Sreath fada neo-chòdachadh-Illumina
Buannachdan seirbheis
● Buannachdan seirbheis
● Cellular agus maothran sònraichte
● Ìre shònraichte a’ cur an cèill agus a’ taisbeanadh atharrachadh faireachdainn fiùghantach
● Pàtranan mionaideach a thaobh faireachdainn ùine agus fànais
● Mion-sgrùdadh còmhla ri dàta mRNA.
● Lìbhrigeadh toradh stèidhichte air BMKCloud: Mèinneadh dàta gnàthaichte ri fhaighinn air àrd-ùrlar.
● Seirbheisean às dèidh reic dligheach airson 3 mìosan nuair a bhios am pròiseact deiseil
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
| Leabharlann | Àrd-ùrlar | Dàta air a mholadh | QC dàta |
| crìonadh rRNA | Illumina airson PE 150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Suim (μg) | Purity | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel. | Airson lusan: RIN≥6.5; Airson beathaichean: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann |
Nucleotides:
Meud: Cuideam (tioram): ≥1 g
* Airson clò nas lugha na 5 mg, tha sinn a’ moladh sampall clò reòta (ann an nitrogen leaghaidh) a chuir.
Crochadh cealla: Cunntas cealla = 3 × 107
* Tha sinn a’ moladh lysate cealla reòta a chuir air falbh.Ma tha an cealla sin nas lugha na 5 × 105, thathas a’ moladh flash reòta ann an nitrogen leaghaidh.
Samhlaidhean fuil:
PA×geneBloodRNATube;
fuil 6mLTRIzol agus 2mL (TRIzol: Fuil = 3: 1)
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gluasad:
1.Dry-deigh: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
Tiùban 2.RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
Bith-fiosrachadh
Seòrsachadh 1.LncRNA
Chaidh LncRNA a bha air a ro-innse leis na ceithir bathar-bog gu h-àrd a sheòrsachadh ann an 4 roinnean: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;ciall-LncRNA.Chaidh seòrsachadh LncRNA a shealltainn anns an histogram gu h-ìosal.
Seòrsachadh LncRNA
2.Cis-targaidte ginean de mhion-sgrùdadh beairteachaidh DE-lncRNA
Chaidh ClusterProfiler fhastadh ann am mion-sgrùdadh beairteachaidh GO air ginean cuimsichte cis de lncRNA (DE-lncRNA) air a chuir an cèill gu eadar-dhealaichte, a thaobh pròiseasan bith-eòlasach, gnìomhan moileciuil agus co-phàirtean ceallach.Is e pròiseas a th’ ann an mion-sgrùdadh beairteachaidh GO gus teirmean GO a tha air an stiùireadh gu mòr le DEG a chomharrachadh an taca ri genoma slàn.Chaidh na teirmean beairteach a thaisbeanadh ann an histogram, clàr builgean, msaa mar a chithear gu h-ìosal.
Gineadan cuimsichte cis de mhion-sgrùdadh beairteachaidh DE-lncRNA - Clàr builgean
3. Le bhith a’ dèanamh coimeas eadar fad, àireamh exon, ORF agus meud abairt mRNA agus lncRNA, tuigidh sinn na h-eadar-dhealachaidhean ann an structar, sreath agus mar sin air adhart eatorra, agus cuideachd dearbhadh a bheil an lncRNA nobhail a tha sinn a’ ro-innse a’ cumail ris na feartan coitcheann.
Cùis BMK
Pròifil abairt lncRNA neo-riaghlaidh ann an adenocarcinomas sgamhain na luchaige le mùthadh KRAS-G12D agus bualadh P53
Foillsichte:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Ro-innleachd sreathach
Illumina
Cruinneachadh eisimpleirean
Chaidh na ceallan NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) agus ceallan smachd àicheil (sh-Scr) fhaighinn air latha 6 de ghalar viral sònraichte.
Prìomh thoraidhean
Bidh an sgrùdadh seo a’ sgrùdadh nan lncRNAn a tha air an cur an cèill gu neo-sheasmhach ann an adenocarcinoma sgamhain na luchaige le bualadh P53 agus mùthadh KrasG12D.
Chaidh 1.6424 lncRNAn a chuir an cèill gu eadar-dhealaichte (≥ atharrachadh 2-fhillte, P <0.05).
2.Am measg a h-uile 210 lncRNAs (FC≥8), bha abairt 11 lncRNAs air a riaghladh le P53, 33 lncRNAs le KRAS agus 13 lncRNAs le hypoxia anns na ceallan KP bun-sgoile, fa leth.
Chaidh 3.NONMMUT015812, a chaidh a riaghladh gu h-iongantach ann an adenocarcinoma sgamhain na luchaige agus air a riaghladh gu h-àicheil leis an ath-aithris P53, a lorg gus a ghnìomhachd cealla a sgrùdadh.
Lùghdaich 4.Knockdown de NONMMUT015812 le shRNAn iomadachadh agus comasan imrich ceallan KP.Bha NONMMUT015812 na oncogene comasach.
 Mion-sgrùdadh slighe KEGG de na ginean a tha air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte ann an ceallan KP NONMMUT015812-knockdown |  Mion-sgrùdadh Gene Ontology de na ginean a tha air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte ann an ceallan KP NONMMUT015812-knockdown |
Iomradh
Pròifil abairt lncRNA neo-riaghlaidh ann an adenocarcinomas sgamhain na luchaige le mùthadh KRAS-G12D agus bualadh P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
