Tar-sgrìobhadh Spàsail Genomics Visium 10x
Feartan
● Resolution: 100 µM
● Trast-thomhas spot: 55 µM
● Àireamh de spotan: 4992
● Raon glacaidh: 6.5 x 6.5 mm
● Tha gach spot le còd-barra air a luchdachadh le primers air a dhèanamh suas de 4 earrannan:
- earball poly(dT) airson priming mRNA agus synthesis cDNA
- Aithneadair Molecular gun samhail (UMI) gus claonadh leudachaidh a cheartachadh
- Còd-bàr spàsail
- Sreath ceangail de primer sreath leughaidh pàirt 1
● Staining H&E de earrannan
Buannachdan
●Seirbheis aon-stad: a’ fighe a-steach a h-uile eòlas agus ceum stèidhichte air sgil, a’ gabhail a-steach cryo-section, staining, optimization maothraidh, còd-barra spàsail, ullachadh leabharlainn, sreath agus bioinformatics.
● Sgioba teicnigeach àrd sgileil: le eòlas ann an còrr air 250 seòrsa clò agus 100+ gnè a’ toirt a-steach daoine, luchag, mamalan, iasg agus lusan.
●Ùrachadh fìor-ùine air a’ phròiseact gu lèir: le làn smachd air adhartas deuchainneach.
●Bith-fhiosrachadh coitcheann coileanta:tha pasgan a’ toirt a-steach 29 mion-sgrùdaidhean agus 100+ figearan àrd-inbhe.
●Mion-sgrùdadh dàta gnàthaichte agus fradharc: ri fhaotainn airson diofar iarrtasan rannsachaidh.
●Mion-sgrùdadh co-roghnach le sreath mRNA aon-chealla
Sònrachaidhean
| Sampall Riatanasan | Leabharlann | Ro-innleachd sreathach | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Sampall cryo freumhaichte OCT, sampallan FFPE (Trast-thomhas as fheàrr: mu 6x6x6 mm3) 3 blocaichean gach sampall | Leabharlann 10X Visium cDNA | Illumina airson PE 150 | 50K PE a’ leughadh gach spot (60Gb) | RIN> 7 |
Airson tuilleadh fiosrachaidh mu stiùireadh ullachaidh sampall agus sruth-obrach seirbheis, faodaidh tu bruidhinn ri aeòlaiche BMKGENE
Sruth-obrach seirbheis
Anns an ìre ullachaidh sampall, thèid deuchainn às-tharraing RNA tùsail a dhèanamh gus dèanamh cinnteach gum faighear RNA de chàileachd àrd.Anns an ìre optimization clò tha na h-earrannan air an dath agus air am fradharc agus tha na suidheachaidhean permeabilization airson leigeil ma sgaoil mRNA bho clò air an ùrachadh.Tha am protocol làn-leasaichte an uairsin air a chuir an sàs aig àm togail leabharlainn, air a leantainn le òrdugh agus mion-sgrùdadh dàta.
Tha an sruth-obrach seirbheis iomlan a’ toirt a-steach ùrachaidhean fìor-ùine agus dearbhaidhean teachdaiche gus lùb fios-air-ais freagairteach a chumail suas, a’ dèanamh cinnteach à coileanadh pròiseict rèidh.
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
Smachd càileachd dàta:
o Toradh dàta agus sgaoileadh sgòr càileachd
o Lorgadh gine gach spot
o Còmhdach fìnealta
Mion-sgrùdadh sampall a-staigh:
o Saibhreas gine
o Cnuasachadh spot, a’ gabhail a-steach mion-sgrùdadh meud nas lugha
o Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte eadar cruinneachaidhean: comharrachadh ginean comharrachaidh
o Aithneachadh gnìomh agus beairteas de ghinean comharrachaidh
Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
o Ath-mheasgadh spotan bhon dà shampall (me galair agus smachd) agus ath-chruinneachadh
o Aithneachadh ghinean comharrachaidh airson gach buidheann
o Aithneachadh gnìomh agus beairteas de ghinean comharrachaidh
o Eadar-dhealaichte Cur an cèill an aon bhuidheann eadar buidhnean
Mion-sgrùdadh sampall a-staigh
Cruinneachadh spot
Comharrachadh ghinean comharrachaidh agus cuairteachadh spàsail
Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
Cothlamadh dàta bhon dà bhuidheann agus ath-chruinneachadh
Gineadan comharran de chlàran ùra
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh le seirbheis tar-sgrìobhaidh spàsail BMKGene le 10X Visium Anns na foillseachaidhean sònraichte seo:
Chen, D. et al.(2023) ‘mthl1, homologue Drosophila a dh’ fhaodadh a bhith ann de GPCRs adhesion mamail, an sàs ann an ath-bheachdan antitumor gu ceallan oncogenic stealladh ann an cuileagan’, Gnìomhan Acadamaidh Nàiseanta Saidheansan Stàitean Aonaichte Ameireagaidh, 120(30), td.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) ‘STEEL a’ comasachadh mìneachadh àrd-rèiteachaidh de dhàta tar-sgrìobhaidh spatiotemporal’, Geàrr-chunntasan ann am Bioinformatics, 24(2), td. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Atlas spatiotemporal de organogenesis ann an leasachadh flùraichean orchid', Rannsachadh Acids Nucleic, 50(17), td. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) ‘Ag amalachadh Transcriptomics Spàsail agus Seicheamh RNA niùclas singilte a’ nochdadh na ro-innleachdan teirpeach a dh’fhaodadh a bhith ann airson leiomyoma uterine’, Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Bith-eòlasach, 19(8), td. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
