GENOME EVOLUTION
Genome De novo
Gearkomst|Bepaling fan seks De hiele folchoarderwurken en foar in part bioinformatyske tsjinsten waarden fersoarge troch Biomarker Techonologies.
Abstrakt
"It byldbepalende fenotype fan seadragons omfettet blêdlike oanhingen, in toskeleaze buisfoarmige mûle, en manlike swangerskip wêrby't ynkubaasje fan befruchte aaien op in iepen "broedplak" is.Wy de novo-sequence manlike en froulike genomen fan 'e mienskiplike seadragon (Phyllopteryx taeniolatus) en syn nau besibbe soarten, de alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Transkripsjeprofilen fan in evolúsjonêre nijichheid, de blêd-like taheaksels, litte sjen dat in set genen dy't typysk belutsen binne by finûntwikkeling binne koöptearre, lykas ek in ferriking fan transkripten foar potinsjele weefselreparaasje en genen foar immuundefinsje.De sebrafiskmutanten foar scpp5, dy't ferlern binne yn alle syngnathiden, waarden fûn te ûntbrekken of misfoarme faryngeale tosken, en stypje de hypoteze dat it ferlies fan scpp5 hat bydroegen oan it ferlies fan tosken yn syngnathids.In putative seks-bepalende lokus dy't in manlik spesifyk amhr2y-gen kodearret dield troch mienskiplike seadragon en alligator pipefish waard identifisearre. ”
Materialen en metoades:
Materialen
Fús mienskiplike seedraak (P. taeniolatus) en twa alligator pipefish (S. biaculeatus) eksimplaren.Twa mienskiplike seadragon (ien man en ien froulik) en twa alligator pipefish (ien manlik en ien froulik) yndividuen waarden brûkt foar hiele-genome sequencing, en twa oare manlike mienskiplike seadragon yndividuen waarden brûkt foar genome resequencing.
Genome Sequencing strategy
270/350 bp bibleteek (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) of Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000). sequencing, en twa oare manlike mienskiplike seadragon yndividuen waarden brûkt foar genome resequencing.
Transkriptoomsequinsje
Fof gewoane seadragon, harsens, each, gill, lever, hert, nier, mesentery, darm, spieren, fin, hûd, leaf-lykas taheaksels, testis, en ovary waarden sammele.
Genome de novo assembly strategy
Canu (Korreksje) + WTDBG2 (Gearstalling) + Pilon (Poalsk) + Lachesis (Hi-C).
Main Results
Fig. 1. Key skaaimerken fan de mienskiplike seadragon (P. taeniolatus) en de alligator pipefish (S. biaculeatus) en harren fylogenetic posysjes.
Fig. 2. Morfology en genetyske gearstalling fan de leaf-like taheaksels yn de mienskiplike seadragon (P. taeniolatus).
Fig. 3. Putative seks bepaling gen yn 'e mienskiplike seadragon (P. taeniolatus) en de alligator pipefish (S. biaculeatus).
Fig. 4. Pharyngeal tooth phenotypes yn zebrafisk scpp5 homozygote mutanten.
Post tiid: Jan-08-2022