Éabhlóid GENOME
géineolaíocht an dúlra
Leagann comhthionól genome ardchaighdeáin béim ar shaintréithe géanóm seagal agus ar ghéinte a bhfuil tábhacht agranamaíoch orthu
PacBio |Illumina |Léarscáil Optúil Bionano |Tionól Géanóim Hi-C |Léarscáil Géiniteach |Scuaba Roghnacha |RNA-Seq |ISO-seq |SLAF- seq
Chuir Biomarker Technologies tacaíocht theicniúil ar fáil maidir le seicheamhú Pacbio, seicheamhú Hi-C agus anailís sonraí sa staidéar seo.
Buaicphointí
1. Fuarthas an chéad ghéanóim Rye ardchaighdeáin crómasómach, a bhfuil méid crómasóim amháin níos mó ná 1 Gb.
2.Compared to Tu, Aet and Hv genome, breathnaíodh imeachtaí uathúla LTR-RT le déanaí i genome Rye, a bhí freagrach as an méid genome seagal a leathnú.
3.Tharla an éagsúlacht idir cruithneacht seagal agus diploid tar éis scaradh eorna ó chruithneacht, agus ba iad na hamanna éagsúla don dá imeacht thart ar 9.6 agus 15 MYA .
D'fhéadfadh fosfarylation ó ghéinte FT an tréith luath-cheannteidil i seagal a rialú.
4.Léiríonn anailís roghnaitheach scuabtha go bhféadfadh baint a bheith ag ScID1 le rialú an dáta ceannteidil agus a rogha dóchúil trí ceansaíocht i seagal
Cúlra
Cúlra
Is barr luachmhar bia agus foráiste é seagal, acmhainn ghéiniteach thábhachtach chun cruithneacht agus triteacáil a fheabhsú, agus ábhar fíor-riachtanach le haghaidh staidéir éifeachtúla géanómaíochta comparáideacha ar fhéar.Tá an seagal weining, cineál luath-bhláthanna a shaothraítear sa tSín, thar barr mar gheall ar a fhriotaíocht leathan-speictrim i gcoinne bleoghan púdraithe agus meirge stríoc.Chun bunús géiniteach agus móilíneach na tréithe mionlach seagal a thuiscint agus chun na staidéir ghéanómacha agus pórúcháin i seagal agus barraí gaolmhara a chur chun cinn, rinneamar seicheamh agus anailís ar ghéanóim Weining seagal anseo.
Éachtaí
Géanóm Rye
Tógadh an genome Rye trí léann PacBio SMRT, seicheamh gearr-léite Illumina, chomh maith leo siúd ó ghabháil comhfhoirmithe crómatin (Hi-C), mapáil ghéiniteach, agus anailís BioNano a chomhcheangal.B'ionann na contigs cóimeáilte (7.74 Gb) agus 98.47% den mhéid géanóm measta (7.86 Gb), agus 93.67% de na contigs (7.25 Gb) sannta do sheacht crómasóim.B'ionann eilimintí athchleachtacha agus 90.31% den ghéanóim le chéile.
Géanóm Rye
Léarscáil naisc ghéiniteach (WJ) arna fhorbairt ag baint úsáide as 295 planda F2 díorthaithe ó thrasnú dhá thírréimsí seagal (Weining × Jingzhou)
Léarscáil teagmhála Hi-C de na seacht gcromosóim Weining seagal le chéile (1R – 7R)
Ailíniú idir na seacht crómasóim cóimeáilte de Weining seagal agus na seacht ngrúpa nascála seagal a forbraíodh ag baint úsáide as Lo7 x Lo255 daonra RIL
Fuarthas amach gurbh é luach Innéacs Tionóil LTR (LAI) an ghéanóim Rye ná 18.42 agus aithníodh 1,393 (96.74%) de na 1,440 géinte BUSCO ardchaomhnaithe. Tugann na torthaí seo le fios go bhfuil seicheamh genome seagal Weining ar ardchaighdeán sa dá intergenic agus réigiúin ghéiniteacha.Bhí 86,991 géinte códaithe próitéine san iomlán, lena n-áirítear 45,596 géinte ard-mhuiníne (HC) agus 41,395 géinte íseal-mhuiníne (LC) tuartha.
2. Anailís ar TEanna
Anailís ar TEanna.Tugadh anótáil iomlán de 6.99 Gb, arb ionann é agus 90.31% de thionól Weining, mar TEanna, lena n-áirítear 2,671,941 eilimint a bhain le 537 teaghlach.Is léir go raibh an t-ábhar TE seo níos airde ná mar a tuairiscíodh roimhe seo do Ta (84.70%), Tu (81.42%), Aet (84.40%), WEW (82.20%), nó Hv (80.80%).Ba iad na TEanna ceannasacha na hais-trasuímh fhada críochfoirt (LTR-RTs), lena n-áirítear Gypsy, Copia agus eilimintí RT neamhrangaithe, agus 1 áitiú 84.49% den ábhar TE anótáilte agus 76.29 % den ghéanóim Weining cóimeáilte;Ba iad na trasphuráin DNA CACTA an dara TE is líonmhaire, arbh ionann iad agus 11.68% den ábhar TE anótáilte agus 10.55 % de ghéanóm Weining le chéile.
Anailís ar ghnéithe trasposon seagal
Bhí céatadán measartha ard de LTR-RTanna curtha isteach le déanaí ag Weining seagal agus bhí an buaic aimplithe le feiceáil timpeall 0.5 milliún bliain ó shin (MYA), an ceann is déanaí i measc na gceithre speiceas;tharla an bhuaic eile, thart ar 1.7 MYA, bhí sé níos sine agus le feiceáil in eorna freisin.Ag leibhéal superteaghlaigh, fuarthas pléascanna an-déanaí d’eilimintí Copia i seagal Weining ag 0.3 MYA, agus ba mhó a mhúnlaigh aimplithe RTanna Gypsy patrún dáileadh démhódach dinimic pléasctha LTR-RT.
3. Imscrúdú ar éabhlóid ghéanóim seagal agus sintéisí crómasóim
Tharla an éagsúlacht idir cruithneacht seagal agus diploid tar éis scaradh eorna ó chruithneacht, agus ba é an t-amanna dibhéirseachta don dá imeacht thart ar 9.6 agus 15 MYA, faoi seach.Bhí 1R, 2R, 3R go hiomlán comhlíneach le crómasóim 1, 2 agus 3 cruithneachta, faoi seach.Fuarthas amach go raibh comhleá agus deighleoga ar scála mór ann 4R, 5R, 6R, 7R.
4. Anailís ar dhúbailt géine agus a dtionchar ar ghéinte bithsintéise stáirse
Go háirithe, bhí líon na ngéinte comhdhlúite (TDGanna) agus na ngéinte cóngarach (PDGanna) de seagal Weining níos airde ná iad siúd a fuarthas do Tu, Aet, Hv, Bd agus Os.Bhí níos mó géinte dúblacha traschurtha (TrDGanna) níos líonmhaire freisin ná iad siúd a aimsíodh go sonrach do Tu agus Aet.Tá líon níos airde dúbailtí géine ag gabháil le leathnú genome seagal.D’fhéadfadh méadú ar líon na dTrDGanna a bheith mar thoradh ar an bpléascthaí méadaithe TE sa seagal.
anailísí Synteny éabhlóideach agus crómasóim ar ghéanóim seagal
Anailís ar dhúblálacha géine seagal agus a dtionchar ar éagsúlachtaí géinte a bhaineann le bithshintéis stáirse (SBRGanna)
5. Loci géine próitéin stórála síolta seagal (SSP) a scaradh
Aithníodh ceithre lócas crómasómacha (Sec-1 go Sec-4) a shonraíonn SSPanna seagal ar 1R nó 2R.Níor tháinig géinte α-gliadin chun cinn ach le déanaí i gcruithneacht agus i speicis a bhaineann go dlúth leo tar éis éagsúlacht cruithneachta ó seagal.
6. Fachtóir trascríobh (TF) agus géinte friotaíochta galair a scrúdú
Anailís ar loci secalin seagal
Bhí níos mó géinte bainteach le frithsheasmhacht in aghaidh galair (DRA) ag seagal fianna (1,989, Sonraí Forlíontacha 3) ná Tu (1,621), Aet (1,758), Hv (1,508), Bd (1,178), Os (1,575), agus an A (1,836). ), B (1,728) agus D (1,888) foghéine de ghnáthchruithneacht.
7. Iniúchadh ar ghnéithe slonn géine a bhaineann le tréithe luath-cheannteidil
Rinneadh dhá ghéin FT le slonn sách ard faoi choinníollacha lae fada, ScFT1 agus ScFT2 , a anótáil i gcomhthionól géanóim Weining.Aimsíodh dhá iarmhair aimínaigéad de fosfarylation ScFT2 (S76 agus T132) gaol le rialú ama a ísliú
Gnéithe forbartha agus léirithe géine a bhaineann le tréith luath-cheannteidil Weining seagal
8. Mianadóireacht réigiún crómasómach agus loci a bhféadfadh baint a bheith aige le dosú seagal
Baineadh úsáid as 123,647 SNP san iomlán chun anailís roghnaíoch a dhéanamh idir seagal saothraithe agus S. vavilovii.11 chomhartha scuabtha roghnacha sainaitheanta ag innéacs laghdaithe (DRI), innéacs seasta (FST) agus modh XP-CLR.Fuarthas go bhféadfadh baint a bheith ag ScID1 le rialú an dáta ceannteidil.
Réigiúin chromosómacha agus loci a d'fhéadfadh a bheith bainteach le dúchasú seagal a shainaithint agus a anailísiú
Tagairt
Dúirt Li GW et al.Leagann comhthionól genome ardchaighdeáin béim ar shaintréithe géanóm seagal agus ar ghéinte a bhfuil tábhacht agranamaíoch orthu.Géineolaíocht an Dúlra (2021)
Nuacht agus Buaicphointí Tá sé mar aidhm aige na cásanna rathúla is déanaí a roinnt le Biomarker Technologies, gnóthachtálacha eolaíocha úra a ghabháil chomh maith leis na teicníochtaí suntasacha a cuireadh i bhfeidhm le linn an staidéir.
Am postála: Jan-05-2022