GWAS
Teideal: Nochtann athsheicheamhú genome iomláin bunús napus Brassica agus loci géiniteach a bhfuil baint aige lena fheabhsú
Iris: Cumarsáid Dúlra
GNA |WGS |Seicheamhú |GWAS |Trascríobh |RNAseq |Napus Brassica |Éabhlóid |Baile
Sa staidéar seo, sholáthair Biomarker Technologies Seirbhísí ar sheicheamhú NGS, chomh maith le tacaíocht theicniúil ar anailís bhithfhaisnéisíochta ar shonraí seicheamhaithe.
Cúlra
napus brassica(síolta ráibe) is barr síl ola tábhachtach agus eiseamláir den scoth chun imscrúdú a dhéanamh ar phróisis speciation polaplóideach, éabhlóid agus roghnú.Mar sin féin, cé acu deontóirí tuismitheora iad speicis fhiáine nó deontóirí ceansaithe agus ní fios go fóill na géinte a chuidigh le ceansú agus feabhsú an tsíl ráibe.
abhair agus modhanna
Ábhair:588B. napusBhí baint ag aontachas leis an staidéar seo, lena n-áirítear 466 ón Áise, 102 ón Eoraip, 13 ó Mheiriceá Thuaidh, agus 7 ón Astráil.Bunaithe ar thaifid nósanna fáis, roinneadh na hábhair seo i dtrí éiceachló;earrach (86 aontachas), geimhreadh (74 aontachas), agus leath-gheimhridh (428 aontachas).
Seicheamhú:Ar an meán thart.5× (ó 3.37×7.71×)
Ardán seicheamhaithe:Illumina Hiseq 4000
Táirgeadh sonraí:4.03 Tb sonraí glan
SNP ag glaoch:BWA + GATK.Fuarthas 5,294,158 SNP agus 1,307,151 InDels.
Torthaí
Bunús B. napus
B. napusTháinig foghéinim chun cinn ó shinsear an tornapa Eorpaigh.Imeacht sreafa géine ón tornapa Eorpach go dtí anB. napus Tharla foghéinim ~106–1170 bliain ó shin.B. napusD'fhéadfadh sé gur tháinig C subgenome chun cinn ó shinsear coitianta na línéadaigh seo.An sinsear deB. napusscoilt ó na sinsear coitianta de cheithre fospeicis B. oleracea, le sreabhadh géine le déanaí isteachB. napus~108–898 bliain ó shin.B. napusTá bunús níos casta ag C subgenome ná A Fogenome.Tháinig scrogall láidir chun cinn sa dá fhoghéinim le linnB. napuséabhlóid.An geimhreadh agus leath-gheimhreadhB. napusÉiceaitíopaí éagsúla ~ 60 bliain ó shin, ach an gheimhridh agus san earrachB. napuséagsúil ~416 bliain ó shin, agus síl ola agus neamh-olaB. napusdifriúil ~277 bliain ó shin.
Fíor 2 Struchtúr daonra de 588 B. aontachas napus agus 199 de aontachas B. rapa.
Fíor 3 Struchtúr daonra de 588 B. aontachas napus agus 119 de aontachas B. oleracea
Comharthaí Roghnúcháin agus staidéir comhlachais ar fud na Géineoim.
Le linn na chéad chéime feabhsúcháin (FSI), cailleadh níos mó éagsúlacht ghéiniteach san subgenome B. napus C ná san fhogenome A.Tharla níos lú difreála géiniteach le linn an FSI ná mar a tharla le linn an dara céim feabhsúcháin (SSI).Saibhríodh géinte i réigiúin comhartha SSI-roghnaithe i lamháltas struis, forbairt agus bealaí meitibileach.Aithníodh 60 lóistín a bhain go suntasach le 10 sprioc-thréith, lena n-áirítear 5 le toradh síolta, 3 le fad silic, 4 le cion ola, agus 48 le cáilíocht síolta.
Fíor 4 Scanadh ar fud an ghéanóim agus nótaí na réigiún roghnaithe le linn SSI B. napus
Anailís thrascríofa
Rinneadh ró-ionadaíocht shuntasach ar shonraí RNAseq de 11 fíochán ó shaothróir ard-ola-ábhar agus dúbailte-íseal agus saothrán íseal-ola-ábhar agus dúbailte-ard a aithníodh a bhaineann le próiseas bithsintéiseach glucosinolate.
Fíor 5 Forbhreathnú ar rialáil bláthanna-ama faoi roghnú feabhsú éiceachóip B. napus
Plé
Chuir an staidéar seo acmhainn luachmhar ar fáil chun bunús agus stair feabhsúcháin naB. napusagus éascóidh sé deighilt na mbonn géiniteach de thréithe tábhachtacha casta agranamaíochta.Cuirfidh na SNPanna suntasacha a bhaineann le malairtí fabhracha, comharthaí roghnóireachta agus géinte iarrthóra go mór leis amach anseo, go háirithe le feabhas a chur ar tháirgeacht, ar cháilíocht síolta, ar ábhar ola, agus ar inoiriúnaitheacht an bhairr allopolyploid seo agus a ghaolta.
Tagairt
Léiríonn athsheicheamhú iomlán-ghéanóm bunús Brassica napus agus loci géiniteach a bhfuil baint aige lena fheabhsú[J].Cumarsáid Dúlra, 2019, 10(1).
Nuacht agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Biomarker Technologies, gnóthachtálacha eolaíocha úra a ghabháil chomh maith leis na teicníochtaí suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am postála: Jan-05-2022