Seanadh Genome stèidhichte air Hi-C
Buannachdan seirbheis
Sealladh farsaing air Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Saidheans, 2009)
• Gun fheum air sluagh ginteil a thogail airson acrachadh contig;
● Dùmhlachd comharran nas àirde a’ leantainn gu co-mheas acair contigs nas àirde aig os cionn 90%;
● A’ comasachadh measadh agus ceartachadh air co-chruinneachaidhean genoma a th’ ann mar-thà;
● Ùine tionndaidh nas giorra le cruinneas nas àirde ann an co-chruinneachadh genome;
● Eòlas pailt le còrr air 1000 leabharlann Hi-C air an togail airson còrr air 500 gnè;
● Còrr is 100 cùis shoirbheachail le factar buaidh foillsichte cruinn de chòrr air 760;
● Co-chruinneachadh genome stèidhichte air Hi-C airson genome polyploid, chaidh ìre acair 100% a choileanadh sa phròiseact roimhe;
● Peutantan a-staigh agus dlighe-sgrìobhaidh bathar-bog airson deuchainnean Hi-C agus mion-sgrùdadh dàta;
● Bathar-bog gleusadh dàta lèirsinneach fèin-leasaichte, a’ comasachadh gluasad bloc làimhe, tilleadh air ais, cùl-ghairm agus ath-dhèanamh.
Sònrachaidhean seirbheis
|
Seòrsa leabharlann
|
Àrd-ùrlar | Leugh Fad | Ro-innleachd a mholadh |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Raw dàta smachd càileachd
● Hi-C smachd càileachd leabharlainn
● Co-chruinneachadh genome stèidhichte air Hi-C
● Measadh às dèidh co-chruinneachadh
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
| beathach | Fungas | Lusan
|
| Stuth reòta: 1-2g gach leabharlann Ceallan: 1x 10^7 ceallan gach leabharlann | Stuth reòta: 1g gach leabharlann | Stuth reòta: 1-2g gach leabharlann
|
| * Tha sinn a’ moladh gu làidir co-dhiù 2 aliquots (1 g gach) a chuir airson an deuchainn Hi-C. | ||
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Airson a 'mhòr-chuid de shamhlaichean, tha sinn a' moladh gun a bhith a 'gleidheadh ann an ethanol.
Bileag sampaill: Feumaidh sampaill a bhith air an comharrachadh gu soilleir agus co-ionann ri foirm fiosrachaidh sampall a chaidh a chuir a-steach.
Gluasad: Deigh thioram: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan an toiseach agus air an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing DNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
*Tha toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le Biomarker Technologies
Mapa teas eadar-obrachaidh 1.Hi-C deCamptotheca acuminatagenoma.Mar a chithear air a’ mhapa, tha dian eadar-obrachaidhean ceangailte gu h-àicheil ris an astar sreathach, a tha a’ comharrachadh co-chruinneachadh ìre chromosome fìor cheart.(Co-mheas acair: 96.03%)
Kang M et al.,Conaltradh Nàdair, 2021
Chuidich 2.Hi-C le bhith a’ dearbhadh tionndadh eadarGossypium hirsutumL. TM-1 A06 agusG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Conaltradh Nàdair, 2019
3.Assembly agus eadar-dhealachadh biallelic den genome cassava SC205.Mapa teas Hi-C air a shealltainn sgoltadh soilleir ann an cromosoman homologous.
Hu W et al.,Lusan moileciuil, 2021
Mapa teas 4.Hi-C air co-chruinneachadh genoma dà ghnè Ficus:F.microcarpa(co-mheas acair: 99.3%) agusF.hispida (co-mheas acair: 99.7%)
Zhang X et al.,cill, 2020
Cùis BMK
Bidh genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp a’ toirt sealladh dhuinn air co-ghluasad fige-fhige
Foillsichte: cill, 2020
Ro-innleachd sreathachaidh:
F. microcarpa genome: approx.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: approx.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: approx.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Prìomh thoraidhean
1.Chaidh dà genome craoibhe banyan agus aon genome speach pollinator a thogail a’ cleachdadh sreath PacBio, Hi-C agus mapa ceangail.
(1)F. microcarpagenome: Chaidh co-chruinneachadh de 426 Mb (97.7% de mheud genome measta) a stèidheachadh le contig N50 de 908 Kb, sgòr BUSCO de 95.6%.Gu h-iomlan chaidh sreathan 423 Mb a cheangal ri 13 chromosomes le Hi-C.Thug nota genome 29,416 ginean còdaidh pròtain.
(2)F. Hispidagenome: Chaidh co-chruinneachadh de 360 Mb (97.3% de mheud genome measta) a thoirt gu buil le contig N50 de 492 Kb agus sgòr BUSCO de 97.4%.Bha sreath de 359 Mb gu h-iomlan air acair air cromosoman 14 le Hi-C agus gu math co-ionann ri mapa ceangail àrd-dùmhlachd.
(3)Eupristina verticillatagenome: Chaidh co-chruinneachadh de 387 Mb (Meud genome tuairmseach: 382 Mb) a stèidheachadh le contig N50 de 3.1 Mb agus sgòr BUSCO de 97.7%.
2. Nochd mion-sgrùdadh genomics coimeasach àireamh mhòr de dh'eadar-dhealachaidhean structair eadar dhàFicusgenomes, a thug seachad goireas ginteil luachmhor airson sgrùdaidhean mean-fhàs atharrachail.Thug an sgrùdadh seo, airson a’ chiad uair, seallaidhean seachad air co-bhalltachd Fig-wasp aig ìre genomic.
 Diagram circos air feartan genomic de dhàFicusgenomes, a’ gabhail a-steach cromosoman, dùblachadh roinneil (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), abairt gine agus synteny |  Comharrachadh cromosome Y agus gine tagraiche co-dhùnadh gnè |
Zhang, X., et al.“Bidh genomes a’ Chraobhan Banyan agus Wasp Pollinator a ’toirt seachad sealladh air Co-ghluasad Fig-Wasp.”Cell 183.4(2020).
