Yn 2021, BMKGENE tsjûge 31 De novo genome ûndersyk mei súkses publisearre yn hege-ynfloed tydskriften mei totale ynfloed faktoaren mear as 320. 15 fan 'e artikels waarden co-auteur 4 fan harren waarden co-auteur as de earste auteurs troch BMKGENE
Fuort nei it begjin fan it jier 2022 binne d'r al twa ûndersyksartikels publisearre oer respektivelik tydskrift "Natural Genetics" en "Molecular Plant".Se binne, "Twa divergerende haplotypen fan in tige heterozygote lychee-genoom suggerearje ûnôfhinklike domestikaasje-eveneminten foar iere en let-rypende kultivars" (Lychee-genoomûndersyk, útfierd troch College of Horticulture, Súd-Sina Agricultural University, en wittenskiplike kollaborateurs, publisearre op Natural Genetics. ), en "Genome-sekwinsjes fan 'e fiif Sitopsis-soarten fan Aegilops en de oarsprong fan polyploide tarwe B-subgenoom" (Fiif Sitopsis-soartengenoom, útfierd troch professor Bao Liu's ûndersyksteam fan 'e Northeast Normal University.).Wy sille dizze twa artikels ek besjen en diele mei ús lêzers.
Litte wy no in blik sjen op 'e treflike ûndersyksartikels publisearre op 2021 mei-skreaun troch BMK en ús gearwurke foarsjenningen.
Plantgenoom - Trochbraken op meardere soarten.
1.In genoomassemblage fan hege kwaliteit markeart roggegenomyske skaaimerken en agronomysk wichtige genen
Gearwurke foarsjenning: Henan Agricultural University
Journal: Natuerlike Genetika
Impact Factor: 38,31
Yn dit projekt waard it genoom fan Weining rogge, in elite Sineeske roggefariëteit, sekwearre.De gearstalde contigs (7,74 Gb) ferantwurdelje 98,47% fan 'e rûsde genoomgrutte (7,86 Gb), mei 93,67% fan 'e contigs (7,25 Gb) tawiisd oan sân chromosomen.Repetitive eleminten foarmen 90,31% fan it gearstalde genoom.Fierdere analyzes fan 'e Weining-gearkomste werpen nij ljocht op genome-brede gen-duplikaasjes en har ynfloed op genen foar setmoalbiosynthese, fysike organisaasje fan komplekse prolamin-lokussen, genekspresjefunksjes ûnderlizzende iere koptekst en putative domestikaasje-assosjearre chromosomale regio's en loci yn rogge.Dizze genoomsekwinsje belooft genomyske en fokkenstúdzjes yn rogge en besibbe granen te fersnellen.
2.Rose sûnder prickle: genomyske ynsjoggen keppele oan fochtoanpassing
Gearwurke foarsjenning: Kunming Institute of Botany, Sineeske Akademy fan Wittenskippen
Journal: National Science Review
Impact Factor: 17.273
Yn dit projekt waarden samples fan 'Basye's Thornless' (BT, in prikelfrije cultivar fan Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, in oprjochter genotype yn roze domestikaasje), har F1-hybriden en BCF1 sammele.En in heechweardige referinsjegenoom-assemblage waard generearre om genetyske eleminten te identifisearjen relatearre oan stamprickle-ûntwikkeling.De genoomgrutte is sawat 530,6 Mb.Om de kwaliteit fan it gearstalde genoom te ferifiearjen, waarden analyse lykas genetyske kaartfergeliking, BUSCO, NGS-lêzen opnij gearstalle, fergeliking mei OB-haplotype, kontrôle fan basisfoutrate foar sequencing en genoombrede LTR Assembly Index weardekontrôle (LAI = 20.03) útfierd.Dit ûndersyk ûntbleatet it komplekse erfenispatroan en regeljouwingsmeganisme fan stamprikels en joech ús in stifting en nije middels om roazebiology te studearjen en molekulêre markers te minjen ferbûn mei wichtige eigenskippen.
3.Hiel-genoom-sekwinsje fan synthesisearre allopolyploiden yn Cucumis ûntbleatet ynsjoch yn 'e genome-evolúsje fan allopolyploidisaasje
Gearwurke foarsjenning: Nanjing Agricultural University
Journal: Advanced Science
Impact Factor: 16.801
Dizze stúdzje rapporteart it heechweardige genoom fan in syntetyske allotetraploid krigen mei ynterspesifike hybridisaasje tusken komkommer (C. sativus, 2n = 14) en syn wylde relative soarten (C. hystrix, 2n = 24) en folgjende chromosoomduplikaasje, dat is de earste folslein sekwinsje syntetyske allopolyploid.De gearstalling fan it genom tapast de workflow fan "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina" sequencing, resultearre yn genome grutte fan 530.8Mb en contig N50 = 6.5Mb.Lêzen waarden tawiisd oan 19 pseudochromosomen en subgenomen.De resultaten jouwe oan dat hybridisaasje, yn stee fan genomeduplikaasje, de mearderheid fan genomyske feroaringen feroarsaket yn sawol nukleêre as cp genomes.It suggerearre dat de fêste heterozygosity C. × hytivus jout mei ferhege stress-oanpassing.De resultaten jouwe nije ynsjoch yn plant polyploidy evolúsje en biede in prospective kweekstrategy foar takomstige gewaaksen.
4. Fergelykjende genome-analyzes markearje Transposon-bemiddele genome-útwreiding en de evolúsjonêre arsjitektuer fan 3D genomyske folding yn katoen
Gearwurke foarsjenning: Huazhong Agricultural University
Journal: Molecular Biology and Evolution
Impact Factor: 16.242
Dit projekt brûkte Nanopore Sequencing te sammeljen genome fan trije katoen soarten nammentlik: Gossypium rotundifolium (K2, genome grutte = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genome grutte = 1.62Gb, contigN50 = 1, en contigN50 = 1.69). G. raimondii (D5, genome grutte = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Mear dan 99% fan alle trije genomen waarden gearstald fia Hi-C.De resultaten fan BUSCO-analyze binne respektivelik 92,5%, 93,9% en 95,4%.Al dizze sifers oanjûn dat de trije gearstalling genomes referinsje-grade binne.Fergelykjende genome-analyzes dokuminteare de details fan lineage-spesifike TE-amplifikaasje dy't bydroegen oan 'e grutte ferskillen yn 'e genome grutte.Dizze stúdzje smyt ljocht op 'e rol fan transposon-bemiddele genome-útwreiding yn' e evolúsje fan hegere-order-chromatinestruktuer yn planten.
5. Chromosome-skaal gearstalling en analyze fan biomassa crop Miscanthus lutarioriparius genome
Gearwurke Facility: CAS Center for Excellence yn molekulêre plantwittenskippen
Journal: Nature Communications
Impact Factor: 14.912
Dit projekt rapportearre in chromosoom-skaal gearstalling fan Miscanthus lutarioriparius genoom troch it kombinearjen fan Oxford Nanopore sequencing en Hi-C technologyen.De 2.07Gb-gearkomste beslacht 96.64% fan it genoom, mei contig N50 fan 1.71 Mb.Sawat 94,30% fan 'e totale sekwinsjes waarden ferankere yn 19 pseudochromosomen.Troch ferliking mei BAC-sekwinsje, LAI-evaluaasje, BUSCO-evaluaasje, opnij gearstalle mei NGS-gegevens, opnij gearstalling fan transkriptoomgegevens, waard it genoom evaluearre as hege kwaliteit en kontinuïteit.Allotetraploide oarsprong fan 'e M. lutarioriparius wurdt befêstige mei help fan centromerike satellytwerhellingen.Tandem duplicate genen fan M. lutarioriparius binne funksjoneel ferrike net allinnich yn termen yn ferbân mei stress antwurd, mar sel muorre biosynthesis.Genduplikaten spylje wierskynlik in rol yn 'e C4-fotosynteze en drage by oan Miscanthus C4-fotosynteze by lege temperatueren.It ûndersyk levere wichtige referinsje foar it bestudearjen fan perennial planten.
6.A chromosoom-nivo Camptotheca acuminata genome assembly jout ynsjoch yn 'e evolúsjonêre oarsprong fan camptothecin biosynteze
Gearwurke foarsjenning: Sichuan University
Journal: Nature Communications
Impact Factor: 14.912
Dit projekt rapportearre in hege kwaliteit, chromosoom-nivo C. acuminata genome assembly, mei genome grutte fan 414.95Mb en contingN50 1.47Mb.Wy fûnen dat C. acuminata in ûnôfhinklike duplikaasje fan 'e hiele genoom ûnderfynt en in protte genen dy't derfan ôfkomme binne besibbe oan camptothecin-biosynteze.De funksjonele diverginsje fan it LAMT-gen en positive evolúsje fan twa SLAS-genen hawwe dus beide in protte bydroegen oan 'e camptothecin-biosynthese yn C. acuminata.De resultaten beklamme it belang fan heechweardige genome-assemblage by it identifisearjen fan genetyske feroaringen yn 'e evolúsjonêre oarsprong fan in sekundêre metabolite.
7.Allele-definieare genome ûntbleatet biallelike differinsjaasje tidens kassava-evolúsje
Gearwurke foarsjenning: Sineeske Akademy fan Tropyske Agraryske Wittenskippen
Journal: Molecular Plant
Impact Factor: 13.162
Dit projekt sammele in referinsjegenoom foar kassava mei contigN50 1.1Mb mei help fan Pacific Biosciences (PacBio) sequencing platfoarm.Nei evaluaasje troch BUSCO, LAI-yndeks, en genetyske kaart mei hege tichtheid, wurdt it gearstalde genome befêstige as refence-grade.De oerstallige regio's waarden identifisearre en contigs waarden ferankere op 18 pseudochromosomen mei Hi-C-keppelings.Dit heechweardige en allele-definieare referinsjegenoom foar kassava is weardefol foar it identifisearjen fan divergente bi-allelen op homologe chromosomen, wêrtroch differinsjaasje en ekspresjedominânsje fan bi-allelen en har ûnderlizzende evolúsjonêre driuwende krêften kinne ûndersykje.It fasilitearre ynnovative kweekstrategyen yn kassave en oare tige heterozygote gewaaksen.
8.Genomyske ynsjoch yn 'e rappe groei fan paulownia's en de formaasje fan Paulownia-heksebezem
Gearwurke foarsjenning: Henan Agricultural University
Journal: Molecular Plant
Impact Factor: 13.162
Dit projekt sammele in heechweardich kearngenoom fan Paulownia fortunei, 511,6 Mb yn grutte, mei 93,2% fan 'e sekwinsjes ferankere oan 20 pseudochromosomen.Hegere fotosyntetyske effisjinsje wurdt berikt troch it yntegrearjen fan C3-fotosynteze en it paad fan 'e krassulacean-sûrmetabolisme, dy't mooglik bydroegen hawwe oan' e ekstreem rappe groeiwize fan paulownia-beammen.Oanfoljende genome-sekwinsje fan PaWB-fytoplasma, kombinearre mei funksjonele analyzes, joech oan dat de effektor PaWB-SAP54 direkt ynteraksje mei Paulownia PfSPLa, wat op syn beurt de degradaasje fan PfSPLa feroarsaket troch it ubiquitin-bemiddele paad en liedt ta de formaasje fan heksenbezem.De gegevens levere wichtige ynsjoch yn 'e biology fan paulownias en it regulearjende meganisme foar de formaasje fan PaWB.
Diergenoom - Djippe ynsjoch fan soarten evolúsje
1.It genoom fan Nautilus pompilius ferljochtet eachevolúsje en biomineralisaasje
Gearwurke Facility: Súd-Sineeske See Ynstitút foar Oceanology, CAS
Journal: Natuerlike ekology en evolúsje
Impact Factor: 15.462
Dit projekt presintearre in folslein genoom foar Nautilus pompilius.It hat it minimalistyske genoom ûnder sequearre cephalopods, dat is 730.58Mb mei contigN50 = 1.1Mb.It BUSCO-evaluaasjeresultaat is 91.31%.Kombinearre mei transkriptoom, proteoom, genfamylje en fylogenetyske analyze, levere dit genoom in fûnemintele referinsje oer cephalopod-ynnovaasjes, lykas it pinhole each en biomineralisaasje.It ûndersyk joech oan dat skea oan 'e folsleinens fan' e Hox-genkluster relatearre wêze kin oan it ferdwinen fan 'e skulp fan mollusken.Wichtich is dat meardere genomyske ynnovaasjes, ynklusyf genferlies, ûnôfhinklike kontraktearring en útwreiding fan spesifike genfamyljes en har assosjearre regeljouwingsnetwurken wierskynlik de evolúsje fan it nautilus pinhole each foarmje.It nautilus-genoom foarme in weardefolle boarne foar it rekonstruearjen fan de evolúsjonêre senario's en genomyske ynnovaasjes dy't de besteande cephalopods foarmje.
2.Seadragon genome-analyze jout ynsjoch yn har fenotype en lokaasje foar seksbepaling
Gearwurke Facility: Súd-Sineeske See Ynstitút foar Oceanology, CAS
Journal: Science Advances
Impact Factor: 14.132
Dit projekt de novo-sequenced manlike en froulike genomen fan de gewoane seadragon (Phyllopteryx taeniolatus) en syn nau besibbe soarten, de alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).De genoomgrutte foar Phyllopteryx taeniolatus is ~659 Mb (♂) en ~663 Mb (♀), mei contigN50 fan 10.0Mb en 12.1mb.de genoomgrutte foar Phyllopteryx taeniolatus is 637 Mb (♂) en ~648 Mb (♀), mei contigN50 fan 18.0Mb en 21.0Mb.Troch fylogenetyske analyze binne de gewoane seadragon en de alligator pipefish sustertakson fan Syngnathinae, en divergen om 27,3 Ma lyn.Transkripsjeprofilen fan in evolúsjonêre nijichheid, de blêdlike taheaksels, litte sjen dat in set genen dy't typysk belutsen binne by finûntwikkeling binne koöptearre, lykas ek in ferriking fan transkripten foar potinsjele weefselreparaasje en genen foar immuundefinsje.In putative seks-bepalende lokus dy't in manlik spesifyk amhr2y-gen kodearret dield troch mienskiplike seadragon en alligator pipefish waard identifisearre.Dit projekt levere kritysk bewiis foar stúdzjes fan adaptive evolúsje.
Post tiid: Sep-19-2022