Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Service Details
Technyske skema
Wurk flow
Service Foardielen
Hege effisjinsje foar ûntdekking fan markers- High-throughput sequencing technology helpt SLAF-Seq by it ûntdekken fan hûnderttûzenen tags binnen it hiele genom.
Lege ôfhinklikens fan it genoom- It kin tapast wurde op soarten mei of sûnder in referinsjegenoom.
Fleksibel skema design- Single-enzyme, dual-enzym, multi-enzyme spiisfertarring en ferskate soarten enzymen, allegear kinne wurde selektearre om te foldwaan oan ferskate ûndersyksdoelen as soarten.Pre-evaluaasje yn silico wurdt brûkt om in optimaal enzymûntwerp te garandearjen.
Effisjinte enzymatyske spiisfertarring- Pre-eksperimint waard útfierd om de betingsten te optimalisearjen, wat it formele eksperimint stabyl en betrouber makket.Fragmint kolleksje effisjinsje kin berikke mear as 95%.
Even ferdield SLAF tags- SLAF-tags binne foar it grutste part lykwichtich ferdield yn alle chromosomen, mei in gemiddelde fan 1 SLAF per 4 kb.
Effektive foarkommen fan werhellingen- Repetitive folchoarder yn SLAF-Seq-gegevens wurdt ferlege nei leger dan 5%, benammen yn soarten mei in heech nivo fan werhellingen, lykas tarwe, mais, ensfh.
Wiidweidige ûnderfining- Mear dan 2000 sluten SLAF-Seq-projekten op hûnderten soarten dy't planten, sûchdieren, fûgels, ynsekten, akwa-organismen, ensfh.
Sels ûntwikkele bioinformatyske workflow- In yntegreare bioinformatyske workflow foar SLAF-Seq waard ûntwikkele troch BMKGENE om betrouberens en krektens fan definitive útfier te garandearjen.
Service Spesifikaasjes
| Perron | Konk. (ng/gl) | Totaal (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Diel>15μl) | 1,6-2,5 |
Recommended Sequencing Strategy
Sequencing djipte: 10X / Tag
| Genome Grutte | Oanrikkemandearre SLAF Tags |
| < 500 Mb | 100K of WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Giant of komplekse genomen | 300 - 400K |
| Oanfraach
| Oanrikkemandearre Befolkingskaal
| Sequencing strategy en djipte
| |
| Djipte
| Tag Number
| ||
| GWAS
| Sample number ≥ 200
| 10X
|
Neffens genome grutte
|
| Genetyske evolúsje
| Yndividuen fan elk subgroep ≥ 10; totale samples ≥ 30
| 10X
| |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube
Foar de measte samples advisearje wy net te bewarjen yn ethanol.
Sample-etikettering: Samples moatte dúdlik wurde markearre en identyk oan it yntsjinne formulier foar foarbyldynformaasje.
Ferstjoering: Droogiis: Samples moatte earst yn sekken wurde ferpakt en yn droechiis begroeven.
Service Workflow
Foarbyld fan QC
Pilot eksperimint
SLAF-eksperimint
Biblioteek Tarieding
Sequencing
Data Analysis
Nei-ferkeap Tsjinsten
1. Statistiken fan kaart resultaat
2. SLAF marker ûntwikkeling
3. Fariaasje annotaasje
| Jier | Sjoernaal | IF | Titel | Oanfraach |
| 2022 | Natuerkommunikaasje | 17.694 | Genomyske basis fan 'e giga-chromosomen en giga-genoom fan beampeony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nije Phytologist | 7.433 | Domestication footprints anker genomyske regio's fan agronomysk belang yn soybeans | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genome-wide keunstmjittige yntrogressions fan Gossypium barbadense yn G. hirsutum reveal superieure loci foar simultane ferbettering fan katoen fiber kwaliteit en opbringst trekken | SLAF-Evolúsjonêre genetika |
| 2019 | Molekulêre plant | 10.81 | Population Genomic Analysis en De Novo Assembly iepenbiere de oarsprong fan Weedy Rys as in evolúsjonêr spultsje | SLAF-Evolúsjonêre genetika |
| 2019 | Natuer Genetika | 31.616 | Genome folchoarder en genetyske ferskaat fan de mienskiplike karper, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage map |
| 2014 | Natuer Genetika | 25.455 | It genoom fan kultivearre pinda jout ynsjoch yn legume karyotypes, polyploid evolúsje en gewaaksdomestikaasje. | SLAF-Linkage map |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikaasje fan ST1 ûntbleatet in seleksje mei hitchhiking fan siedmorfology en oalje-ynhâld by sojabeandomestikaasje | SLAF-Marker ûntwikkeling |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifikaasje en ûntwikkeling fan DNA-markers foar in Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Substitution | SLAF-Marker ûntwikkeling |
