Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Service Spesifikaasjes
Platfoarm: NovaSeq platfoarm, PE150
Bibleteek type: 200-400bp ynfoegje bisulfite behannele DNA bibleteek
Sequencing strategy: Paired-End 150 bp
Oanrikkemandearje gegevensútfier: 10 Gb rau gegevens / sample
Sample Requirements
DNA kwantiteit: ≥ 2ug
DNA-konsintraasje: ≥ 20ng/μl.
Suverens: OD260/280 = 1.8 oant 2.0 sûnder degradaasje of RNA-kontaminaasje
Bioinformatika analyze
Service Work Flow
Sample levering
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
a.Referinsje statistyk foar genome ôfstimming
Statistiken fan mapping lêzen
Statistics fan sequencing djipte en dekking fan C-side
Aakkumulearre dekking
Dfersmoarging effisjinsje fan elke stekproef
b.Deteksje fan methylaasjeplakken
List fan methylaasjenivo's op C-side
BS konverzje
Methylated cytosine
Methylaasje nivo ferdieling
c.Methylaasje kaart
Genome-wide
Genome elemint
d.Fergeliking fan methylaasjenivo's tusken samples
Pairwise Korrelaasje fan CG-methylaasje
PCA-CG methylaasje
Cglâns fan CG-methylaasje
d.Differinsjaal methylaasje analyze
Sstatistiken fan DMR
DMR lingte ferdieling
Hite kaart
DMR-distribúsje yn rjochte regio
