Hege-trochput genotyping, benammen op grutskalige befolking, is in fûnemintele stap yn genetyske assosjaasje stúdzjes, dy't jout genetyske basis foar funksjonele gen ûntdekking, evolúsjonêre analyze, ensfh Ynstee fan djippe hiele genome re-sequence, redusearre fertsjintwurdiging genome sequencing (RRGS) ) wurdt yntrodusearre om sequencingkosten per stekproef te minimalisearjen, wylst ridlike effisjinsje behâlde op ûntdekking fan genetyske markers.Dit wurdt ornaris berikt troch it ekstrahearjen fan beheiningfragmint binnen opjûne grutte berik, dat wurdt neamd redusearre fertsjintwurdiging bibleteek (RRL).Specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) is in sels ûntwikkele strategy foar de novo SNP ûntdekking en SNP genotyping fan grutte populaasjes.
Technyske workflow
SLAF vs besteande RRL-metoaden
Foardielen fan SLAF
Hegere effisjinsje foar ûntdekking fan genetyske markers- Kombinearre mei hege-throughput sequencing technology, SLAF-Seq koe berikke hûnderttûzenen tags ûntdutsen binnen hiele genome te folbringen it fersyk fan ferskate ûndersyk projekten, itsij mei of sûnder in referinsje genoom.
Oanpast en fleksibel eksperiminteel ûntwerp- Foar ferskate ûndersyksdoelen as soarten binne ferskate enzymatyske spiisfertarringstrategyen beskikber, ynklusyf spiisfertarring fan ien enzym, dual-enzyme en multi-enzyme.Spijsverteringsstrategy sil foarôf evaluearre wurde yn silico om in optimaal enzymûntwerp te garandearjen.
Hege effisjinsje yn enzymatyske spiisfertarring- Pre-ûntwurpen enzymatyske spiisfertarring soarget foar mear evenredige ferdielde SLAF's op chromosomen.Fragmint kolleksje effisjint kin berikke mear as 95%.
Avoid repetitive folchoarder- Persintaazje fan repetitive folchoarder yn SLAF-Seq gegevens wurdt ferlege nei leger as 5%, benammen yn soarten mei hege nivo fan repetitive eleminten, lykas weet, mais, etc.
Sels ûntwikkele bioinformatyske workflow- BMK ûntwikkele in yntegreare bioinformatyske workflow fan tapassing op SLAF-Seq technology om betrouberens en krektens fan definitive útfier te garandearjen.
Applikaasje fan SLAF
Genetyske keppelingskaart
Genetyske kaartkonstruksje mei hege tichtheid en identifikaasje fan lokaasjes dy't karakteristiken fan blomtype kontrolearje yn Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Journal: Horticulture Research Publisearre: 2020.7
GWAS
Identifikaasje fan in kandidaatgen assosjearre mei isofavone-ynhâld yn sojabean-sieden mei gebrûk fan genome-wide assosjaasje en keppelingsmapping
Journal: the Plant Journal Publisearre: 2020.08
Evolúsjonêre genetika
Befolkingsgenomyske analyze en de novo-assemblage litte de oarsprong fan weedy rys as in evolúsjonêr spultsje sjen
Journal: Molecular Plant Publisearre: 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
GmST1, dy't in sulfotransferase kodearret, jout wjerstân oan sojamozaïekvirusstammen G2 en G3
Journal: Plant, Cell & Environment Publisearre: 2021.04
Referinsje
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: in effisjinte metoade foar grutskalige de novo SNP-ûntdekking en genotyping mei help fan hege-throughput sequencing [J].Plos ien, 2013, 8 (3): e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Konstruksje fan genetyske kaart mei hege tichtheid en identifikaasje fan lokaasjes dy't karakteristiken fan blomtype kontrolearje yn Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikaasje fan in kandidaatgen dy't ferbûn is mei isoflavone-ynhâld yn soybean-sieden mei gebrûk fan genome-wide assosjaasje en keppelingsmapping.Plant J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Population Genomic Analysis en De Novo Assembly iepenbiere de oarsprong fan Weedy Rice as in evolúsjonêr spultsje.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, dy't in sulfotransferase kodearret, jout wjerstân oan soybean mosaic firus stammen G2 en G3.Plant Cell Omjouwing.2021;10.1111/stik.14066
Post tiid: Jan-04-2022