Gintinneachd mean-fhàs
Buannachdan seirbheis
Takagi et al.,Leabhar-latha lusan, 2013
● Dèan tuairmse air ùine agus astar eadar-dhealachadh gnè stèidhichte air caochlaidhean aig ìre nucleotide agus amino-aigéid
● A’ nochdadh dàimh phylogenetic nas earbsaiche eadar gnèithean le nas lugha de bhuaidh air mean-fhàs co-thaobhach agus mean-fhàs co-shìnte
● A' togail cheanglaichean eadar atharrachaidhean ginteil agus phenotypes gus ginean co-cheangailte ri feartan a lorg
● A’ toirt tuairmse air iomadachd ginteil, a tha a’ nochdadh comas mean-fhàs de ghnèithean
● Ùine Turnaround nas luaithe
● Eòlas farsaing: Tha BMK air eòlas mòr a chruinneachadh ann am pròiseactan co-cheangailte ri àireamh-sluaigh agus mean-fhàs airson còrr air 12 bliadhna, a’ còmhdach ceudan de ghnèithean, msaa agus chuir e ri còrr air 80 pròiseact àrd-ìre a chaidh fhoillseachadh ann an Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, msaa.
Sònrachaidhean seirbheis
Stuthan:
Mar as trice, thathar a’ moladh co-dhiù trì fo-shluagh (me fo-ghnè no gathan).Cha bu chòir nas lugha na 10 daoine a bhith anns gach fo-shluagh (Faodar lusan ＞15, a lughdachadh airson gnèithean tearc).
Ro-innleachd sreathachaidh:
* Faodar WGS a chleachdadh airson gnèithean le genoma iomraidh àrd-inbhe, fhad ‘s a tha SLAF-Seq a’ buntainn ri gnèithean le no às aonais genoma iomraidh, no genome iomraidh de dhroch chàileachd.
| Co-cheangailte ri meud genome | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10 × / neach fa leth | Tha WGS air a mholadh nas motha |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Mion-sgrùdadh mean-fhàs
● Sguabadh roghnach
● Sruth gine
● Eachdraidh deamografach
● Ùine eadar-dhealachaidh
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
| Gnè | Sgiath | WGS-NGS | SLAF |
| beathach
| Stuth visceral |
0.5 ~ 1g
|
0.5g
|
| Meud fèithe | |||
| Fuil mamail | 1.5mL
| 1.5mL
| |
| Eòin/Fhuil èisg | |||
| Lusan
| Leaf Ùr | 1~2g | 0.5 ~ 1g |
| Peata/Stem | |||
| Root / sìol | |||
| ceallan | Ceall cultarach |
| gDNA | dùmhlachd | Suim (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
*Tha na toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le BMKGENE
Tha mion-sgrùdadh 1.Evolution a’ toirt a-steach togail craobh phylogenetic, structar sluaigh agus PCA stèidhichte air caochlaidhean ginteil.
Tha craobh phylogenetic a 'riochdachadh dàimhean tacsonomaigeach agus mean-fhàs am measg gnèithean le sinnsear cumanta.
Tha PCA ag amas air dlùth-chàirdeas eadar fo-àireamhan fhaicinn.
Tha structar sluaigh a’ sealltainn làthaireachd fo-shluagh a tha sònraichte gu ginteil a thaobh tricead alleles.
Chean, et.al.,PNAS, 2020
2.Selective sweep
Tha sguabadh roghnach a 'toirt iomradh air pròiseas far a bheil làrach buannachdail air a thaghadh agus gu bheil tricead làraichean neo-phàirteach ceangailte air an àrdachadh agus làraichean neo-cheangailte air an lùghdachadh, a' ciallachadh gu bheil lùghdachadh ann an sgìre.
Bithear a’ giullachd lorg air feadh genome air roinnean sguabaidh roghnach le bhith a’ tomhas clàr-amais ginteil àireamh-sluaigh （π，Fst, Tajima's D) de gach SNP taobh a-staigh uinneag sleamhnachaidh (100 Kb) aig ceum sònraichte (10 Kb).
Iomadachd nucleotide (π）
Tha Tajima D
Clàr-amais rèiteachaidh (Fst)
Wu, et.al.,Lusan moileciuil, 2018
Sruth 3.Gene
Wu, et.al.,Lusan moileciuil, 2018
4.Demographic eachdraidh
Zhang, et.al.,Eag-eòlas nàdair & mean-fhàs, 2021
5.Divergence ùine
Zhang, et.al.,Eag-eòlas nàdair & mean-fhàs, 2021
Cùis BMK
Tha mapa caochlaidhean genomic a’ toirt sealladh dhuinn air bunait ginteil taghadh Spring Chinese Cabbage (Brassica rapa ssp. Pekinensis)
Foillsichte: Lusan moileciuil, 2018
Ro-innleachd sreathachaidh:
Seicheamhachadh: doimhneachd sreathachaidh: 10 ×
Prìomh thoraidhean
Anns an sgrùdadh seo, chaidh 194 càl Sìneach a phròiseasadh airson ath-sheòrsachadh le doimhneachd cuibheasach de 10 ×, a thug a-mach 1,208,499 SNPs agus 416,070 InDels.Sheall mion-sgrùdadh phylogenetic air na loidhnichean 194 seo gum faodar na loidhnichean sin a roinn ann an trì eag-sheòrsaichean, earrach, samhradh agus foghar.A bharrachd air an sin, sheall structar sluaigh agus mion-sgrùdadh PCA gun tàinig càl Sìneach earraich bho chàl foghair ann an Shandong, Sìona.Chaidh iad sin a thoirt a-steach an dèidh sin gu Coirèa agus Iapan, air an cur thairis le loidhnichean ionadail agus chaidh cuid de sheòrsan fadalach dhiubh a thoirt a-steach air ais a Shìona agus mu dheireadh thàinig iad gu bhith nan càl Sìneach Earrach.
Nochd sganadh air feadh genome air càl Sìneach earraich agus càl an fhoghair air taghadh 23 loci genomic a tha air a dhol tro thaghadh làidir, agus bha dhà dhiubh sin a’ dol thairis air sgìre smachd ùine bolting stèidhichte air mapadh QTL.Chaidh a lorg gu robh prìomh ghinean anns an dà roinn sin a bhios a’ riaghladh flùran, BrVIN3.1 agus BrFLC1.Chaidh an dà ghine seo a dhearbhadh a-rithist gu robh iad an sàs ann an ùine lùbte le sgrùdadh tar-sgrìobhaidh agus deuchainnean transgenic.
 Mion-sgrùdadh structar sluaigh air càl Sìneach |  Fiosrachadh ginteil mu thaghadh càl Sìonach |
Tongbing, et al.“Tha Mapa Atharrachadh Genomic a’ toirt seachad sealladh air bunait ginteil càl Sìneach an earraich (Brassica rapa ssp.pekinensis) Taghadh.”Lusan moileciuil,11 (2018): 1360-1376.
