ATHRUITHE GENOME UILE
Nochtann monatóireacht ghéanómaíochta ar SARS-CoV-2 leagan scriosta Nsp1 a mhodhnaíonn freagairt interferon de chineál I
Nanópóir |Illumina |Seicheamhú géanóm iomlán |meitigenomics |RNA-Seq |Amhránaí
Chuir Biomarker Technologies tacaíocht theicniúil ar fáil maidir le seicheamhú samplaí sa staidéar seo.
Buaicphointí
Aithníonn seicheamh géanóm 1.SARS-CoV-2 agus anailís phíológach 35 sóchán athfhillteach lena n-áirítear 31 SNP agus 4 Indel.
Nochtann 2.Association with 117 feinitíopaí cliniciúla féideartha
sócháin tábhachtacha.
Tá comhghaol idir ∆500-532 i réigiún códaithe Nsp1 agus víreasach níos ísle
3.load agus serum IFN-β.
4. Aonraíonn víreasach le ∆500-532 sóchán a chothaíonn IFN-I níos ísle
freagairt sna cealla ionfhabhtaithe.
Dearadh Turgnamhach
Éachtaí
1. Faireachas eipidéimeolaíochta agus géanómaíochta COVID-19
Bailíodh sonraí cliniciúla i gCúige Sichuan, an tSín thar thréimhse na ráige ó 22 Eanáir, 2020 go 20 Feabhra, 2020. Deimhníodh 538 cás COVID-19 san iomlán le tástálacha qPCR i Sichuan, agus tháinig 28.8% díobh sin ón gCúige caipitil.Tháinig méadú easpónantúil ar chásanna daingnithe i Sichuan, ag buaicphointe ar 30 Eanáir.Chomh maith leis sin, thacaigh sonraí leis go bhféadfadh fadú sóisialta a bheith ina phríomhfhachtóir chun scaipeadh an víris a chosc.
Fíor 1. Staidéar eipidéimeolaíoch ar COVID-19 i gCúige Sichuan, an tSín
2. Tógáil genome SARS-CoV-2 agus sainaithint malairtí
Le aimpliú PCR ilphléacs agus seicheamhú nana-póir ina dhiaidh sin, gineadh iomlán de 310 géanóm beagnach iomlán nó páirteach ó 248 othar le thart ar.80% de ghéanóim clúdaithe ag 10 léamh (Meándoimhneacht: 0.39 M léamh in aghaidh an tsampla).
Fíor 2. Minicíocht gach leagan sa chohórt Sichuan
Sainaithníodh 104 SNP agus 18 Indels ó ghéanóim SARS-CoV-2, inar aithníodh 31 SNP agus 4 Indel mar leagan géiniteach athfhillteach.Trí iad a chur i gcomparáid le 169 sampla ó Wuhan agus le 81,391 seicheamh genome poiblí ardchaighdeáin in GISAID, cuireadh 29 de na 35 leagan a fuarthas i láthair in ilchríocha eile.Go háirithe, fuarthas ceithre leagan lena n-áirítear ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 agus T13243C, nach raibh i láthair ach amháin i Sichuan agus Wuhan agus in easnamh i sonraí GISAID, rud a thugann le fios gur beag an seans go gcuirfí na leaganacha seo i bhfeidhm ó Wuhan, a shásaíonn an taifid taistil na n-othar.
Próiseáladh anailís éabhlóideach le modh na dóchúlachta uasta (ML) agus cuir chuige chlog mhóilíneach Bayesian ar 88 víreas nua ó Sichuan agus 250 géanóm coimeádta ó réigiúin eile.Fuarthas go raibh géanóim le ∆500-532 (Scriosta i réigiún códaithe Nsp1) scaipthe go tearc sa chrann fíolaiginiteach.D’aithin anailís Haplotype ar leagan Nsp1 5 cinn acu ó ilchathracha.Thug na torthaí seo le tuiscint gur tharla an ∆500-532 in ilchathracha agus go bhféadfaí é a allmhairiú go minic ó Wuhan.
Fíor 2. Athraitheacha géiniteacha athfhillteacha agus anailís phylogenetic sna genomes SARS-CoV-2
3. Athróga géiniteacha athfhillteacha a bhfuil impleachtaí cliniciúla acu a chomhcheangal
Bhí baint ag 117 feinitíopa cliniciúil le déine COVID-19, áit ar aicmíodh 19 feinitíopa a bhain le déine i dtréithe tromchúiseacha agus neamh-throma.Sáraíodh an gaol idir na tréithe seo agus 35 leagan géiniteach athfhillteach i mapa teasa déchnuasach.Léirigh anailís saibhrithe rangaithe cosúil le GSEA go bhfuil ∆500-532 comhghaolaithe go diúltach le háirimh chealla ESR, serum IFN-β agus CD3+CD8+ T san fhuil.Ina theannta sin, léirigh tástálacha qPCR go raibh an luach Ct ab airde ag othair a raibh ionfhabhtú víreas orthu ∆500-532, ie an t-ualach víreasach ab ísle.
Fíor 3. Cumainn de 35 leagan géiniteach athfhillteach le feinitíopaí cliniciúla
4. Bailíochtú ar fheinitíopaí cliniciúla a bhaineann le sóchán víreasach
D'fhonn tionchar ∆500-532 ar fheidhmeanna Nsp1 a thuiscint, aistríodh cealla HEK239T le plasmids ag cur in iúl foirmeacha fad-iomlán, WT Nsp1 agus mutant le scriosadh.Próiseáladh próifílí trascriptome de gach ceall cóireáilte HEK239T le haghaidh anailís PCA, rud a léirigh go raibh na mutants scriosta cnuasaithe sách níos dlúithe agus go raibh siad difriúil go mór ó WT Nsp1.Saibhríodh na géinte a bhí uasrialaithe go suntasach sna mutants go príomha i “próiseas bithsintéiseach / meitibileach peptide”, “bithgenesis casta ribonucleoprotein”, “próitéin ag díriú ar membrane/ER”, etc. Thairis sin, léirigh dhá scriosadh patrún expssion ar leith ó WT.
Fíor 4. Anailís thrascriptome ar chealla HEK239T arna n-aistriú ag WT Nsp1 agus sin le scriosadh
Rinneadh tástáil freisin ar an tionchar a bheadh ag scriosadh ar fhreagra IFN-1 i staidéar ró-mhínithe.Léiríodh go laghdaigh gach scriosadh tástáladh athfhreagra IFN-1 i gcealla aistrithe HEK239T agus A549 ag leibhéal tras-sgrìobhaidh agus leibhéal próitéine araon.Is díol suntais é gur saibhríodh na géinte síos-rialaithe suntasach i scriosta mar “freagra cosanta ar víreas”, “macasamhlú genome víreasach”, “rialachán trascríobh ag RNA polymerase II” agus “freagra ar chineál I interferon”.
Fíor 5. Rialú síos ar bhealaí comharthaíochta interferon i ∆500-532 mutant
Sa staidéar seo, deimhníodh tionchar na scriosta seo ar an víreas tuilleadh le staidéir ar ionfhabhtú víreasach.Rinneadh víris le mutants áirithe a leithlisiú ó shamplaí cliniciúla agus ionfhabhtaithe go cealla Calu-3.Is féidir torthaí mionsonraithe ar staidéar ar ionfhabhtú víreasach a léamh sa pháipéar.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Tagairt
Lín J, Tang C, Wei H, et al.Nochtann monatóireacht ghéanómach ar SARS-CoV-2 leagan scriosta Nsp1 a mhodhnaíonn freagairt interferon de chineál I[J].Óstach cille & miocrób, 2021.
Nuacht agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Biomarker Technologies, gnóthachtálacha eolaíocha úra a ghabháil chomh maith leis na teicníochtaí suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am postála: Jan-06-2022