16S/18S/ITS Seicheamhú Amplicon-PacBio
Buntáistí Seirbhíse
● Léann fada a thaispeánann seicheamh lánfhad 16S/18S/ITS
● Glaonna bonn an-chruinn le seicheamhú mód PacBio CCS
● Taifeach ar leibhéal an speicis sa nóta OTU/ASV
● An QIIME2 is déanaí ag déanamh anailíse ar shreabhadh le hanailísí éagsúla i dtéarmaí bunachar sonraí, nótaí, OTU/ASV.
● Infheidhme maidir le staidéir éagsúla pobail mhiocróbacha
● Tá taithí fhairsing ag BMK le níos mó ná 100,000 sampla / bliain, ag clúdach ithir, uisce, gás, sloda, feces, inní, craiceann, brat choipeadh, feithidí, plandaí, etc.
● D’éascaigh BMKCloud léirmhíniú sonraí ina raibh 45 uirlis anailíse phearsantaithe
Sonraíochtaí Seirbhíse
| SeicheamhúArdán | Leabharlann | Sonraí molta | Am Slánúcháin |
| PacBio Sequel II | SMRT-cloig | Clibeanna 5K/10K/20K | 44 Laethanta oibre |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Cnuasú OTU/Dí-thorann (ASV)
● Nóta OTU
● Éagsúlacht alfa
● Éagsúlacht béite
● Anailís idirghrúpa
● Anailís comhlachais i gcoinne fachtóirí turgnamhacha
● Tuar géine feidhme
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Le haghaidhsleachta DNA:
| Cineál Samplach | Méid | Tiúchan | Íonachta |
| sleachta DNA | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Le haghaidh samplaí comhshaoil:
| Cineál samplach | Nós imeachta samplála molta |
| Ithir | Méid samplála: thart.5 g;Ní mór an tsubstaint withered atá fágtha a bhaint den dromchla;Meilt píosaí móra agus pas a fháil trí scagaire 2 mm;Samplaí Aliquot in EP-feadán steiriúil nó cyrotube le haghaidh áirithinte. |
| Feces | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus tabhair samplaí in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena áirithint. |
| Ábhar stéig | Ní mór samplaí a phróiseáil faoi riocht aiseipteach.Nigh an fíochán bailithe le PBS;Déan an PBS a lártheifneoir agus bailigh an deascán i bhfeadáin PE. |
| Sloda | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus lig an sampla sloda in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena chur in áirithe |
| Dobharlach | Le haghaidh sampla le méid teoranta miocróbach, mar shampla uisce sconna, uisce tobair, etc., Bailigh 1 L uisce ar a laghad agus pas a fháil trí scagaire 0.22 μm chun miocróbach a shaibhriú ar an membrane.Stóráil an membrane i bhfeadán steiriúil. |
| Craiceann | Déan dromchla craiceann a scrapeadh go cúramach le swab cadáis steiriúla nó lann máinliachta agus cuir i bhfeadán steiriúil é. |
Seachadadh Samplach Molta
Reo na samplaí i nítrigine leachtach ar feadh 3-4 uair an chloig agus a stóráil i nítrigine leachtach nó -80 céim go áirithinte fadtéarmach.Tá gá le seoladh samplach le h-oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
1. Ráta anótála de phróifíliú pobail mhiocróbach bunaithe ar V3+V4(Illumina) vs. próifíliú bunaithe ar fad (PacBio).
(Cuireadh sonraí maidir le 30 tionscadal a roghnaíodh go randamach i bhfeidhm ar staitisticí)
2. Ráta anótála de sheicheamhú amplicon lán-fhad ag leibhéal speiceas i gcineálacha éagsúla samplaí
Dáileadh 3.Species
Crann 4.Phylogenetic
Cás BMK
Spreagann nochtadh arsanaic damáiste ó bhacainn intestinal agus gníomhachtaítear ais ae gut dá bharr as a dtagann athlasadh agus piroptóis ae i lachain
Foilsithe:Eolaíocht an Chomhshaoil Iomlán,2021
Straitéis seicheamhaithe:
Samplaí: Rialú vs 8 mg/kg grúpa nochta ATO
Toradh sonraí seicheamhaithe: 102,583 seicheamh CCS amh san iomlán
Rialú: 54,518 ± 747 CCS éifeachtach
ATO-nochta : 45,050 ± 1675 CCS éifeachtach
Príomhthorthaí
Éagsúlacht alfa:D'athraigh nochtadh ATO go mór saibhreas miocróbach intestinal agus éagsúlacht na lachain.
Anailís metastats:
I leibhéal an fhíolam: níor aimsíodh 2 fhíleam baictéarach ach amháin i ngrúpaí rialaithe
I leibhéal an ghéineas: fuarthas amach go raibh 6 ghéineas difriúil go mór i bhflúirse coibhneasta
I leibhéal na speiceas: aithníodh 36 speiceas san iomlán, le 6 cinn acu difriúil go suntasach ó thaobh flúirse relavive de
Tagairt
Thingholm, LB , et al.“Taispeánann Daoine Aonair Otrach a bhfuil Diaibéiteas Cineál 2 acu agus nach bhfuil Diaibéiteas Cineál 2 acu Cumas Feidhmiúil agus Comhdhéanamh Éagsúil Miocróbach Guta.”Óstach Cill & Miocrób26.2(2019).
