Seicheamhú Metagenomic-Nanópóir
Buntáistí Seirbhíse
● Ard-chaighdeán cóimeála-Feabhas a chur ar chruinneas sainaithint speiceas agus tuar géine feidhme
● Leithlisiú genome baictéarach dúnta
● Feidhmiú níos cumhachtaí agus níos iontaofa i réimsí éagsúla, m.sh. miocrorgánaigh phataigineacha nó géinte a bhaineann le frithsheasmhacht in aghaidh antaibheathach a bhrath
● Anailís mheitigenóim chomparáideach
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Ardán | Seicheamhú | Sonraí molta | Am Slánúcháin |
| Nanópóir | ONT | 6G/10G | 65 lá oibre |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Tionól Metagenome
● Tacar géine agus anótáil nach bhfuil iomarcach
● Anailís ar éagsúlacht speiceas
● Anailís éagsúlachta feidhmeanna géiniteacha
● Anailís idirghrúpa
● Anailís comhlachais i gcoinne fachtóirí turgnamhacha
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais shamplacha agus seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Le haghaidhsleachta DNA:
| Cineál Samplach | Méid | Tiúchan | Íonachta |
| sleachta DNA | 1-1.5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Le haghaidh samplaí comhshaoil:
| Cineál samplach | Nós imeachta samplála molta |
| Ithir | Méid samplála: thart.5 g;Ní mór an tsubstaint withered atá fágtha a bhaint den dromchla;Meilt píosaí móra agus pas a fháil trí scagaire 2 mm;Samplaí Aliquot in EP-feadán steiriúil nó cyrotube le haghaidh áirithinte. |
| Feces | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus tabhair samplaí in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena áirithint. |
| Ábhar stéig | Ní mór samplaí a phróiseáil faoi riocht aiseipteach.Nigh an fíochán bailithe le PBS;Déan an PBS a lártheifneoir agus bailigh an deascán i bhfeadáin PE. |
| Sloda | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus lig an sampla sloda in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena chur in áirithe |
| Dobharlach | Le haghaidh sampla le méid teoranta miocróbach, mar shampla uisce sconna, uisce tobair, etc., Bailigh 1 L uisce ar a laghad agus pas a fháil trí scagaire 0.22 μm chun miocróbach a shaibhriú ar an membrane.Stóráil an membrane i bhfeadán steiriúil. |
| Craiceann | Déan dromchla craiceann a scrapeadh go cúramach le swab cadáis steiriúla nó lann máinliachta agus cuir i bhfeadán steiriúil é. |
Seachadadh Samplach Molta
Reo na samplaí i nítrigine leachtach ar feadh 3-4 uair an chloig agus a stóráil i nítrigine leachtach nó -80 céim go áirithinte fadtéarmach.Tá gá le seoladh samplach le h-oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
1.Heatmap: Cnuasú saibhreas speiceas
Géin 2.Feidhmeacha atá anótáilte do bhealaí meitibileach KEGG
Líonra comhghaol 3.Species
4.Circos de ghéinte friotaíochta antaibheathach CARD
Cás BMK
Cuireann meitigenomics nana-por ar chumas diagnóis chliniciúil tapa ar ionfhabhtú baictéarach riospráide íochtair
Foilsithe:Biteicneolaíocht an Dúlra, 2019
Buaicphointí Teicniúla
Seicheamhú: Nanopore MinION
Bithfhaisnéisíocht mheitigenomics chliniciúil: ídiú DNA óstaigh, anailís WIMP agus ARMA
Brath tapa: 6 uair an chloig
Íogaireacht ard: 96.6%
Príomhthorthaí
I 2006, ba chúis le hionfhabhtú riospráide níos ísle (CD) 3 mhilliún duine ar fud an domhain.Is é an modh tipiciúil chun pataigin LR1 a bhrath ná saothrú, a bhfuil droch-íogaireacht aige, aga slánúcháin fada agus a bhfuil easpa treorach ann i dteiripe antaibheathach go luath.Tá géarghá le fada le diagnóis mhiocróbach tapa agus chruinn.D'fhorbair an Dr Justin ó Ollscoil East Anglia agus a chomhpháirtithe modh metagenomic bunaithe ar Nanópóir chun pataigin a bhrath.De réir a sreabhadh oibre, is féidir 99.99% de DNA óstach a laghdú.Is féidir braite i bpataiginí agus géinte frithsheasmhach in aghaidh antaibheathach a chríochnú i 6 uair an chloig.
Tagairt
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Cuireann meitigenomics nana-por ar chumas diagnóis chliniciúil tapa ar ionfhabhtú baictéarach riospráide íochtair.Biteicneolaíocht an Dúlra, 37(7), 1.
