T2T GENOME TIONÓL, GENOME SAOR BÁNACH
1stDhá Ghéanóim Rís1
Teideal: Cruinniú agus Bailíochtú Dhá Ghéanóm Tagartha Gan Bearna do Xian/Indica Nochtann Rice Léargais ar Ailtireacht Plant Centromere
doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Am Postáilte: 01 Eanáir, 2021.
Institiúid: Ollscoil Talmhaíochta Huazhong, an tSín
Ábhair
O. sativa xian/indicacineálacha ríse 'Zhenshan 97 (ZS97)' agus 'Minghui 63 (MH63)
Straitéis seicheamhaithe
Léann NGS + Léann HiFi + Léann CLR + BioNano + Hi-C
Sonraí:
ZS97: 8.34 Gb (~23x) Léann HiFi + 48.39 Gb (~131x ) Léann CLR + 25 Gb(~69x) NGS + 2 chealla BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) Léann HiFi + 48.97 Gb (~132x) CLR ag léamh + 28 Gb(~76x) NGS + 2 chealla BioNano Irys
Fíor 1 Dhá ghéanóm ríse gan bhearna (MH63 agus ZS97)
2ndGéanóm Banana2
Teideal: Crómasóm gan bhearna Telomere-go-telomere banana ag baint úsáide as seicheamhú nana-póir
doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Am Postáilte: 17 Aibreán, 2021.
Institiúid: Université Paris-Saclay, An Fhrainc
Ábhair
Haploid dhúbailteMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Straitéis agus sonraí seicheamhaithe:
Modh HiSeq2500 PE250 + MinION/PromethION (93Gb,~200X )+ Léarscáil optúil (DLE-1+BspQ1)
Tábla 1 Comparáid idir tionóil genome Musa acuminata (DH-Pahang).
Figiúr 2 Comparáid ailtireacht ghéanóim Musa
3rdGéineóm Phaeodactylum tricornutum3
Teideal: Tionól genome Telomere-to-telomere ofP
haeodactylum tricornutum
doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Am Postáilte: 04 Bealtaine, 2021
Institiúid: Ollscoil an Iarthair, Ceanada
Ábhair
Phaeodactylum tricornutum(Bailiúchán Cultúir Algaí agus Protozoa CCAP 1055/1)
Straitéis agus sonraí seicheamhaithe:
1 cill sreafa mionion Oxford Nanopore + aschur lár-deireadh péireáilte 2×75 NextSeq 550 rith
Fíor 3 Sreabhadh oibre do thionól genome telomere-go-telomere
4thGéineóm CHM13 daonna4
Teideal: Seicheamh iomlán de ghéanóm daonna
doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Am Postáilte: 27 Bealtaine 2021
Institiúid: Na hInstitiúidí Náisiúnta Sláinte (NIH), SAM
Ábhair: líne chill CHM13
Straitéis agus sonraí seicheamhaithe:
Seicheamh comhdhearcadh ciorclach 30 × PacBio (HiFi), seicheamh léamh ultra-fhada 120 × Oxford Nanopore , seicheamhú 100 × Illumina PCR-Free (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), léarscáileanna optúla BioNano, agus Strand-seq
Tábla 2 Comparáid idir tionóil ghéanóim daonna GRCh38 agus T2T-CHM13
Tagairt
1.Sergey Nurk et al.Seicheamh iomlán de ghéanóm daonna.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Crómasóm gan bhearna Telomere-go-telomere banana ag baint úsáide as seicheamhú nana-póir.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Comhthionól genome Telomere-go-telomere de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Dhá Ghéanóm Tagartha Gan Bearna a Chomhthionól agus a Bhailíochtú do Xian/Indica Rice Nochtann Léargas ar Ailtireacht Planda Centromere.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Am postála: Jan-06-2022