Bathar

Seicheamh mRNA làn-fhad-Nanopore

Sreath mRNA làn-fhaid - Ìomhaigh sònraichte Nanopore

Tha seicheamh RNA air a bhith na inneal luachmhor airson mion-sgrùdadh farsaing air tar-sgrìobhadh.Gun teagamh, choilean seicheamhan traidiseanta le leughadh goirid grunn leasachaidhean cudromach an seo.Ach a dh’ aindeoin sin, bidh e gu tric a’ tighinn tarsainn air crìochan ann an comharrachadh isoform làn-fhad, tomhas, claonadh PCR.

Tha sreath nanopore ga eadar-dhealachadh fhèin bho àrd-ùrlaran sreathachaidh eile, leis gu bheil na nucleotides air an leughadh gu dìreach às aonais synthesis DNA agus a’ gineadh leughadh fada aig deichean de kilobases.Tha seo a’ toirt cumhachd do leughadh dìreach a bhith a’ dol thairis air tar-sgrìobhaidhean làn-ùine agus a’ dèiligeadh ris na dùbhlain ann an sgrùdaidhean ìre isoform.

Àrd-ùrlar:Brosnachadh Nanopore

Leabharlann:cDNA-PCR

Cuir fios thugainn

Mion-fhiosrachadh seirbheis

Toraidhean Demo

Sgrùdadh Cùise

Buannachdan seirbheis

● Claonadh sreath ìosal

● A 'nochdadh molecolailean cDNA làn-fhaid

● Nas lugha de dhàta a dhìth gus an aon àireamh de thar-sgrìobhaidhean a chòmhdach

● Comharrachadh iomadh isoforms gach gine

● Tomhas-luachadh ann an isoform ìre

Sònrachaidhean seirbheis

Leabharlann

Àrd-ùrlar

Toradh dàta air a mholadh (Gb)

Smachd Càileachd

cDNA-PCR (Poly-A beairteach)

Nanopore PromethION P48

6 Gb / sampall (a rèir gnè)

Co-mheas làn-fhad ＞ 70%

Sgòr càileachd cuibheasach: Q10

Mion-sgrùdadh bioinformatics

●Làimhseachadh dàta amh

● Comharrachadh tar-sgrìobhadh

● Eile splicing

● Meudachadh faireachdainn ann an ìre gine agus ìre isoform

● Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte

● Sàrachadh gnìomh agus beairteas (DEGs agus DETs)

Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh

Sampall Riatanasan:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Suim (μg)

Purity

Ionracas

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel.

Airson lusan: RIN≥7.0;

Airson beathaichean: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann

Meud: Cuideam (tioram): ≥1 g

* Airson clò nas lugha na 5 mg, tha sinn a’ moladh sampall clò reòta (ann an nitrogen leaghaidh) a chuir.

Crochadh cealla: Cunntas cealla = 3 × 10⁶- 1 × 10⁷

* Tha sinn a’ moladh lysate cealla reòta a chuir air falbh.Ma tha an cealla sin nas lugha na 5 × 10⁵, thathas a’ moladh flash reòta ann an nitrogen leaghaidh, a tha nas fheàrr airson meanbh-tharraing.

Sampall fala: Volume≥1 ml

Lìbhrigeadh sampall air a mholadh

Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)

Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Gluasad: 2 、 Deigh thioram: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh thioram.

Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.

Sruth Obrach Seirbheis

Nucleotides:

Lìbhrigeadh sampall

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às deidh reic

Sruth Obrach Seirbheis

Faochag:

Dealbhadh deuchainn

Lìbhrigeadh sampall

às-tharraing RNA

Togalach leabharlainn

Seicheamh

Mion-sgrùdadh dàta

Seirbheisean às deidh reic

Roimhe: Seicheamh mRNA làn-fhad -PacBio

Air adhart: Tar-sgrìobhadh Spàsail Genomics Visium 10x

1.Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte - cuilbheart bholcàno

Faodar mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte a phròiseasadh an dà chuid aig ìre gine gus ginean a tha air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte (DEGs) a chomharrachadh agus ann an ìre isoform gus comharrachadh eadar-dhealaichte.

3(1)

tar-sgrìobhaidhean air an cur an cèill (DETs)

2.Mapa teas cruinneachadh rangach

3.Alternative splicing comharrachadh agus seòrsachadh

Faodaidh Astalavista ro-innse còig seòrsa de thachartasan splicing eile.

4.Comharrachadh tachartasan poly-adenylation eile (APA) agus Motif aig 50 bp suas an abhainn bho poly-A

Cùis BMK

Comharrachadh splicing eile agus tomhas ìre isoform le sreath tar-sgrìobhaidh làn-fhaid nanopore

Foillsichte:Conaltradh Nàdair, 2020

Ro-innleachd sreathachaidh:

Buidheann: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E mùthadh);3. B-cheallan àbhaisteach

Ro-innleachd sreathachaidh: sreath leabharlainn MinION 2D, sreath leabharlainn PromethION 1D;dàta le leughadh goirid bho na h-aon shamhlaichean

Àrd-ùrlar sreathachaidh: Nanopore MinION;Brosnachadh Nanopore;

Prìomh thoraidhean

1.Isoform-ìre Alternative Splicing Aithneachadh

Bidh sreathan le leughadh fada a’ toirt cumhachd do bhith ag aithneachadh mutant SF3B1^K700E- làraichean splice atharraichte aig ìre isoform.Fhuaireadh a-mach gu robh 35 3 ′SSs eile agus 10 ′ SSs eile air an sgaradh gu mòr eadar SF3B1^K700Eagus SF3B1^WT.Chaidh 33 de na h-atharrachaidhean 35 a lorg às ùr le sreathan air an leughadh fada.

2.Isoform-ìre Alternative Splicing tomhas

Cur an cèill isoforms gleidheadh intron (IR) ann an SF3B1^K700Eagus SF3B1^WTair an tomhas stèidhichte air sreathan nanopore, a’ nochdadh ìsleachadh cruinneil de isoforms IR ann an SF3B1^K700E.

Iomradh

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Tha caractar tar-sgrìobhaidh làn-ùine de mhùthadh SF3B1 ann an leucemia lymphocytic cronach a’ nochdadh ìsleachadh introns glèidhte [J].Conaltradh Nàdair.