TRANSCRIPTOMICS
nádúr
CUMARSÁID
Nochtann tréithriú tras- lánfhad ar shóchán SF3B1 i leoicéime limficíteach ainsealach íosrialáil intéirríní coinnithe
Tras-scríbhinní lánfhad|Seicheamhú nanapóir|Anailís isoform eile
Cúlra
SSócháin óamatacha i bhfachtóir splicing SF3B1 Tuairiscíodh go forleathan go bhfuil baint aige le hailsí éagsúla, lena n-áirítear leoicéime lymphocytic ainsealach (CLL), meileanóma uveal, ailse chíche, etc. Ina theannta sin, tá staidéir tras-scríbhinní gearr-léite tar éis patrúin splicing neamhbhuan a tharlódh de bharr sócháin SF3B1 a nochtadh.Mar sin féin, tá staidéir ar na patrúin splicing mhalartacha seo teoranta le fada do leibhéal an imeachta agus easpa eolais ar leibhéal isoform mar gheall ar theorannú tras-scríbhinní gearr-léite.Anseo, tugadh isteach ardán seicheamhaithe nanópóir chun tras-scríbhinní lánfhad a ghiniúint, rud a chuir ar chumas inbhéartaithe ar isfhoirmeacha AS.
Dearadh Turgnamhach
Turgnaimh
Grúpáil:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E sóchán);3. Gnáth B-chealla
Straitéis seicheamhaithe:seicheamhú leabharlainne MinION 2D, seicheamh leabharlainne PromethION 1D;sonraí gearr-léite ó na samplaí céanna
Ardán seicheamhaithe:ONT MinION;ONT PromethION;
Anailís Bhithfhaisnéiseach
Torthaí
Agineadh 257 milliún léamh san iomlán ó 6 shampla CLL agus 3 B-chill.Ar an meán, aithníodh 30.5% de na léamha seo mar thras-scríbhinní fadtréimhseacha.
FForbraíodh anailís isoform mhalartach lánfhad ar RNA (FLAIR) chun sraith isfhoirmeacha ard-mhuiníne a ghiniúint.Is féidir achoimre a dhéanamh ar FLAIR mar:
Nléann anopore ailíniú: struchtúr tras-scríbhinn ginearálta a aithint bunaithe ar ghéanóm tagartha;
Sceartú acomhail plice: earráidí seichimh cheart (dearg) le suíomh splice ó iontreáin anótáilte, intron ó shonraí gearr-léite nó ón dá cheann;
Collapse: déan achoimre ar isfhoirmeacha ionadaíocha bunaithe ar shlabhraí acomhail splice (tacar céadphas).Roghnaigh isofrom ard-mhuiníne bunaithe ar líon na léamha tacaíochta (Tairseach: 3).
Fíor 1. Anailís FLAIR chun isfhoirmeacha lánfhad a bhaineann le sóchán SF3B1 i CLL a shainaithint
FLAIR Sainaithníodh 326,699 isoform ard-mhuiníne splicáilte, ar isfhoirmeacha núíosacha 90% díobh.Fuarthas amach gur teaglamaí núíosacha de chomhcheangail splice (142,971) a bhí i bhformhór na n-isfhoirmeacha neamhótáilte seo, agus bhí intron(21,700) nó núíosach exon(3594) coinnithe sna hisfhoirmeacha eile.
LCumasaíonn seichimh ong-léite suíomhanna splice athraithe SF3B1-K700E-athraithe mutant a aithint ag leibhéal isfhoirmeach.Fuarthas amach go raibh difríocht shuntasach idir 35 rogha 3'SS agus 10 5'SS malartacha idir SF3B1-K700E agus SF3B1-WT.Fuarthas 33 de na 35 athrú le seichimh fadléithe as an nua.I sonraí Nanopore, tá dáileadh an achair idir SF3B1-K700E-athraithe 3'SSs chuig buaiceanna suíomhanna canónacha timpeall -20 bp, atá difriúil go mór ó dháileadh rialaithe, cosúil leis an méid a tuairiscíodh i seichimh ghearr-léite CLL.Rinneadh anailís ar isfhoirmeacha de ghéin ERGIC3, áit a bhfuarthas isoform úr ina raibh an suíomh splice cóngarach níos flúirseach in SF3B1-K700E .Bhí baint ag 3'SS proximal agus distal araon le patrúin AS ar leith a ghin isfhoirmeacha iolracha.
Fíor 2. Patrúin splicing malartacha 3′ a aithníodh le sonraí seicheamhaithe nana-pór
Tá anailís úsáide teagmhais IR teoranta le fada in anailís bunaithe ar ghearr-léamh mar gheall ar mhuinín in aithint agus cainníochtú IR.Rinneadh cainníochtú ar shloinneadh isoforms IR i SF3B1-K700E agus SF3B1-WT bunaithe ar sheichimh nanópóir, rud a léirigh íosrialáil dhomhanda ar isfhoirmeacha IR in SF3B1-K700E .
Fíor 4. Déine talmhaíochta agus nascacht líonra thar thrí chóras feirmeoireachta (A agus B);Anailís randamach foraoise(C) agus Gaol idir déine na talmhaíochta agus coilíniú AMF (D)
Fíor 3. Tá teagmhais cíosa intron á íosrialáil níos láidre i CLL SF3B1-K700E
Teicneolaíocht
Seicheamhú Léite Fada Nanopóir
NIs teicneolaíocht seicheamhaithe comhartha leictreach fíor-ama móilín amháin é seicheamhú anopóir.
DCeanglóidh DNA nó RNA dúbailte-shnáithe le próitéin nanapóróis atá leabaithe sa bhithscannán agus a scaoilfear faoi stiúir próitéin mhótair.
DTéann snáitheanna NA/RNA trí phróitéin chainéil nanópóir ag ráta áirithe faoi ghníomhaíocht na difríochta voltais.
Mgineann olecules comharthaí leictreacha éagsúla de réir struchtúr ceimiceach.
RBaintear amach seichimh a bhrath trí bhonnghlao.
Feidhmiú seicheamhú tras-scríofa lánfhad
√ Sáithiú Sonraí
7 n-uaire níos lú léamh ag teastáil chun sáithiú sonraí inchomparáide a bhaint amach.
√ Aithint Struchtúr an Athscríbhinn
Athraitheacha struchtúracha ilghnéitheacha a shainaithint le hathléamh lánfhad comhaontaithe ar gach tras-scríbhinn
√ Anailís difreálach ar leibhéal tras-scríofa -Nocht na hathruithe atá curtha i bhfolach ag gearrléamh
Tagairt
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Nochtann tréithriú trascríobh lánfhad ar shóchán SF3B1 i leoicéime limficíteach ainsealach íosrialáil intéirrínigh[J].Cumarsáid Dúlra.
Tech agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige an cur i bhfeidhm rathúil is déanaí de theicneolaíochtaí seicheamhaithe ard-tréchuir éagsúla a roinnt i réimse taighde éagsúla chomh maith le smaointe iontacha i ndearadh turgnamhach agus mianadóireacht sonraí .
Am postála: Jan-08-2022