GWAS
Titel: Resequencing fan hiele genomen ûntbleatet Brassica napus komôf en genetyske loci belutsen by ferbettering
Sjoernaal: Natuerkommunikaasje
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transkriptom |RNAseq |Brassica napus |Evolúsje |Domestication
Yn dizze stúdzje levere Biomarker Technologies Tsjinsten op NGS-sekwinsjes, lykas technyske stipe op bioinformatika-analyze op folchoardergegevens.
Eftergrûn
Brassica napus(raapseed) is in wichtich oaljesiedgewaaks en in poerbêst model foar it ûndersykjen fan prosessen fan polyploïde spesifikaasje, evolúsje en seleksje.Oft wylde soarten as domestisearre donateurs âlderlike foarâlden wiene en genen dy't bydroegen oan domestikaasje en ferbettering fan raapsied binne lykwols noch ûnbekend.
Materialen en metoades
Materialen:588B. napusoankomsten wiene belutsen by dizze stúdzje, wêrûnder 466 út Azië, 102 út Jeropa, 13 út Noard-Amearika, en 7 út Austraalje.Op grûn fan groei gewoante records, dizze materialen waarden ferdield yn trije ekotypen;maitiid (86 oanslutingen), winter (74 oanwinsten), en semi-winter (428 oanwinsten).
Sequences:Gemiddeld ca.5× (fariearjend fan 3.37× oant 7.71×)
Sequence platfoarm:Illumina Hiseq 4000
Data produksje:4,03 Tb skjinne gegevens
SNP oprop:BWA + GATK.5.294.158 SNP's en 1.307.151 InDels waarden krigen.
Results
Oarsprong fan B. napus
B. napusIn subgenoom ûntstie út de foarfaar fan Jeropeeske raap.In gene flow evenemint út Europeeske raap oan deB. napus In subgenoom barde ~106-1170 jier lyn.B. napusC subgenoom koe hawwe evoluearre út de mienskiplike foarfaar fan dizze lineages.De foarfaar fanB. napussplit út de mienskiplike foarfaar fan fjouwer B. oleracea ûndersoarten, mei resinte gen stream ynB. napus~108-898 jier lyn.B. napusC subgenoom hat in mear komplekse oarsprong as A Subgenome.In sterke knelpunt ûntwikkele yn beide twa subgenomen tidensB. napusevolúsje.De winter en heal-winterB. napusekotypen divergearre ~60 jier lyn, wylst de winter en maitiidB. napusdivergearre ~ 416 jierren lyn, en oalje sied en net-oaljeB. napusdivergearre ~ 277 jierren lyn.
Fig. 2 Befolkingsstruktuer fan 588 B. napus-oankomsten en 199 fan B. rapa-oankomsten.
Fig. 3 Befolkingsstruktuer fan 588 B. napus-oankomsten en 119 fan B. oleracea-oankomsten
Seleksje sinjalen en Genome-wide assosjaasjestúdzjes.
Tidens de earste faze fan ferbettering (FSI) gie mear genetyske ferskaat ferlern yn it B. napus C subgenoom as yn it A subgenoom.Minder genetyske differinsjaasje barde tidens de FSI dan yn 'e twadde faze fan ferbettering (SSI).Genen yn SSI-seleksje sinjaalregio's waarden ferrike yn stresstolerânsje, ûntwikkeling en metabolike paden.60 loci signifikant assosjearre mei 10 doeleigenskippen, wêrûnder 5 relatearre oan siedopbringst, 3 nei silique lingte, 4 oan oalje ynhâld, en 48 oan sied kwaliteit waarden identifisearre.
Fig. 4 Genome-wide skennen en annotaasjes fan selektearre regio's tidens de SSI fan B. napus
Transkriptoomanalyse
RNAseq-gegevens fan 11 weefsels fan in hege oalje-ynhâld en dûbel-leech cultivar en in leech-oalje-ynhâld en dûbel-hege cultivar identifisearre genen relatearre oan glucosinolate biosyntetyske proses wiene signifikant oerfertsjintwurdige.
Fig. 5 Oersjoch fan bloeitiidregeling ûnder de seleksje fan de ekotypeferbettering fan B. napus
Diskusje
Dizze stúdzje levere in weardefolle boarne foar in begripe de oarsprong en ferbettering skiednis fanB. napusen sil de dissection fan 'e genetyske basis fan wichtige agronomyske komplekse eigenskippen fasilitearje.De wichtige SNP's dy't ferbûn binne mei geunstige farianten, seleksjesinjalen en kandidaatgenen sille yn 'e takomst foar in grut part bydrage, benammen by it ferbetterjen fan de opbringst, siedkwaliteit, oalje-ynhâld en oanpassingsfermogen fan dit resinte allopolyploide gewaaks en syn sibben.
Referinsje
Folsleine-genoom resequencing ûntbleatet Brassica napus oarsprong en genetyske loci belutsen by syn ferbettering [J].Natuerkommunikaasje, 2019, 10(1).
Nijs en hichtepunten is fan doel de lêste suksesfolle gefallen te dielen mei Biomarker Technologies, it fêstlizzen fan nije wittenskiplike prestaasjes lykas promininte techniken tapast tidens de stúdzje.
Post tiid: Jan-05-2022