Prokaryotyske RNA-sekwinsje

Prokaryotyske RNA-sequencing Featured Image

Prokaryotyske RNA-sequencing brûkt folgjende generaasje sequencing (NGS) om de oanwêzigens en kwantiteit fan RNA op in bepaald momint te ûntdekken, troch analysearjen fan it feroarjende sellulêre transkriptoom.De prokaryotyske RNA-sekwinsje fan ús bedriuw is spesifyk rjochte op prokaryoten mei referinsjegenoom, dy't jo transkriptoomprofilearring, genstruktueranalyse, ensfh.

Platfoarm: Illumina NovaSeq Platfoarm

Kontakt mei ús opnimme

Service Details

Service Spesifikaasjes

Platfoarm: Illumina NovaSeq platfoarm, PE150

Biblioteektype: 350bp cDNA-bibleteek ynfoegje (hinget ôf fan peakdistribúsje)

Sequencing strategy: Paired-End 150 bp

Oanrikkemandearre gegevens bedrach: 2 Gb rauwe gegevens / sample

Bioinformatika

(1) Sequencing gegevens kwaliteit kontrôle: Nucleotide distribúsje, Base kwaliteit distribúsje, rRNA ratio beoardieling;

(2) Sequence alignment analyze: Alignment resultaten statistiken, sêding fan sequencing, Dekking fan sequencing;

(3) Referinsjegenoomannotaasje (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Expression analyze: Expression ferdieling (Mei twa of mear samples), Analyse fan ekspresje tusken samples (Venn analyze, Korrelaasje analyze, PCA analyze);

(5) Differinsjaaloperator ekspresje analyze (Mei twa of mear samples);

(6) Gene set analyse: Venn analyse, Cluster analyse, Funksje annotaasje analyse (COG, GO, KEGG), Funksje ferriking analyse (GO, KEGG), Funksje ferriking chordal grafyk, Ipath analyse;

(7) sRNA-analyze: sRNA-foarsizzing, sRNA-annotaasje (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA-sekundêre struktuerfoarsizzing, sRNA-doelgenfoarsizzing;

(8) Transkripsjestruktueranalyse: Operonanalyse, Transkripsjebegjin- en einsidefoarsizzing, UTR-annotaasje en analyse, Promotor-sekwinsjefoarsizzing, SNP / InDel-analyze (SNP / InDel-annotaasje, SNP / InDel-regionale ferdieling, SNP-statistiken).