Mion-sgrùdadh Bulked Segregant
Buannachdan seirbheis
Takagi et al., An iris lusan, 2013
● Ionadachadh ceart: Measgachadh mòr-chuid le 30 + 30 gu 200 + 200 neach gus fuaim cùl-fhiosrachaidh a lughdachadh;ro-innse sgìre tagraiche stèidhichte air mutatants neo-shin.
● Mion-sgrùdadh coileanta: Nota gnìomh gine tagraiche domhainn, a’ toirt a-steach NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, msaa.
● Ùine tionndaidh nas luaithe: Ionadachadh gine luath taobh a-staigh 45 latha obrach.
● Eòlas farsaing: Tha BMK air cur ri mìltean de fheartan ionadail, a’ còmhdach diofar ghnèithean leithid bàrr, toraidhean uisgeach, coille, flùraichean, measan, msaa.
Sònrachaidhean seirbheis
Àireamh-sluaigh:
A 'sgaradh ginealach phàrantan le phenotypes dùbhlanach.
me sliochd F2, Backcrossing (BC), loidhne inbred ath-chuimseach (RIL)
A 'measgachadh pool
Airson feartan càileachdail: 30 gu 50 neach (20 aig a’ char as lugha) / mòr-chuid
Airson tratis cainneachdail: prìomh 5% gu 10% daoine fa leth le fìor phenotypes anns an t-sluagh gu lèir (30 + 30 aig a’ char as lugha).
Doimhneachd sreathach air a mholadh
Co-dhiù 20X / pàrant agus 1X / clann fa leth (me airson amar measgachadh clann de 30 + 30 neach fa leth, bidh doimhneachd sreathachaidh 30X gach mòr-chuid)
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Sequencing genome slàn
● Giullachd dàta
● Gairm SNP/Indel
● Sgrionadh sgìre tagraiche
● Nota gnìomh gine tagraiche
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
Nucleotides:
| sampall gDNA | Sampall fìnealta |
| Meudachadh: ≥30 ng/μl | Lusan: 1-2 g |
| Suim: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | Beathaichean: 0,5-1 g |
| Purity: OD260/280 = 1.6-2.5 | Fuil slàn: 1.5 ml |
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampall
às-tharraing RNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
1.Bunait anailis co-chomainn air Astar Euclidean (ED) gus sgìre tagraiche a chomharrachadh.Anns an dealbh a leanas
X-axis: àireamh chromosome;Tha gach dot a’ riochdachadh luach ED de SNP.Tha an loidhne dhubh a’ freagairt ri luach ED iomchaidh.Tha luach ED nas àirde a’ nochdadh ceangal nas cudromaiche eadar an làrach agus an phenotype.Tha loidhne dhearg a’ riochdachadh stairsneach de cho-cheangal cudromach.
2.Association mion-sgrùdadh stèidhichte no SNP-clàr-amais
X-axis: àireamh chromosome;Tha gach dot a’ riochdachadh luach clàr-amais SNP.Tha an loidhne dhubh a’ seasamh airson luach clàr-amais iomchaidh SNP.Mar as motha a tha an luach, is ann as cudromaiche a tha an ceangal.
Cùis BMK
Tha an caractar cainneachdail mòr-èifeachd locus Fnl7.1 a’ còdachadh pròtain pailt embryogenesis fadalach co-cheangailte ri fad amhach measan ann an cucumar
Foillsichte: Iris Bith-theicneòlas Lusan, 2020
Ro-innleachd sreathachaidh:
Pàrantan (Jin5-508, YN): Sreath genoma slàn airson 34 × agus 20 ×.
Amaran DNA (50 le amhach fada agus 50 le amhaich ghoirid): A’ leantainn airson 61 × agus 52 ×
Prìomh thoraidhean
Anns an sgrùdadh seo, chaidh sgaradh àireamh-sluaigh (F2 agus F2: 3) a chruthachadh le bhith a’ dol thairis air loidhne cucumair fad-amhach Jin5-508 agus YN amhach goirid.Chaidh dà amar DNA a thogail le 50 neach le amhaich fhada agus 50 neach le amhaich ghoirid.Chaidh QTL mòr-bhuaidh a chomharrachadh air Chr07 le mion-sgrùdadh BSA agus mapadh traidiseanta QTL.Chaidh an roinn tagraiche a chaolachadh nas fhaide le bhith a’ mapadh mìn, tomhas abairt gine agus deuchainnean tar-ghnèitheach, a nochd prìomh ghine ann a bhith a’ cumail smachd air fad amhach, CsFnl7.1.A bharrachd air an sin, chaidh a lorg gu robh polymorphism ann an roinn adhartachaidh CsFnl7.1 co-cheangailte ri faireachdainn co-fhreagarrach.Mhol mion-sgrùdadh phylogenetic eile gu bheil coltas ann gun tàinig locus Fnl7.1 às na h-Innseachan.
 Mapadh QTL ann am mion-sgrùdadh BSA gus sgìre tagraiche co-cheangailte ri fad amhach cucumair a chomharrachadh |  Pròifilean LOD de QTL fad amhach cucumair air an comharrachadh air Chr07 |
Xu, X. , et al.“Tha an caractar cainneachdail mòr-èifeachd locus Fnl7.1 a’ còdachadh pròtain pailt embryogenesis fadalach co-cheangailte ri fad amhach measan ann an cucumar.”Iris Bith-theicneòlas Lusan 18.7 (2020).
