Tionól Genome bunaithe ar Hi-C
Buntáistí Seirbhíse
Forbhreathnú ar Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Eolaíocht, 2009)
● Níl gá le daonra géiniteach a thógáil le haghaidh ancaireachta contig;
● Dlús marcóra níos airde as a leanann cóimheas ancaireachta contigs níos airde ag os cionn 90%;
● Cumasaíonn sé meastóireacht agus ceartúcháin ar chomhthionóil ghéanóim atá ann cheana;
● Am slánúcháin níos giorra le cruinneas níos airde i gcomhthionól genome;
● Taithí fhlúirseach le níos mó ná 1000 leabharlann Hi-C tógtha do bhreis is 500 speiceas;
● Níos mó ná 100 cás rathúla le fachtóir tionchair carntha os cionn 760;
● Comhthionól genome bunaithe ar Hi-C le haghaidh genome polyploid, baineadh amach ráta ancaireachta 100% sa tionscadal roimhe seo;
● Cóipchearta bogearraí agus paitinní intí le haghaidh turgnamh Hi-C agus anailís sonraí;
● Bogearraí tiúnadh sonraí físiúla féinfhorbartha, cuireann sé ar chumas gluaiseachta, aisiompú, chúlghairm agus athdhéanamh de láimh.
Sonraíochtaí Seirbhíse
|
Cineál Leabharlainne
|
Ardán | Léigh Fad | Straitéis a mholadh |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Rialú cáilíochta leabharlainne Hi-C
● Tionól genome bunaithe ar Hi-C
● Meastóireacht iar-thionóil
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
| Ainmhí | Fungas | Plandaí
|
| Fíochán reoite: 1-2g in aghaidh na leabharlainne Cealla: 1 x 10^ 7 cill in aghaidh na leabharlainne | Fíochán reoite: 1g in aghaidh na leabharlainne | Fíochán reoite: 1-2g in aghaidh na leabharlainne
|
| *Molaimid go láidir ar a laghad 2 slánuimhir (1 g an ceann) a sheoladh don turgnamh Hi-C. | ||
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Don chuid is mó de na samplaí, molaimid gan a chaomhnú in eatánól.
Lipéadú samplach: Ní mór samplaí a lipéadú go soiléir agus go bhfuil siad comhionann leis an bhfoirm faisnéise samplach a cuireadh isteach.
Loingsiú: Oighear tirim: Ní mór samplaí a phacáil i málaí ar dtús agus a chur faoi oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
*Tagann na torthaí taispeána a thaispeántar anseo ar fad ó ghéanóim a foilsíodh le Biomarker Technologies
Léarscáil teasa idirghníomhaíocht 1.Hi-C deCamptotheca acuminatagéanóm.Mar a léirítear ar an léarscáil, déantar déine na n-idirghníomhaíochtaí a chomhghaolú go diúltach leis an achar líneach, rud a léiríonn tionól ardchruinn ar leibhéal crómasóim.(Cóimheas ancaireachta: 96.03%)
Kang M et al.,Cumarsáid Dúlra, 2021
D'éascaigh 2.Hi-C bailíochtú na n-aisiompuithe idirGossypium hirsutumL. TM-1 A06 agusG. crannlannChr06
Yang Z et al.,Cumarsáid Dúlra, 2019
3. Tionól agus idirdhealú biallelic ar an genome cassava SC205.Léarscáil teasa Hi-C léirithe go soiléir scoilte i gcrómasóim homalógacha.
Hu W et al.,Gléasra Móilíneach, 2021
Mapa teasa 4.Hi-C ar thionól géanóim dhá speiceas Ficus:F.micreacarpa(cóimheas ancaireachta: 99.3%) agusF.hispida (cóimheas ancaireachta: 99.7%)
Zhang X et al.,cill, 2020
Cás BMK
Soláthraíonn Géanóim an Chrann Banyan agus Foiche Pailneora Léargas ar Chomhéabhlóid na Foiche Figí
Foilsithe: cill, 2020
Straitéis seicheamhaithe:
F. micreacarpa genome: Thart.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: Thart.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: Thart.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Príomhthorthaí
1.Tógadh dhá ghéanóm crann banyan agus géanóm foiche pollanator amháin ag baint úsáide as seicheamhú PacBio, Hi-C agus léarscáil nascála.
(1)F. micreacarpagenome: Bunaíodh cóimeáil de 426 Mb (97.7% den mhéid genome measta) le contig N50 de 908 Kb, scór BUSCO de 95.6%.San iomlán cuireadh seichimh 423 Mb ar ancaire do 13 chrómasóm ag Hi-C.Fuarthas 29,416 géinte códaithe próitéine as anótáil ghéanóim.
(2)F. HispidaGéanóm: Fuarthas toradh 360 Mb (97.3% de mhéid measta an ghéanóim) le contig N50 de 492 Kb agus scór BUSCO de 97.4%.Bhí seichimh 359 Mb san iomlán ar ancaire ar 14 chrómasóm ag Hi-C agus bhí siad an-chosúil le léarscáil nascachta ard-dlúis.
(3)Eupristina verticillatagenome: Bunaíodh cóimeáil 387 Mb (Méid an ghéanóim measta: 382 Mb) le contig N50 de 3.1 Mb agus scór BUSCO de 97.7%.
2. Léirigh anailís chomparáideach géanóm líon mór éagsúlachtaí struchtúir idir dhá cheannFicusgéanóim, a sholáthair acmhainn ghéiniteach luachmhar le haghaidh staidéir ar éabhlóid oiriúnaitheach.Thug an staidéar seo, don chéad uair, léargais ar chomhéabhlóid na bhfoiche Fig ag an leibhéal géanómach.
 Léaráid ciorróis ar ghnéithe géanómacha dhá cheannFicusgéanóim, lena n-áirítear crómasóim, dúbailtí teascánacha (SDs), trasposons (LTR, TEs, DNA TEs), léiriú géine agus sintéis |  Sainaithint crómasóim Y agus géine iarrthóra cinneadh gnéis |
Zhang, X. , et al.“Cuireann Géanóim an Chrann Banyan agus Foiche Pailneora Léargas ar Chomhéabhlóid Fig-Wasp ar fáil.”cill 183.4(2020).
