Táirgí

Seicheamhú DNA/RNA -Seicheamhóir PacBio

Seicheamh DNA/RNA - Íomhá Réadmhaoin Seicheamh PacBio

Is ardán seicheamhaithe fad-léite é ardán seicheamhaithe PacBio, ar a dtugtar freisin mar cheann de na teicneolaíochtaí Seicheamhú Tríú Glúin (TGS).Cumasaíonn an croítheicneolaíocht, fíor-ama aonmhóilín (SMRT), giniúint léamha a bhfuil na mílte cile-bonn acu.Ar bhonn “Seicheamh-ar-Sintéise”, baintear taifeach aonair núicléitíde amach trí thonnthreoir nialasmhóid (ZMW), áit nach bhfuil ach méid teoranta ag an mbun (suíomh shintéise móilíní) soilsithe.Ina theannta sin, seachnaíonn seicheamhú SMRT den chuid is mó claonadh seicheamh-shonrach i gcóras NGS, sa mhéid nach bhfuil an chuid is mó de na céimeanna aimplithe PCR ag teastáil i bpróiseas tógála na leabharlainne.

Ardán: Sequel II, Revio

Glaoigh orainn

Sonraí Seirbhíse

Torthaí Taispeána

Gnéithe

Dhá mhodh seicheamhaithe ar an seicheamhóir PacBio: Léamh Fada Leantach (CLR) agus Léamh Comhthola Ciorclach (CCS)

Mód Seicheamhaithe

Méid na Leabharlainne

Sonraí TeoiriciúlaToradh (In aghaidh na Cille)

Aonair-bonnCruinneas

Feidhmchláir

CLR

20Kb, 30Kb, etc.

80 Gb go 130 Gb

Thart.85%

De nua, SV ag glaoch, etc.

CCS

15-20 Kb

14 go 40 Gb/Cill (Sequel II)

70 go 110 Gb/Cill (Revio)

Ag brath ar na samplaí

Thart.99%

De nua, glaoch SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Comparáid idir feidhmíocht agus gnéithe Revio agus Sequel II

Téarmaí	Córas sequel II	Córas Revio	Méadú
Dlús níos airde	8 milliún ZMW	25 milliún ZMW	3x
Céimeanna neamhspleácha	1	4	4x
Amanna rite níos giorra	30 uair	24 uair an chloig	1.25x
Géanóim daonna 30X HiFi / bliain	88	1,300	15x san iomlán

Buntáistí Seirbhíse

● Níos mó ná 8 mbliana taithí ar ardán seicheamhaithe PacBio leis na mílte tionscadal dúnta le speicis éagsúla.

● Feistithe go hiomlán leis na hardáin Seicheamhú PacBio is déanaí, Revio chun tréchur seicheamhaithe leordhóthanach a ráthú.

● Aga slánúcháin níos tapúla, toradh sonraí níos airde agus sonraí níos cruinne.

● Chuir sé leis na céadta foilseachán ardtionchair bunaithe ar PacBio.

Riachtanais Shamplacha

Cineál Samplach

Méid

Tiúchan （Qubit®）

Toirt

Íonachta

Daoine eile

DNA genomic

Ag brath ar Riachtanas Sonraí

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5；
Buaic glan ag 260 nm,aon éillithe

Ní mór an tiúchan a thomhas le Qubit agus Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

RNA iomlán

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5；aon éillithe

Luach RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

Sreabhadh Oibre Seirbhíse

Ullmhúchán samplach

Tógáil leabharlainne

Seicheamhú

Anailís sonraí

Seachadadh tionscadail

Roimhe Seo: monaróir OEM Seirbhís Seicheamhaithe Mrna - Seicheamh fada neamhchódaithe-Illumina - Bithmharcóir

Ar Aghaidh: Illumina agus BGI

1.In-tí Táirgeacht Sonraí

Sonraí ginte ó 63 cealla CCS (ó 26 speiceas)

SONRAÍ-PacBio-CCS-15 Kb	Meán	uas	Min	Airmheánach
Toradh - foléamh (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Tarlaithe - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polaiméaráis N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Fo-léamh N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Meánfhad-Polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Meánfhad-Subreads	15,866	21,036	11,657	16,012
Meánfhad-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Sonraí ginte ó 16 cill CLR (ó 76 speiceas)

SONRAÍ-PacBio-CLR-30Kb	Meán	uas	Min	Airmheánach
Toradh - foléamh (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polaiméaráis N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Fo-léamh N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Meánfhad-Polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Meánfhad-Subreads	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC – TaispeántasStaitisticí ar thorthaí sonraí

Sampla	ccs Léann Uimh	Bunanna Iomlán ccs (bp)	ccs Léann N50 (bp)	ccs Meánfhad (bp)	ccs léamh is faide (bp)	fo-léamh Bunanna (bp)	ráta ccs(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27