ÉICEOLAÍOCHT MHICROBIALACH
Laghdaíonn diansaothrú talmhaíochta castacht líonra miocróbach agus an flúirse tacsaithe eochairchloiche sna fréamhacha
Seicheamhú Amplicon Fad Lán (ITS) |PacBio HIFI
Buaicphointí
ATá níos mó fadhbanna ag baint le diansaothrú talmhaíochta mar gheall ar a dhrochthionchar ar an gcomhshaol lena n-áirítear droch-éifeachtúlacht úsáid chothaitheach, eotrófú uisce ghéinte, díghrádú ar cháilíocht na hithreach, etc.Tá ról fíor-riachtanach ag an bpobal miocróbach i dtáirgiúlacht agus inbhuanaitheacht an agra-éiceachórais.Mar sin féin, níl sé soiléir conas a théann córais feirmeoireachta éagsúla i bhfeidhm ar fhréamhmhiocróbó.
Dearadh Turgnamhach
Turgnaimh
Stháinig samplaí ola agus fréimhe (DNA) ó pháirceanna cruithneachta ó 60 talamh feirme talmhaíochta (20 an ceann)
Gródú: 1. Coinbhinsiún (le curaíocht);2. Coinbhinsiún (gan curaíocht);3. Talamh feirme orgánach
Sstraitéis chothromaithe: seicheamh aimplicon lánfhad (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (ag díriú ar réigiún iomlán ITS ~630 bp)
Sardán eicheamhaithe: PacBio RS II
Anailís Bhithfhaisnéiseach
Torthaí
On aithníodh 357 OTU ar an meán in aghaidh an láithreáin agus 837 OTU ar fad as gach 60 láithreán.Ní raibh difríocht shuntasach idir éagsúlacht Alfa de fhréamhphobail fhungacha i measc na dtrí chóras feirmeoireachta.Mar sin féin, cruthaíodh trí bhraisle ar leith in anailís béite-éagsúlachta, rud a léiríonn go bhfuil tionchar láidir ag an gcóras feirmeoireachta ar struchtúr pobail fhréamhfhungacha.
Fíor 1. Éagsúlacht alfa (innéacs na Sionainne agus comhdhéanamh pobail ) agus anailís ar éagsúlacht béite (anailís chanónach ar phríomhchomhordanáidí) ar fhréamhphobail fhungacha
TEurLex-2 ga sainmhíníodh tacsaithe eochairchlocha bunaithe ar líonra foriomlán na bpobal fungasach thar thrí chóras feirmeoireachta: roghnaíodh na 10 n-nóid is airde leis an gcéim is airde, an lárnacht is airde gar agus an lárnacht idirghabhála is ísle.Bhain seacht gcinn acu le horduithe miocairhizal.
Fíor 2. Líonra foriomlán ar fhréamhphobail fhungacha de thrí chóras feirmeoireachta
Fléirigh líonraí a bhaineann go sonrach le córais armtha nascacht i bhfad níos airde sa líonra orgánach le dhá imill níos mó agus níos mó nóid nasctha ná líonra gan till agus gnáthghréasán.Ina theannta sin, chothaigh an líonra feirmeoireachta orgánaí i bhfad níos mó tacsóin ríthábhachtach (Diamond) i gcomparáid leis an gcuid eile, rud a thacaigh lena chastacht agus lena nascacht.
Fíor 3. Líonraí fréamhfhungacha a bhaineann go sonrach leis an gcóras feirmeoireachta
Atugadh faoi deara baint dhiúltach láidir idir déine na talmhaíochta agus nascacht líonra na bhfréamhfhungach.Léirigh anailís randamach foraoise príomhthiománaithe tacsaithe eochairchlocha: fosfar ithreach, dlús toirte, pH agus coilíniú miocairhiséalach.
Fíor 4. Déine talmhaíochta agus nascacht líonra thar thrí chóras feirmeoireachta (A agus B);Anailís randamach foraoise(C) agus Gaol idir déine na talmhaíochta agus coilíniú AMF (D)
Teicneolaíocht
Seicheamh aimplicon lánfhad
As “Seicheamhú Tríú Glúin” ag teacht ar an stáitse, sáraíodh na srianta sna réigiúin spriocdhírithe agus na trioblóidí sa chomhthionól de novo.D’éirigh le Pacific Bioscience (PacBio) léamh na seicheamh a leathnú go dtí na deich gcileaban, rud a ligeann dúinn léamh fad-iomlán de rRNA 16s (1,000 bp-1,500 bp) a fháil i mbaictéir nó 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) agus ITS réigiúin (400 bp-900 bp) in eocaryotics.Chuir an dearcadh leathnaithe ar an réimse géiniteach go mór le réiteach anótáil speiceas agus géinte feidhmiúla.Réitíodh an tsaincheist fhada imní maidir le cruinneas bonn trí fhéincheartú PacBio CCS, a ghineann léitheanna HIFI le breis agus 99% cruinneas léite.
Feidhmíocht i nóta OTU
Tag baint leasa as léamh fada agus tréchur ard araon, is féidir cruinneas anótála a mhéadú go suntasach agus taifeach “leibhéal speiceas” a bhaint amach maidir le haithint mhiocróbach.
Tagairt
Banerjee, Samiran , et al.“Laghdaíonn diansaothrú talmhaíochta castacht an ghréasáin mhiocróbaigh agus an flúirse tacsaithe buntábhachtacha sna fréamhacha.”Irisleabhar ISME (2019).
Tech agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige an cur i bhfeidhm rathúil is déanaí de theicneolaíochtaí seicheamhaithe ard-tréchuir éagsúla a roinnt i réimse taighde éagsúla chomh maith le smaointe iontacha i ndearadh turgnamhach agus mianadóireacht sonraí .
Am postála: Jan-08-2022