Plant / Animal De Novo Genome Sequencing
Service Foardielen
Untwikkeling fan folchoarderplatfoarms en bioinformatika ynde nijgenome gearstalling
(Amarasinghe SL et al.,Genome Biology, 2020)
● It bouwen fan nije genomen en it ferbetterjen fan besteande referinsjegenen foar soarten fan belang.
● Hegere krektens, kontinuïteit en folsleinens yn gearkomste
● Constructing fûnemintele boarne foar ûndersyk yn folchoarder polymorphism, QTLs, gene editing, fokken, etc.
● Útrist mei folslein spektrum fan tredde-generaasje sequencing platfoarms: ien-stop genome assembly oplossing
● Fleksibele sekwinsje- en gearstallingsstrategyen dy't ferskate genomen mei ferskate funksjes ferfolje
● Heech betûfte bioinformatician team mei grutte ûnderfining yn komplekse genome gearkomsten, ynklusyf polyploids, gigantyske genomes, etc.
● Mear dan 100 suksesfolle gefallen mei in accumulative publisearre ynfloedfaktor fan mear dan 900
● Turn-around-tiid sa fluch as 3 moannen foar chromosoom-nivo-genoom-assemblage.
● Solid technyske stipe mei in rige fan patinten en software copyrights yn sawol eksperimintele kant en bioinformatics.
Service Spesifikaasjes
|
Ynhâld
|
Perron
|
Lês Length
|
Dekking
|
| Genome Survey
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genome Sequencing
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi Reads
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Wurk flow
Sample easken en levering
Sample easken:
| Soarten | Weefsel | Foar PacBio | Foar Nanopore |
| Bisten | Viscerale organen (lever, milt, ensfh.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Spier | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Bloed fan sûchdieren | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 mL | |
| Bloed fan fisk of fûgels | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 ml | |
| Planten | Farske blêden | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Petal of stam | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Roots of sied | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Sellen | Selkultuer | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Oanrikkemandearre Sample Delivery
Container: 2 ml centrifuge tube (Tin folie is net oan te rieden)
Foar de measte samples advisearje wy net te bewarjen yn ethanol.
Sample-etikettering: Samples moatte dúdlik wurde markearre en identyk oan it yntsjinne formulier foar foarbyldynformaasje.
Ferstjoering: Droogiis: Samples moatte earst yn sekken wurde ferpakt en yn droechiis begroeven.
Service Work Flow
Eksperimint ûntwerp
Sample levering
DNA-ekstraksje
Biblioteekbou
Sequencing
Data analyze
Nei-ferkeap tsjinsten
* Demo-resultaten hjir te sjen binne allegear fan genomen publisearre mei Biomarker Technologies
1.Circos op chromosoom-nivo genome gearkomste fanG. rotundifoliumtroch Nanopore sequencing platfoarm
Wang M et al.Molekulêre biology en evolúsje, 2021
2.Statistyk fan Weining rye genome gearkomste en annotaasje
Li G et al.,Natuer Genetika, 2021
3.Gene foarsizzing fanSechium edulegenome, ôflaat fan trije foarsizzingsmetoaden:De novofoarsizzing, Homology-basearre foarsizzing en RNA-Seq data basearre foarsizzing
Fu A et al.,Túnbouûndersyk, 2021
4.Identifikaasje fan yntakt lange terminale werhellingen yn trije katoengenomen
Wang M et al.Molekulêre biology en evolúsje, 2021
5.Hi-C waarmte kaart fan deC. acuminatagenome toant genome-wide all-by-all ynteraksjes.Yntensiteit fan Hi-C ynteraksjes is evenredich oan lineêre ôfstân tusken contigs.In skjinne rjochte line op dizze waarmtekaart wiist op in heul krekte ferankering fan contigs op chromosomen.(Contig anchoring ratio: 96.03%)
Kang M et al.,Natuerkommunikaasje,2021
BMK gefal
In genoomassemblage fan hege kwaliteit markearret roggegenomyske skaaimerken en agronomysk wichtige genen
Publisearre: Natuer Genetika, 2021
Sequencing strategy:
Genome gearstalling: PacBio CLR modus mei 20 kb bibleteek (497 Gb, likernôch. 63×)
Sequence korreksje: NGS mei 270 bp DNA bibleteek (430 Gb, likernôch. 54 ×) op Illumina platfoarm
Contigs ferankering: Hi-C bibleteek (560 Gb, sawat. 71 ×) op Illumina platfoarm
Optyske kaart: (779,55 Gb, sawat 99×) op Bionano Irys
Key resultaten
1.In gearstalling fan Weining rye genome waard publisearre mei totale genome grutte fan 7.74 Gb (98.74% fan geschatte genome grutte troch flow cytometry).Scaffold N50 fan dizze gearkomste berikt 1,04 Gb.93.67% fan contigs waarden mei súkses ferankere op 7 pseudo-chromosomen.Dizze gearkomste waard evaluearre troch linkage map, LAI en BUSCO, wat resultearre yn hege skoares yn alle evaluaasjes.
2.Ferdere stúdzjes oer ferlykjende genomika, genetyske keppelingskaart, transkriptomyske stúdzjes waarden útfierd op basis fan dit genom.In searje skaaimerken relatearre genomyske skaaimerken waarden ûntdutsen ynklusyf genoombrede genduplikaasjes en har ynfloed op genen foar setmoalbiosynthese;fysike organisaasje fan komplekse prolamin loci, gene ekspresje funksjes ûnderlizzende iere koptekst trait en putative domestikaasje-assosjearre chromosomale regio's en loci yn rogge.
 Circosdiagram oer genomyske skaaimerken fan Weining roggegenoom |  Evolúsjonêre en chromosoomsynteny-analyzes fan it roggegenoom |
Li, G., Wang, L., Yang, J.en oaren.In genoomassemblage fan hege kwaliteit markearret roggegenomyske skaaimerken en agronomysk wichtige genen.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
