Non-Reference based mRNA Sequencing-Illumina

Non-Reference basearre mRNA Sequencing-Illumina Featured Image

mRNA sequencing oannimt folgjende-generaasje sequencing technyk (NGS) om it boadskipper RNA (mRNA) fan Eukaryote te fangen yn in spesifike perioade dat guon spesjale funksjes aktivearje.De langste transkripsje dy't splitst waard 'Unigene' neamd en brûkt as referinsjesekwinsje foar folgjende analyze, wat in effektyf middel is om it molekulêre meganisme en regeljouwingnetwurk fan 'e soarte te studearjen sûnder referinsje.

Nei gearstalling fan transkriptoomgegevens en unige funksjonele annotaasje

(1) SSR-analyze, CDS-foarsizzing en genstruktuer sille foarfoarme wurde.

(2) Kwantifikaasje fan unige ekspresje yn elke stekproef sil wurde útfierd.

(3) Differinsjaal útdrukte unigenen tusken samples (as groepen) sille wurde ûntdutsen basearre op unigene ekspresje

(4) Clustering, funksjonele annotaasje en ferrikingsanalyze fan differinsjaal útdrukte unigenen sille wurde útfierd

Kontakt mei ús opnimme

Service Details

Bioinformatika

Demo Results

Gefal stúdzje

Features

● Unôfhinklik fan elk referinsjegenoom,

● De gegevens kinne brûkt wurde om de struktuer en ekspresje fan transkripsjes te analysearjen

● Identifisearje fariabele knipplakken

Service Foardielen

● BMKCloud-basearre resultaatferliening: Resultaten wurde levere as gegevensbestân en ynteraktyf rapport fia BMKCloud-platfoarm, wêrtroch brûkerfreonlike lêzing fan komplekse analyse-útgongen en oanpaste data-mining op basis fan standert bioinformatika-analyze mooglik makket.

● Tsjinsten nei ferkeap: Tsjinsten nei ferkeap jildich foar 3 moannen nei projektfoltôging, ynklusyf projektopfolging, troubleshooting, resultaten Q&A, ensfh.

Sample easken en levering

Sample easken:

Nukleotiden:

Konk.(ng/μl)

Bedrach (μg)

Purity

Yntegriteit

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Beheinde as gjin proteïne- of DNA-fersmoarging werjûn op gel.

Foar planten: RIN≥6.5;

Foar bisten: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

beheind of gjin baseline hichte

Tissue: Gewicht (droech): ≥1 g
* Foar weefsel lytser dan 5 mg, riede wy oan om flash beferzen (yn floeibere stikstof) weefselmonster te stjoeren.

Selophinging: Seltal = 3 × 10⁷
* Wy riede oan om beferzen sel lysate te ferstjoeren.Yn gefal dat sel telt lytser as 5 × 10⁵, flash beferzen yn floeibere stikstof wurdt oanrikkemandearre.

Bloedmonsters:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol en 2mL bloed (TRIzol:Bloed=3:1)

Oanrikkemandearre Sample Delivery

Kontener:
2 ml sintrifugebuis (Tin folie wurdt net oanrikkemandearre)
Sample labeling: Groep + replikearje bgl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......

Ferstjoering:
1.Dry-ice: Samples moatte wurde ynpakt yn sekken en begroeven yn droech-iis.
2.RNAstable buizen: RNA-monsters kinne wurde droege yn RNA-stabilisaasjebuis (bgl. RNAstable®) en ferstjoerd yn keamertemperatuer.

Service Work Flow

Eksperimint ûntwerp

Sample levering

RNA-ekstraksje

Biblioteekbou

Sequencing

Data analyze

Nei-ferkeap tsjinsten

Foarige: Lange net-kodearjen sequencing-Illumina

Folgjende: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA (denovo) Prinsipe fan gearkomste

Troch Trinity wurde lêzings ferdield yn lytsere stikken, bekend as K-mer.Dizze K-mers wurde dan brûkt as sieden dy't wurde útwreide yn contigs en dan komponint basearre op contig oerlappingen.Uteinlik is De Bruijn hjir tapast om transkripsjes yn de komponinten te herkennen.

mRNA-(De-novo)-Oersjoch-fan-Trinity

mRNA (De novo) Oersjoch fan Trinity

2.mRNA (De novo) ferdieling fan Gene Expression Level

RNA-Seq is yn steat om in heul gefoelige skatting fan geneekspresje te berikken.Normaal is it detectable berik fan transkripsjes-ekspresje FPKM fariearjend fan 10^-2 oant 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-elke-sample

mRNA (De novo) Ferdieling fan FPKM-tichtens yn elke stekproef

3.mRNA (De novo) GO ferriking Analyse fan DEGs

GO (Gene Ontology) databank is in strukturearre biologyske annotaasjesysteem mei in standert wurdskat fan gen- en genproduktfunksjes.It befettet meardere nivo's, wêr't hoe leger it nivo is, hoe spesifiker de funksjes binne.

mRNA-(De-novo)-GO-klassifikaasje-fan-DEGs-op-twadde-nivo

mRNA (De novo) GO-klassifikaasje fan DEG's op twadde nivo

BMK gefal

Transkriptoomanalyze fan sukrosemetabolisme tidens bulbzwellen en ûntwikkeling yn sipel (Allium cepa L.)

Publisearre: grinzen yn plant wittenskip, 2016

Sequencing strategy

Illumina HiSeq2500

Sample kolleksje

De Utah Yellow Sweet Spain cultivar "Y1351" waard brûkt yn dizze stúdzje.It oantal sammele samples wie
15e dei nei swelling (DAS) fan bulb (2-cm diameter en 3-4 g gewicht), 30e DAS (5-cm diameter en 100-110 g gewicht), en ~3 op de 40e DAS (7-cm diameter en 260-300 gram).

Key resultaten

1. yn it Venn-diagram waarden in totaal fan 146 DEG's ûntdutsen oer alle trije pearen fan ûntwikkelingsstadia
2. "Koalhydraatferfier en metabolisme" waard fertsjintwurdige troch allinich 585 unigenen (dus 7% fan 'e annotearre COG).
3.Unigenes mei súkses annotearre oan 'e GO-database waarden yndield yn trije haadkategoryen foar de trije ferskillende stadia fan bulbûntwikkeling.Meast fertsjintwurdige yn 'e haadkategory "biologysk proses" wiene "metabolysk proses", folge troch "sellulêr proses".Yn 'e haadkategory fan "molekulêre funksje" wiene de twa meast fertsjintwurdige kategoryen "binend" en "katalytyske aktiviteit".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-stúdzje

Histogram fan klusters fan orthologous groepen (COG) klassifikaasje

Histogram of gene ontology (GO) klassifikaasje foar unigenen ôflaat fan bollen yn trije ûntwikkelingsstadia

Venn-diagram mei genen dy't differinsjaal útdrukt binne yn elke twa stadia fan ûntwikkeling fan sipelbollen

Referinsje

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transkriptoomanalyze fan sukrosemetabolisme tidens bulbzwellen en ûntwikkeling yn sipel (Allium cepa L.) [J].Frontiers yn Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425