TRANSKRIPTOMIKEN
natuer
KOMMUNIKASJE
Transkriptkarakterisaasje fan folsleine lingte fan SF3B1-mutaasje yn chronike lymphozytyske leukemy ûntbleatet downregulaasje fan bewarre yntrons
Transkripsjes fan folsleine lingte |Nanopore-sekwinsje|Alternative isoform analyze
Eftergrûn
Somatic mutaasjes yn splicing faktor SF3B1 is in soad rapportearre te assosjearjen mei ferskate kankers, ynklusyf groanyske lymphocytic leukemy (CLL), uveal melanoma, boarstkanker, ensfh Dêrneist koarte-lêzen transcriptomic stúdzjes hawwe iepenbiere ôfwikende splicing patroanen feroarsake troch SF3B1 mutaasjes.Stúdzjes oer dizze alternative splitsingspatroanen binne lykwols al lang beheind ta evenemint-nivo en gebrek oan kennis op isoform-nivo fanwegen de beheining fan gearstalde transkripsjes mei koarte lêzen.Hjir waard nanopore sequencing-platfoarm yntrodusearre om transkripsjes fan folsleine lingte te generearjen, dy't inverstigaasje op AS-isoformen machtige.
Eksperiminteel ûntwerp
Eksperiminten
Groepearje:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E mutaasje);3. Normale B-sellen
Sequencing strategy:MinION 2D biblioteek sequencing, PromethION 1D biblioteek sequencing;koarte-lêzen gegevens út deselde samples
Sequence platfoarm:ONT MinION;ONT PromethION;
Bioinformatyske analyze
Results
INtotaal 257 miljoen lêzings waarden oanmakke út 6 CLL samples en 3 B-sellen.Gemiddeld 30,5% fan dizze lêzingen waarden identifisearre as transkripsjes fan folsleine lingte.
Falternatyf isoformanalyse fan RNA (FLAIR) is ûntwikkele om in set fan isofoarmen mei hege fertrouwen te generearjen.FLAIR kin wurde gearfette as:
Nanopore lêst ôfstimming: identifisearje algemiene transkriptstruktuer basearre op referinsjegenoom;
Splice junction korreksje: korrekte folchoarder flaters (read) mei splice site fan beide annotearre introns, introns út koarte-lêzen gegevens of beide;
Collapse: gearfetsje represintative isofoarmen basearre op splice junction keatlingen (earste-pass set).Selektearje heechbetrouwen isofrom basearre op oantal stypjende lêzingen (drompel: 3).
Ofbylding 1. FLAIR-analyze om folsleine isofoarmen te identifisearjen ferbûn mei SF3B1-mutaasje yn CLL
FLAIR identifisearre 326,699 heechbetrouwen spliced isofoarmen, wêrfan 90% nije isofoarmen binne.De measte fan dizze net-oannotearre isofoarmen waarden fûn te wêzen nije kombinaasjes fan bekende splice juntions (142.971), wylst de rest roman isoforms befette of behâlden intron (21.700) of roman exon (3594).
Long-lêzen sekwinsjes machtigje identifikaasje fan mutant SF3B1-K700E -feroare splice sites op isoform-nivo.35 alternative 3'SS's en 10 alternative 5'SS's waarden fûn te wêzen signifikant differinsjaal spliced tusken SF3B1-K700E en SF3B1-WT.33 fan de 35 feroarings waarden nij ûntdutsen troch lang-lêzen sekwinsjes.Yn Nanopore-gegevens is de distribúsje fan ôfstân tusken SF3B1-K700E-feroare 3'SS's nei kanonike siden-pieken om -20 bp, wat signifikant ferskilt fan in kontrôleferdieling, fergelykber mei wat is rapportearre yn CLL-koartlêzen sekwinsjes.Isoformen fan ERGIC3-gen waarden analysearre, wêrby't in nije isofoarm mei de proximale splice-side mear oerfloedich fûn waard yn SF3B1-K700E.Sawol proksimale as distale 3'SS waarden ferbûn mei ûnderskate AS-patroanen dy't meardere isofoarmen generearje.
Ofbylding 2. Alternative 3′-splitsingspatroanen identifisearre mei nanopore-sekwinsjegegevens
IR-evenemintengebrûksanalyse is lang beheind yn koarte-lêzen basearre analyse fanwege fertrouwen yn IR-identifikaasje en kwantifikaasje.Ekspresje fan IR-isoformen yn SF3B1-K700E en SF3B1-WT waarden kwantifisearre op basis fan nanopore-sekwinsjes, wêrtroch in globale down-regulaasje fan IR-isoformen yn SF3B1-K700E iepenbiere.
figuer 4. Lânbou yntinsiteit en netwurk ferbining oer trije lânbou systemen (A en B);Willekeurige boskanalyse (C) en Relaasje tusken agraryske yntensiteit en AMF-kolonisaasje (D)
Ofbylding 3. Intron-ferhiereveneminten wurde sterker downregulearre yn CLL SF3B1-K700E
Technology
Nanopore Long-read Sequencing
Nanopore sequencing is in ien molekule real-time elektryske sinjaal sequencing technology.
Double-stranded DNA as RNA sil bine oan nanoporous proteïne ynbêde yn 'e biofilm en unwinding ûnder de lieding fan motor aaiwyt.
DNA / RNA-strengen passe troch nanopore-kanaalprotein mei in bepaalde snelheid ûnder de aksje fan spanningsferskil.
Molecules generearje ferskate elektryske sinjalen neffens gemyske struktuer.
Real-time deteksje fan sekwinsjes wurdt berikt troch basis calling.
Prestaasje fan transkriptoomsekwinsjes fan folsleine lingte
√ Data Saturation
7 kear minder lêzings nedich om ferlykbere gegevensferzadiging te berikken.
√ Identifikaasje fan transkripsjestruktuer
Identifikaasje fan ferskate strukturele farianten mei konsensus folsleine lêzing fan elke transkripsje
√ Differinsjale analyze op transkripsjenivo - Feroarje wizigingen ferburgen troch koarte lêzings
Referinsje
Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Transkriptkarakterisaasje fan folsleine lingte fan SF3B1-mutaasje yn chronike lymphozytyske leukemy ûntbleatet downregulaasje fan bewarre yntrons [J].Natuerkommunikaasje.
Technyk en hichtepunten stribbet nei it dielen fan de meast resinte súksesfolle tapassing fan ferskate technologyen foar sekwinsjes mei hege trochset yn ferskate ûndersyksarena's, lykas briljante ideeën yn eksperiminteel ûntwerp en data mining.
Post tiid: Jan-08-2022