Is céim bhunúsach í géinitíopáil ard-thréchuir, go háirithe ar dhaonra ar scála mór, i staidéir ar chomhlachas géiniteach, a sholáthraíonn bunús géiniteach d’fhionnachtain géinte feidhme, d’anailís éabhlóideach, etc. (e) a thugtar isteach chun costas seicheamhaithe in aghaidh an tsampla a íoslaghdú, agus éifeachtúlacht réasúnach a chothabháil maidir le fionnachtain marcóra géiniteach.Baintear é seo amach go coitianta trí bhlúire srianta a bhaint laistigh den raon méide áirithe, ar a dtugtar leabharlann ionadaíochta laghdaithe (RRL).Is straitéis féinfhorbartha é seicheamhú blúirí amplithe sain-locus (SLAF-Seq) le haghaidh fionnachtain SNP de novo agus géinitíopáil SNP ar dhaonraí móra.
Sreabhadh oibre teicniúil
SLAF vs modhanna RRL atá ann faoi láthair
Buntáistí SLAF
Éifeachtúlacht fionnachtana marcóra géiniteach níos airde– In éineacht le teicneolaíocht seicheamhaithe ard-tréchur, d’fhéadfadh SLAF-Seq na céadta mílte clibeanna a aimsítear laistigh den ghéanóm iomlán a bhaint amach chun iarratas ó thionscadail taighde éagsúla a chomhlíonadh, bíodh géanóm tagartha acu nó nach bhfuil.
Dearadh turgnamhach saincheaptha&solúbtha– I gcás sprioc nó speiceas taighde éagsúil, tá straitéisí díleáite einsímeacha éagsúla ar fáil lena n-áirítear díleá aon-einsímí, dé-einsímí agus il-einsímí.Déanfar an straitéis díleá a réamh-mheasúnú in silico chun dearadh barrmhaith na heinsíme a chinntiú.
Ard-éifeachtúlacht i díleá einsímeach– Soláthraíonn díleá einsímeach réamhdheartha SLAFanna atá dáilte níos cothroime ar chrómasóim.Is féidir le bailiú blúirí éifeachtach os cionn 95% a bhaint amach.
Seachain seicheamh athchleachtach– Laghdaítear céatadán an tseichimh athchleachtach i sonraí SLAF-Seq go dtí níos ísle ná 5 %, go háirithe i speicis a bhfuil ardleibhéal d’eilimintí athchleachtacha acu, amhail cruithneacht, arbhar Indiach, etc.
Sreabhadh oibre bithfhaisnéiseach féinfhorbartha– D’fhorbair BMK sreabhadh oibre bithfhaisnéiseach comhtháite is infheidhme maidir le teicneolaíocht SLAF-Seq chun iontaofacht agus cruinneas an aschuir deiridh a áirithiú.
Feidhm SLAF
Léarscáil nasc géiniteach
Tógáil léarscáileanna géiniteacha ard-dlúis agus sainaithint loci a rialaíonn tréithe de chineál bláthanna sa Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Iris: Horticulture Research Foilsithe: 2020.7
GWAS
Géin iarrthóra a bhaineann le hábhar isofavone i síolta pónaire soighe a shainaithint trí úsáid a bhaint as nascadh géanóim agus mapáil naisc
Iris: the Plant Journal Arna fhoilsiú: 2020.08
Géineolaíocht Éabhlóideach
Nochtann anailís ghéanómach daonra agus tionól de novo bunús an ríse weedy mar chluiche éabhlóideach
Iris: Gléasra Móilíneach Foilsithe: 2019.5
Anailís Bulcáilte Deighilteach (BSA)
Tugann GmST1, a ionchódaíonn sulfotransferase, friotaíocht do phónairí víreas mósáic pónaire soighe G2 agus G3
Iris: Gléasra, Cill & Timpeallacht Foilsithe: 2021.04
Tagairt
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: modh éifeachtach chun fionnachtain agus géinitíopáil SNP de novo ar mhórscála ag baint úsáide as seicheamhú ard-thréchuir[J].Pós a haon, 2013, 8(3):e58700
Amhrán X, Xu Y, Gao K, et al.Tógáil léarscáil ghéiniteach ard-dlúis agus sainaithint loci a rialaíonn tréithe de chineál bláthanna sa Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020; 7: 108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Géin iarrthóra a bhaineann le hábhar isoflavóin i síolta pónaire soighe a shainaithint trí úsáid a bhaint as nascadh géanóim agus mapáil naisc.Gléasra J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Nocht Anailís Ghéanómaíochta Daonra agus Tionól De Novo Bunús Rís Weedy mar Chluiche Éabhlóideach.Gléasra Mol.2019; 12(5):632-647.Gléasra Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.Tugann GmST1, a ionchódaíonn sulfotransferase, friotaíocht do phónairí mósáic de phónaire soighe G2 agus G3.Timpeallacht Cille Plandaí.2021; 10.1111/PC.14066
Am postála: Jan-04-2022