, tacsonamaidh, phylogeny, msaa. ) le bhith a’ leantainn àrd-ùrlar PacBio a’ comasachadh leughaidhean fada fìor cheart fhaighinn, a dh’ fhaodadh còmhdach a dhèanamh air leudachaidhean làn-fhaid (timcheall air 1.5 Kb).Chuir an sealladh farsaing air raon ginteil gu mòr ris an rùn ann an comharrachadh gnè ann an coimhearsnachd bacteria no fungasan.
Àrd-ùrlar:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Tha seicheamh amplicon 16S / 18S / ITS ag amas air a bhith a’ nochdadh phylogeny, tacsonamaidh, agus pailteas ghnèithean ann an coimhearsnachd mhicrobial le bhith a’ sgrùdadh thoraidhean PCR de chomharran ginteil cumail taighe anns a bheil an dà chuid pàirtean làn-chòmhnard agus ioma-chaochlaideach.Tha toirt a-steach na lorgan-meòir moileciuil foirfe sin le Woeses et al, (1977) a’ toirt cumhachd do phròifil microbiome gun aonaranachd.Le bhith a’ leantainn 16S (bacteria), 18S (fungas) agus spacer tar-sgrìobhte a-staigh (ITS, fungasan) leigidh sin comharrachadh an dà chuid gnèithean pailt a bharrachd air gnèithean tearc is neo-aithnichte.Tha an teicneòlas seo air a thighinn gu bhith na inneal farsaing agus mòr ann a bhith a’ comharrachadh co-dhèanamh microbial eadar-dhealaichte ann an grunn àrainneachdan, leithid beul daonna, caolan, feces, msaa.
Àrd-ùrlar:Illumina NovaSeq6000
-
Ath-sheòrsachadh genoma slàn bacteriach is fungas
Tha ath-sheicheamh genome slàn bacteriach agus fungach na inneal deatamach gus genomes bacteria agus fungasan aithnichte a chrìochnachadh, a bharrachd air coimeas a dhèanamh eadar grunn genomes no genomes de fhàs-bheairtean ùra a mhapadh.Tha e air leth cudromach genomes iomlan de bacteria agus fungasan a chuir an òrdugh gus genomes iomraidh ceart a ghineadh, comharrachadh microbial agus sgrùdaidhean genome coimeasach eile a dhèanamh.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq 6000
-
Genome fungach
Bidh Biomarker Technologies a’ toirt seachad sgrùdadh genome, genome grinn agus genome làn-chrìochnaichte de fhungasan a rèir amas rannsachaidh sònraichte.Faodar seicheamh genome, co-chruinneachadh agus notaichean gnìomh a choileanadh le bhith a’ cothlamadh sreath an ath ghinealach + sreath treas ginealach gus co-chruinneachadh genome àrd-ìre a choileanadh.Faodar teicneòlas Hi-C a chleachdadh cuideachd gus co-chruinneachadh genome a dhèanamh aig ìre chromosome.
Àrd-ùrlar:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bacteria Genome coileanta
Bidh Biomarker Technologies a’ toirt seachad seirbheis sreathachaidh mu bhith a’ togail genoma iomlan de bacteria le beàrn neoni.Tha prìomh shruth-obrach de thogail genome iomlan bacteria a’ toirt a-steach sreath treas ginealach, co-chruinneachadh, comharrachadh gnìomh agus mion-sgrùdadh bioinformatic adhartach a’ coileanadh amasan rannsachaidh sònraichte.Tha ìomhaigh nas coileanta de genoma bacteria a’ toirt cumhachd do bhith a’ nochdadh uidheamachdan bunaiteach a tha mar bhunait air na pròiseasan bith-eòlasach aca, a dh’ fhaodadh cuideachd iomradh luachmhor a thoirt seachad airson sgrùdaidhean genomic ann an gnèithean eucaryotic nas àirde.
Àrd-ùrlar:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
